Проработать в новой должности получилось недолго: Поликарпов обратился в Наркомат авиапромышленности с просьбой вернуть Янгеля в Новосибирск на завод № 51 и 14 января 1943 года назначил его заместителем директора предприятия. Новую должность Янгель воспринял с радостью и облегчением: «Переходу к Николаю Николаевичу я очень рад. Тяжесть, гнетущее чувство неудовлетворенности от прежней работы постепенно проходят. Настроение круто поднимается…», – писал он в одном из писем. Основной задачей Янгеля на тот момент была организация реэвакуации завода, то есть возвращение предприятия в Москву.
А. И. Микоян.
В феврале 1944-го его опять переводят: теперь он становится заместителем главного инженера завода № 155 в ОКБ А. И. Микояна. На этот раз на новое место жительства в Москву Янгель переезжает вместе с семьей. Изначально к этому назначению он отнесся достаточно настороженно, и тому есть свои причины. В конце 1930-х недавний выпускник Военно-воздушной академии РККА им. Н. Е. Жуковского Артем Иванович (Анушаван Ованесович) Микоян был направлен на работу в КБ Поликарпова, где ему поручили контролировать разработку И-153. Сначала он был назначен военным представителем завода, а потом – заместителем главного конструктора. Считается, что этому стремительному карьерному взлету поспособствовал влиятельный брат. Анастас Иванович (Ованесович) Микоян – революционер, видный государственный и партийный деятель – на тот момент был членом Политбюро ЦК ВКП(б) и занимал пост наркома внешней торговли. Вскоре из КБ Поликарпова (в отсутствие его самого в стране) было выведено около 80 крупных специалистов в ОКО (особый конструкторский отдел) Микояна, что, по сути, являлось новым КБ. Тогда же Микояну был передан проект нового истребителя И-200, полностью разработанного Поликарповым и уже утвержденного комиссией Наркомата авиапромышленности.
Трактовка этих событий у всех поликарповцев была одна – это ни что иное как санкционированное верхами предательство. Именно поэтому назначение в КБ Микояна было очень щекотливым вопросом для Янгеля. Но сложные условия жизни, необходимость как-то содержать жену и детей перевесили чашу весов, и он согласился принять это предложение, начав работать в одном из самых перспективных к стране КБ.
30 июля 1944 года доктор технических наук, профессор, создатель одного из самых успешных военных самолетов У-2 и человек, чья техническая мысль опережала на несколько лет всех и отечественных, и зарубежных конструкторов, умер от рака желудка на 52-м году жизни. Н. Н. Поликарпов так и остался для правительства и для многих своих конкурентов нереабилитированным «инженером-вредителем»: беспартийный сын священника по понятиям того времени не мог быть надежной опорой отечественной авиации. Но все знали, что именно его называют королем истребителей, и никто не сможет у него этого отнять. Янгель очень остро переживал смерть своего руководителя, учителя и наставника, открывшего для него удивительный мир летательных машин, давший ему самому возможность реализовать себя в том деле, которое он считал делом своей жизни.
За заслуги в деле организации эвакуации предприятия в Сибирь, наладки в Москве ремонтной базы, а также за обеспечение армии боевыми самолетами и за неоценимый труд в тылу на благо фронта Янгель указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 мая 1944 года был награжден медалью «За оборону Москвы», которая была ему вручена 7 августа.