Изготовление и использование немцами секретного оружия до сих пор покрыто тайной и сопровождается многочисленными фальсификациями. Немногие знают, что и Скорцени имел непосредственное отношение к немецкому "чудо-оружию". С 1943 года нацистский министр пропаганды твердил о подготовке секретного оружия, которое обеспечит коренной перелом в войне.
Немецкая разведка уже с 1941 года использовала в своих операциях различные морские оперативные команды. К 1943 году, после успехов итальянских "людей-лягушек" и малых торпед, немецкая разведка начала подготавливать и морские диверсионные операции, однако в этом она встретила противодействие командования немецких ВМС — кригсмарине. Скорцени после своего звездного часа тоже попытался при поддержке рейхсфюрера СС Гиммлера наложить руку на диверсионные части кригсмарине. Однако руководство кригсмарине сумело отстоять независимость своих диверсантов и в апреле 1944 года образовало командование "К" — малых боевых единиц. Тем не менее кригсмарине и Скорцени договорились о совместном обучении добровольцев и участии в операциях. Обучение пловцов проходило в Италии, в Валдонье и Венеции.
В ночь с 20 на 21 апреля 1944 года четыре пловца из Фриденталя приняли участие в атаке судов союзников под Анцио. В атаке участвовало 20 человеко-торпед типа "негр". Семь участников атаки не вернулись с задания, тринадцать торпед завязли на отмели и их вернули на базу, среди вернувшихся были и подопечные Скорцени. Успех атаки был более чем скромным — накануне союзники сменили дислокацию своих судов, и немцы смогли потопить лишь два сторожевых корабля в Неттунской бухте и один транспортный корабль в бухте Анцио. Несмотря на это, "человек со шрамами" и четверо его подопечных были приглашены адмиралом Деницем на торжественное мероприятие, посвященное акции у Анцио.
Следующая совместная операция пловцов кригсмарине и диверсантов из Фриденталя состоялась в сентябре 1944 года. Но обо всем по порядку. 6 июня 1944 года началась высадка союзников в Нормандии, а за ней кровопролитные бои во Франции. Развивая успех 17 сентября 1944 года, английский фельдмаршал Монтгомери начал самую массовую воздушно-десантную операцию Второй мировой войны "Маркет гаден". Англичане высадили в районе Арнема около 30 тыс. человек, однако Монтгомери не рассчитал боеспособности войск СС и парашютисты оказались в ловушке. Подкрепления могли подойти к ним только по мостам у Неймегена. Люфтваффе не смогли разбомбить мосты, и их уничтожение было поручено боевым пловцам. До мостов им предстояло проплыть 35 км, причем большую часть пути нужно было преодолеть под носом у англичан.
Накануне операции к боевым пловцам кригсмарине прибыл посланец Скорцени — гауптштурмфюрер Фридрих Хуммель, одно время командовавший школами боевых пловцов в Италии и перешедший в истребительное соединение. При себе Хуммель имел письменный приказ Гитлера о назначении его ответственным за операцию. Хуммель изрядно спутал карты пловцам из кригсмарине, но им пришлось смириться с его руководством. Ранним утром 29 сентября 1944 года двенадцать пловцов вошли в воду и двинулись к мостам. Они были разделены на 3 группы (по 4 человека в каждой). Все группы транспортировали связку из двух мини-торпед (по 1,5 т взрывчатого вещества в каждой). Торпеда имела длину 5 м и диаметр 56 см. Транспортировка торпеды производилась под водой. Взрыватель торпеды снабжался часовым механизмом, затопление торпед осуществлялось специальным механизмом.
Группа, нацеленная на железнодорожный мост, выполнила свою задачу без осложнений, а вот группы, предназначенные для взрыва автомобильного моста, течение прибило к берегу, и одна группа была обнаружена англичанами. Вторая группа смогла под огнем добраться до моста, но силы оставили пловцов и они затопили торпеды в 3 м от свай моста, а затем обессилившие поплыли к берегу, где местные жители сдали их англичанам. В 6.30 раздались взрывы — железнодорожный мост рухнул в воду, а автомобильный был лишь поврежден. Из рейда вернулись только 2 боевых пловца, а 10 — попали в плен.
6 октября 1944 года лондонская "Таимо написала, что эта акция была "одной из самых отважных диверсионных операций этой войны". Уцелевшие пловцы были награждены Немецким крестом в золоте, Хуммель со слов Скорцени получил за эту операцию Рыцарский крест.
