После капитуляции со Скорцени остались верный Радль, "китаец" Хунке и трое солдат. Пару недель они прятались в горном домике над Радштатской долиной. Пребывание в неизвестности сильно томило добровольных изгнанников. В тысячный раз обдумав и обсудив сложившееся положение, Скорцени и его товарищи решили сдаться англо-американцам. 20 мая 1945 года шестеро мужчин в униформе СС спустились в долину и обратились в ближайшую американскую комендатуру у Аннаберга. В комендатуре Скорцени и его спутники не вызвали никакого интереса — им предоставили машину и отправили в Зальцбург, вероятно для устройства в лагерь военнопленных.
По дороге в Зальцбург немцы разговорились с шофером-американцем. От него Скорцени узнал, что его ищут и что если он сдастся американцам, то скоро окажется в петле. Это не смутило "человека со шрамами", и они продолжили путь. Прибыв в Зальцбург, водитель высадил их на одном из перекрестков, как будто специально отказываясь от непосредственной передачи немцев по инстанции. Из комендатуры Зальцбурга немцы были направлены в лагерь военнопленных в Санкт-Иоганним-Понгау. Скорцени планировал получить от американцев транспорт и привезти в лагерь всех своих подчиненных.
Из Санкт-Иоганним-Понгау Скорцени был направлен в Верфен, где ему предстояло решить вопрос с перевозкой своих людей. Памятуя о мрачных прогнозах американского шофера, Скорцени оставил Хунке на месте для связи с ранее распущенными подчиненными в случае осложнений. В Верфене располагался штаб одного из американских батальонов. По прибытии Скорцени был приглашен внутрь штаба, а его спутники остались на улице под присмотром американских солдат. Американцы провели Скорцени в помещение, приспособленное под столовую. За столом находилось двое американских офицеров и переводчик. Скорцени представился офицерам, и начался допрос. Когда разговор дошел до места размещения людей Скорцени и он склонился над картой, в комнату быстро вошли несколько американских солдат и направили на Скорцени свои винтовки. Переводчик велел "человеку со шрамами" сдать пистолет, после этого Скорцени тщательно обыскали. Так диверсант № 1 и его спутники стали арестованными. Их посадили в американские машины и в сопровождении двух броневиков отправили в Зальцбург.
Колонна прибыла в Зальцбург уже ночью. Арестованные были доставлены на одну из вилл в городе. Здесь на Скорцени и его подчиненных были надеты наручники. По его словам, американские полицейские неожиданно набросились на немцев сзади, скрутили их и надели наручники. Подготовленного таким образом Скорцени завели внутрь дома для допроса. В комнате его ожидало более 10 человек, среди которых были офицеры американской армии, журналисты и фотографы. Все присутствующие сидели за тремя большими столами. Один из офицеров начал допрос Скорцени, но тот отказался отвечать, пока с него и его людей не снимут наручники. С неохотой американцы выполнили его требование и сняли наручники со всех арестантов. Скорцени начал отвечать на вопросы.
— Это вы намеревались убить генерала Эйзенхауэра? — спросил пожилой американский майор.
— Нет, — коротко ответил Скорцени.
— Если вы не намеревались убить Эйзенхауэра, то, возможно, хотели похитить его? — продолжал американец. — Сам лично Гитлер приказал вам убить генерала Эйзенхауэра?
Вопросы сыпались один за одним, переводчик торопливо переводил:
— Вы хотели убить генерала Брэдли?
— Вы хотели взорвать ставку Монтгомери?
— Почему вам не оказали сопротивления итальянцы в Гран-Сассо и венгры в Будапеште?
— Что вы делали в Берлине в апреле сего года? Куда вы отвезли Гитлера? Это вы пилотировали самолет с ним? Можете ли вы пилотировать самолет? Почему вы утверждаете, что Гитлер мертв, если вас не было в Берлине?
От вопросов у Скорцени шла кругом голова, хотелось курить. Но американцы продолжали допрос и задавали все новые и новые вопросы. После войны Скорцени вспоминал, что пока находился в плену, то много раз отвечал на одни и те же вопросы, которые в разное время задавали ему офицеры союзных спецслужб.
