Конференция «Наука. Философия. Религия»-это дискуссионная площадка, которая собирает представителей науки, философии, богословия и других гуманитарных дисциплин для обсуждения актуальных проблем современности и поиска их решения.

Организатором конференции является Фонд святого апостола Андрея Первозванного совместно с Объединенным институтом ядерных исследований (ОИЯИ) и Московской православной духовной академией (МПДА). Конференции проводятся при активном участии Института философии РАН, Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова, Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета, Института проблем информации РАН, Института научной информации по общественным наукам РАН и других научных и образовательных организаций.

Предыстория конференции восходит к началу 60-х годов XX века, когда под председательством первого директора ОИЯИ академика Д. И. Блохинцева в Дубне начали регулярно проводиться встречи философов и физиков для обсуждения основных онтологических и гносеологических вопросов. В 1990 году, когда стало возможным участие представителей религии в таких встречах, их традицию продолжила конференция «Наука. Философия. Религия», инициатива проведения которой принадлежит профессорам ОИЯИ В. Н. Первушину и В. А. Никитину. Одним из основных идейных вдохновителей конференций стал профессор МПДА А. И. Осипов.

В 90-е годы состоялось десять конференций. Предметом обсуждения на указанных конференциях были преимущественно фундаментальные вопросы. В дискуссиях принимали участие ведущие учёные, философы и богословы того времени. Конференция характеризовалась благожелательной дискуссионной атмосферой и направленностью на установление конструктивного диалога. Прошедшие конференции внесли значительный вклад в преодоление существовавшего в советские годы противостояния представителей науки и философии с представителями религии. По ряду причин конференция приостановила свою работу в 1999 году.

На новом историческом этапе в связи с возросшим значением религии в жизни российского общества возникла необходимость использовать установившийся диалог науки, философии и религии для всестороннего обсуждения насущных проблем современности. Поэтому в 2007 году по инициативе Фонда Андрея Первозванного работа конференции «Наука. Философия. Религия» была возобновлена, и с тех пор Фонд стал основным её организатором. С идеей возобновления конференции выступил настоятель храма Похвалы Пресвятой Богородицы г. Дубна, протоиерей Виктор Паршинцев, до рукоположения в духовный сан – кандидат биологических наук, работавший в лаборатории ядерных проблем ОИЯИ.

Было решено сохранить нумерацию конференций, начатую в 90-е годы, поэтому состоявшаяся в 2007 году конференция стала XI по счету. Эта конференция имела название «Культура и свобода» и была призвана возобновить начатый в 90-е годы диалог. XII конференция под названием «Наука, философия, религия: взаимодействие в современном образовании» состоялась в следующем 2008 году. На конференции широко обсуждались вопросы соотношения естественнонаучных, философских и религиозных представлений о мире в сознании современного человека, а также проблемы их сочетания в образовательных моделях общеобразовательной и высшей школы России.

С 2010 года проблематика конференции фокусируется на обсуждении гуманитарных вызовов, возникающих перед человеком и обществом на рубеже XX–XXI веков в результате развития и широкого применения новых технологий.

XIII конференция, состоявшаяся 20–21 октября 2010 г., была посвящена обсуждению возможных духовно-нравственных и социальных последствий разработки и применения современных биомедицинских технологий и имела название «Человек перед лицом новейших биомедицинских технологий». В результате работы конференции был выработан ряд практических рекомендаций по биоэтическому гуманитарному образованию в России; сформулированы подходы отечественной биоэтики в отношении статуса человеческого эмбриона; предложены механизмы сотрудничества учёных, философов и православных богословов по проблемам биоэтики.

XIV конференция под названием «Человек в техническом мире: вызовы XXI века», состоявшаяся 10–11 ноября 2011 г., стала выражением взглядов учёных, философов и богословов на феномен техники как особой искусственной среды, создаваемой человеком. Участники представили различные подходы к пониманию природы техники; рассмотрели проблему ответственности человека за негативные последствия создания и применения техники; провели анализ духовно-нравственной проблематики современного высокотехнологического общества.

XV конференция «Проблемы экологии и кризис ценностей современной техногенной цивилизации» состоялась 25–26 октября 2012 года и была посвящена осмыслению места цивилизационных ценностей в ряду причин экологического кризиса. В докладах была прослежена связь процессов, происходящих в культуре, с отношением человечества к окружающей среде. Значительное внимание было уделено вопросам экологии человека, а также духовным истокам кризисных явлений современной человеческой цивилизации.

XVI конференция «Человек перед вызовом новейших информационных и коммуникативных технологий» прошла 21–22 октября 2013 года. На ней обсуждались проблемы, вызванные появлением новых средств и способов в сфере передачи информации и социальной коммуникации. Среди обсуждавшихся тем были вопросы, связанные с осмыслением феномена информации, ролью информационных технологий в регуляции жизни общества, спецификой социальной коммуникации в информационном мире, влиянием современных информационных и коммуникативных технологий на психику человека, его духовные, нравственные и жизненные ценности и др.

XVII конференция «Национально-культурная идентичность в современной России: истоки, особенности, перспективы» состоялась 25–26 ноября 2014 года. В центре внимания участников конференции были проблемы, связанные с формированием общероссийской гражданской идентичности, обсуждение влияния на неё внешних и внутренних факторов, поиск новых оснований для консолидации российской нации. На конференции были рассмотрены такие темы, как национально-культурная идентичность в условиях глобализации и информатизации, Россия и Русский мир, проблемы этнокультурной идентичности русского народа, социально-психологические исследования идентичности, религиозный фактор в формировании идентичности и значение Православия, роль культуры и образования, традиции русской мысли и интеллектуальная культура России и др.

XVIII конференция «Развитие творческого потенциала человека и общества в XXI веке: взгляд науки, философии и религии» состоялась 17–18 ноября 2015 г. На конференции обсуждались проблемы научного, социального и художественного творчества в фокусе глобальных вызовов XXI века, природа творчества, прикладные и социальные аспекты творчества, взаимосвязь творчества с мировоззрением и моралью, понимание творчества в философии и православном богословии и др.

По результатам конференций изданы сборники материалов. С 2015 г. началась публикация материалов конференций в книжной серии «Наука. Философия. Религия», издаваемой совместно Фондом и издательством «Апетейя».