Большую перспективу немцам внушало создание ракет Фау. Фау (V–I) представлял собой непилотируемый снаряд-ракету весом 2200 кг. В носовую часть ракеты закладывалось около 850 кг взрывчатых веществ. При всем этом ракета имела относительно небольшую себестоимость. К числу недостатков ракеты можно было отнести достаточно сильную уязвимость в полете и точность попадания. Однажды Скорцени довелось присутствовать на одном из экспериментальных пусков Фау в Пенемюнде. Он был впечатлен полетом, но тут же "человек со шрамами" задал вопрос присутствующим летчикам — можно ли сделать Фау пилотируемыми?
Мысль Скорцени понравилась командованию люфтваффе — при его участии началась работа над доработкой беспилотных образцов. Неофициально Скорцеии возглавил это своеобразное конструкторское бюро. Он постоянно подгонял инженеров и добился у фельдмаршала Мильха разрешения на экспериментальные вылеты. Спустя две недели на аэродроме в Гатове состоялся первый вылет двух пилотируемых образцов. Отобранные пилоты не справились с управлением, и оба самолета рухнули на землю. Мильх распорядился создать особую комиссию по расследованию инцидента. "Человек со шрамами" упал духом, но тут на помощь ему пришла известная немецкая летчица-испытатель Ханна Райч.
Без разрешения командования люфтваффе Скорцени и Райч организовали новый вылет. Райч, имевшая большой опыт управления скоростными самолетами, справилась с машиной и в очередной раз подтвердила свой профессионализм. Летом 1944 года Скорцени и Райч готовили один проект за другим по использованию Фау в войне, но время и ограниченные материальные ресурсы не дали им проявить себя в использовании "чудо-оружия".
В целом использование "чудо-оружия" уже не могло преломить ситуацию. Скорцени оказался прав: "Что касается разработки нового оружия, напрашивается один вывод: оказалось мало не идей, а времени".
В военной карьере "человека со шрамами" было несколько громких операций, отложенных в последний момент или оставшихся только планами. Поговорим о самых интересных из них.
Пока союзники ждали Скорцени в Тегеране, он появился во Франции. В конце ноября 1943 года Скорцени получил приказ отправиться со своими людьми в Виши. Командировка во Францию была вызвана событиями, произошедшими в Северной Африке. Там генерал Шарль де Голль стал единоличным лидером Французского комитета национального освобождения. Устранение генерала Генри Жиро привело к появлению в окружении де Голля французских коммунистов. Все это вызвало активизацию во Франции антинемецких настроений и возможности повторения итальянских событий — свержения маршала Анри Петена. Кроме того, немцы получили информацию, что в ближайшем окружении маршала зреет заговор и есть опасность высадки союзнического парашютного десанта.
Скорцени прибыл в Виши и начал осматриваться. В его распоряжении находился батальон "Фриденталь", батальон из 9-й танковой дивизии СС "Гогенштауфен" и 6 рот полиции порядка, всего около 2000 человек. "Человек со шрамами" расположил свои силы на окраинах Виши, в окрестные лесные массивы были направлены патрули. Однако диверсанты союзников все не появлялись. Скорцени отправился в Париж за инструкциями, но был отправлен обратно с приказанием ждать сигнала "Волк воет". Сразу по получению приказа Скорцени должен был захватить старого маршала и его личного врача и обеспечить их безопасность. До конца декабря 1943 года "человек со шрамами" находился в Оверни, ожидая обещанного сигнала, но он так и не был подан. На Рождество операция "Волк воет" была отменена.
В январе 1944 года Скорцени и отдел 4/VI С начали подготовку операции "Теодор" по захвату Тито. Ответственными за операцию были назначены гауптштурмфюреры СС Мандль и Штуве. В качестве основных исполнителей планировалось привлечь военнослужащих союзной немцам хорватской армии. Использование не немецких частей существенно осложнило подготовку операции, а также привело к утечке информации и отказу от ее проведения. В дальнейшем Скорцени старался избегать в своих операциях войск стран-союзниц Германии.
В ожидании высадки в Нормандии Скорцени предложил разместить часть истребительных команд на побережье и после высадки производить террористические акты против представителей союзного командования.
Из штаба Верховного командующего на Западе пришел ответ: "Принимая во внимание то, что данные приготовления могли бы посеять в наших подразделениях сомнения относительно надежности "Атлантического вала", необходимо отказаться от вашего плана полностью…"
В сентябре 1944 года немецкие части оказывали упорное сопротивление наступающим союзникам. В Верховном командовании вермахта даже стали опасаться, что союзники, разгневанные стойкой обороной немцев, нарушат нейтралитет Швейцарии и через ее территорию вторгнуться в Германию. По этой причине Скорцени получил задание подготовить уничтожение крупного моста через Рейн у Базеля. Однако союзники так и не рискнули вступить в Швейцарию.