Королёв тем временем, видя, что на периферии (не только в Днепропетровске, но и в других городах) создаются новые перспективные КБ, возглавляемые талантливыми руководителями, работал над модификацией Р-5 с ядерным зарядом. Он понимал, какие задачи ставит перед ракетостроением оборонная отрасль, и стремился соответствовать новым стандартам. Министр Устинов поощрял инициативу Королёва: он, исходя из государственных интересов, поддерживал оба направления – и классическое, и инновационное. Весной 1954 года эта позиция министерства была закреплена приказом № 285: в Днепропетровске на базе завода было одновременно создано два вида производства – серийное и опытное. Первое – под руководством директора завода Л. В. Смирнова – занималось выпуском Р-1, Р-2 и готовилось к освоению Р-5, а второе занималось разработкой оперативно-тактических ракет на высококипящих компонентах топлива.

Янгель, возглавлявший второй конструкторский коллектив, считал очень важным сохранить хорошие взаимоотношения с заводом и не допускать конфликтных ситуаций. Он всячески пресекал любые споры о том, какое предприятие главнее, считал все разговоры подобного рода вредными и мешающими сплоченной работе. По воспоминаниям современников, у Янгеля были прекрасные, построенные на дружбе и взаимном доверии отношения и с первым, и со вторым директорами завода (Смирнова на этом посту в 1961 году сменил А. М. Макаров). Завод был главным предприятием, занимающимся материальным воплощением проектов ОКБ, в то время как КБ было главной проектной организацией на производственной базе завода, и Янгель всегда подчеркивал, что сотрудники находящихся в такой тесной связи предприятий не должны даже задаваться такими изначально неверными вопросами, как выяснение того, чья работа более ценна и интересна.

Те, кто работал на предприятии во второй половине 1950-х годов, вспоминают, что вера в идею создания ракеты принципиально нового типа, которая была бы способна находиться на боевом дежурстве в тысячи раз дольше ракет Королёва, покорила в те времена всех. Не имея необходимой литературы или других источников информации, коллектив КБ искал способы воплощения смелых янгелевских проектов в жизнь буквально вслепую, ведь все это было в прямом смысле слова впервые. Янгель поощрял инициативу молодых инженеров и техников, давал возможность своим сотрудникам продвигать самые смелые проекты и искать нестандартные решения. Он считал, что доверие руководства может помочь молодым специалистам в их исследованиях и что неординарные свежие идеи – это то, что нужно КБ прямо сейчас. По воспоминаниям современников, Янгель никогда не пренебрегал общением ни с одним из тех своих сотрудников, кто искал встречи с ним. Он всегда очень внимательно знакомился со всеми точками зрения и, как правило, поощрял необычные подходы к решению технических задач.