Наряду с развертыванием осенью 1944 года истребительных частей СС, в Германии началось создание партизанских частей по аналогии с добровольческими корпусами межвоенного периода, правда, в этот раз инициатива исходила от государства, а вернее — от СС. Почти одновременно обергруппенфюреры СС Карл Хидьдебрандт и Ганс-Адольф Прютцман обратились к Гиммлеру с предложением образовать партизанские отряды. После согласования этой инициативы родилась организация "Вервольф" ("Оборотень"). Если истребительные соединения СС были полноценными воинскими частями, "Оборотни" должны были стать полулегальной организацией. Для руководства созданием и подготовкой "Оборотней" было образовано т. н. "бюро Прютцмана". Начальником штаба бюро стал штандартенфюрер СС Карл Чирши, одновременно возглавлявший организацию "Цеппелин". По мнению ряда исследователей, Чирши сильно повздорил с Отто Скорцени.

Руководство Третьего рейха возлагало большие надежды на участие людей "человека со шрамами" в обучении "Вервольфа", а потому ссора двух эсэсовцев была более чем некстати.

В задачи "Вервольфа" входили теракты против оккупационных сил, лидеров союзных армий и их немецких пособников, саботаж в тылу союзных войск, отслеживание передвижений союзных войск. Бюро развило бурную деятельность по подготовке партизан. Некоторое количество немцев было направлено в диверсионные школы Скорцени. Офицеры истребительных частей СС были направлены в качестве инструкторов в различные территориальные подразделения "Вервольфа". Сам Скорцени был привлечен к инспектированию этих формирований. Таким образом, дуализм ситуации существенно осложнил сосуществование и взаимодействие истребительных соединений СС и "Вер-вольфа". Тогда кто-то из руководителей СС предложил разделить районы действия — Скорцени руководил действиями за пределами Германии, а Прютцман — внутри Германии.

16 сентября 1944 года Гиммлер подписал приказ "За организацию и руководство движениями во Франции, Фландрии, Валлонии, Финляндии, на оккупированном Востоке (также в будущем в Эстонии, Латвии и Литве), Румынии, Тран-сильвании, Болгарии и Греции и на всех других иностранных территориях, оккупированных врагом ответственно Главное управление имперской безопасности (РСХА). В Дании и Норвегии движения Сопротивления подготовлены". В соответствии с этим приказом VI управление РСХА и Скорцени стали ответственными за подготовку партизанской войны.

Стоит сказать, что в этом направлении служба Скорцени начала работать еще в 1943 году. С середины 1943 года руководство РСХА начало работу по созданию диверсионных частей на территории Западной Европы. В отличие от Восточного фронта, где РСХА создало предприятие "Цеппелин", на Западном фронте единой структуры для руководства диверсионно-разведывательной деятельностью создано не было. Различные диверсионные подразделения СС формировались независимо друг от друга, но находились в подчинении у Скорцени. После высадки союзников в Нормандии агентура РСХА и различные воинские формирования СД получили приказ осесть в тылу наступающих англо-американцев и начать партизанскую войну. К концу войны чины и формирования войск СС и СД, действовавшие в тылу союзников, получили собирательное название "коричневые маки". На территории Германии было образовано три диверсионные школы для обучения французов — две подчинялись немцам (в Фрайбурге и Штеттине) и одна французам. В VI управлении был создан реферат "коричневых маков". В состав реферата входила 4 офицера, его главой являлся оберфельдрихтер доктор Шон, ранее возглавлявший расследование в отношении адмирала Канариса и абвера. Стоит упомянуть и движение "белых маков", стихийно образовавшееся во Франции и боровшееся против голлистов.

На Балканах эсэсовцы развернули широкомасштабную подготовку активистов различных праворадикальных движений к антисоветской борьбе. Эмиссары Скорцени наладили сотрудничество с представителями румынской "Железной гвардии", албанской "Бали комбетар", греческой ЭДЕС, венгерскими "Скрещенными стрелами" и сербскими четниками. Это сотрудничество позволило Скорцени после войны находить нужных людей во всех европейских странах. Межнациональные и межконфессиональные противоречия на Балканах не дали немцам широко использовать антисоветских партизан в конце войны.

Зато на Востоке люди Скорцени смогли организовать разветвленную сеть антисоветского сопротивления. "Человек со шрамами" лично несколько раз встречался с генералом А.А. Власовым. Подводя итог этим встречам, диверсант № 1 записал: "Власов произвел на меня впечатление человека, который хочет, чтобы Россию перестали считать азиатской страной и она приняла участие в строительстве более сильной и процветающей Европы". Позже Скорцени вместе со служащими "Цеппелина" помогал власовцам организовывать свою спецслужбу. Правда, своих русских подчиненных Скорцени так и не передал Власову.

"Человек со шрамами" имел контакты и с Организацией украинских националистов Степана Бандеры и даже совместно проводил с ними операцию "Бурый медведь" — эвакуацию немцев из лесных массивов Украины.

В полосе действия группы армий "Север" истребительное соединение имело больший успех. Осенью 1944 года чинами истребительного соединения СС "Ост" на территории Латвии была образована диверсионно-террористическая группа "Межа Кати" ("Дикая кошка"). Группа создавалась для оседания в тылу советских войск и проведения террористических действий. Начальником группы был гауптштурмфюрер СС Янкаус. Латыши подготовили для заброски в советский тыл 64 отдельные группы, общей численностью 1164 человека. "Дикие кошки" продолжали сопротивление в Латвии до лета 1947 года.

В целом ставка гитлеровцев на партизанскую войну против союзников, как на территории Германии, так и за ее пределами, не дала ожидаемых результатов. Об относительном успехе можно говорить лишь в Прибалтийских республиках.