Янгель выехал в Новосибирск только в конце ноября 1941-го, до этого он работал в Москве на организованной в цехах эвакуированного завода ремонтной базе: самолеты прямо оттуда улетали на выполнение боевого задания. Прибыв в Сибирь в середине января, он наконец встретился с Поликарповым. Вскоре главный конструктор объявил Янгелю благодарность с занесением в личное дело «за проделанную работу по завершению эвакуации, по организации филиала завода № 51 и подготовке территории и зданий завода под ремонт боевых самолетов».

Эвакуированное КБ продолжало заниматься И-185, проводились испытательные полеты, велась работа по устранению дефектов и улучшению летно-технических характеристик. 18 ноября 1942 года истребитель поступил на испытания в НИИ ВВС и получил очень хорошие отзывы. Впоследствии он участвовал в боях на Калининском фронте, защищая небо столицы.

Но Янгель недолго занимался этой новой перспективной летной машиной и не смог разделить со своим руководителем радость от успехов И-185. Летом 1942-го он вынужден был оставить предприятие, жену, дочку и новорожденного сына (7 апреля родился второй ребенок в семье, которого назвали в честь брата отца – Александром) и выехать в Москву. Наркомату авиапромышленности срочно понадобился деятельный молодой человек с организаторским талантом, способный в краткие сроки наладить работу слесарно-сборочного цеха авиационного завода № 82. Первые несколько недель на предприятии Янгель все время проводил на работе, домой приходя, только чтобы привести себя в порядок и написать жене. Он с удвоенной энергией принялся за дело и работал буквально на износ, понимая, что сейчас как никогда стране нужна авиация. Янгель посвящал общему великому делу победы всего себя, работая с максимальной отдачей.

Первым делом он произвел ряд кадровых перестановок на предприятии, заменив всех своих заместителей и помощников. «Значительно более трудным и длительным будет процесс приведения в порядок – в смысле отношения к труду и трудовой дисциплине – рабочих цеха», – писал он жене. Дело в том, что рабочими на предприятиях тогда были те, кто не был мобилизован – подростки 14–16 лет, не имеющие никакого специального образования и, по выражению Янгеля, «не признающие никаких законов». С такими исходными данными задача создания слаженного дисциплинированного коллектива и организация его работы представлялась достаточно трудной. Но Янгель, и раньше находивший удачное применение своим разнообразным управленческим талантам, показал себя как организатора с лучшей стороны. Он понял, что «здесь нужна не так административная, как педагогическая способность и деятельность руководителя», то есть воздействовал на своих подопечных не авторитарным способом, а находил тонкие психологические методы установления контакта и выстраивания доверительных и открытых отношений, основанных на уважении. «Работать трудно. Но эта работа по мне, и приносит большое моральное удовлетворение», – писал он жене.

За следующие три года Янгель сменил несколько мест работы – везде были нужны талантливые инженеры с организаторскими способностями. Ему предлагали даже выделить завод в самостоятельное производство, стать его руководителем и заниматься ремонтом самолетов, но это пошло вразрез с его нравственными принципами и понятиями о чести – ведь это значило бы предать свой бывший конструкторский коллектив и самого Поликарпова, на что Янгель пойти не мог. Его также звали на работу в аппарат ЦК по опытному самолетостроению, но и данное предложение не было принято – в этот раз преградой стал репрессированный брат Константин. «… наличие этой причины – большой удар для меня, надолго, очевидно, оставивший горький привкус», – писал Янгель жене.

5 декабря его освободили от обязанностей начальника цеха и назначили заместителем начальника летно-испытательной станции – потеря в престиже была компенсирована тем, что самому Янгелю работа казалась более интересной. «Я не испугался трудностей и ушел с работы в цехе не потому, что сдал, а потому, что убедился, что затрата моего труда и энергии в несколько раз превышает получаемый от нее результат», – так объяснял он свое решение уйти с должности начальника цеха.