После допроса Скорцени и Радль были разлучены со своими спутниками. С формы были спороты знаки принадлежности к СС, а в карманах американских солдат исчезли часы, подаренные Муссолини. Затем их отвезли в городскую тюрьму и посадили в одиночные камеры. Наступила ночь…
29 мая 1945 года Скорцени был перевезен в Висбаден и помещен в тюрьму на Бодельшвингштрассе. Камера была деревянной, темной, узкой и плохо проветриваемой. Ночью в камеру ввели второго узника. Опасаясь провокаций, Скорцени решил знакомиться с ним утром. На утро оказалось, что соседом Скорцени по камере стал его бывший начальник — глава РСХА Эрнст Кальтенбруннер. Оба австрийца сразу исключили столь счастливое стечение обстоятельств и стали внимательно обследовать камеру. Их поиски вскоре были вознаграждены видом проводов, идущих к камере по наружным стенам. Замысел союзников был ясен пленным. Они не обсуждали ничего важного, а при необходимости начинали скрести по доскам ногтями, заглушая свои разговоры. Прождав пять дней впустую, американцы перевели Кальтенбруннера в другую камеру или тюрьму Скорцени на долгие недели остался один.
21 июня 1945 года Скорцени был вызван на новый допрос. Американские офицеры задавали ему вопросы исключительно об Арденнском наступлении и участии в нем 150-й танковой бригады. На следующий день "человек со шрамами" был переведен в городскую тюрьму Висбадена, а уже 30 июля 1945 года в лагерь военнопленных в Оберурзеле. В последнем Скорцени провел около 2,5 месяца. За это время его еще 5 раз допрашивали на предмет Арденнской операции и действий немецких войск в Мальмеди.
11 сентября 1945 года Скорцени забрали из камеры и отвезли на аэродром. На борту самолета Скорцени встретил известных пассажиров: адмирала Деница, генерала Гудериана, оберстгруппенфюрера СС Зеппа Дитриха, Бальдура фон Шираха и Франца Зельдте. В этой представительной компании Скорцени вылетел в Нюрнберг. Теперь ему предстояло выяснить, в каком качестве его везут туда — свидетелем или обвиняемым.
По прилете в Нюрнберг американцы заставили Деница и Скорцени снять погоны со своей формы, другие пленные сделали это заблаговременно. В нюрнбергской тюрьме Скорцени поместили в камеру № 31 на цокольном этаже, а спустя два дня перевели на второй этаж в камеру № 97. Соседями эсэсовца по тюрьме были все сливки руководства Третьего рейха — рейхсмаршал Герман Геринг и бывший заместитель Рудольф Гесс. С последним Скорцени часто встречался на прогулках. По его мнению, Гесс симулировал потерю памяти. В своих воспоминаниях Скорцени высказал предположение, что, возможно, Гесс улетел в Германию в 1941 году с ведома Гитлера, и в его поздних "интервью" это уже преподносилось в качестве не подлежащего сомнениям факта.
Допрашивали Скорцени в основном по участию того или иного обвиняемого в преступных деяниях. Однажды "человека со шрамами" вызвали на допрос, но повели не в обычную камеру к дознавателю, а в конференц-зал. За столом в зале сидело несколько офицеров американской армии и один генерал. Присутствующие задавали вопросы Скорцени о военной разведке Германии, Арденнском наступлении, обстоятельствах смерти Гитлера. Значительно позже Скорцени узнал, что присутствующий генерал-майор был главой американской разведки Уильямом Джозефом Донованом (1883–1959). По мнению Юлиуса Мадера, именно на этой встрече американцы приняли решение использовать Скорцени в своих интересах.
21 ноября 1945 года Скорцени был переведен в "Свидетельское крыло" тюрьмы, что повлекло за собой существенное ослабление режима содержания. В качестве свидетеля диверсант № 1 выступал в защиту Фрица Заукеля, а также давал показания по деятельности РСХА.
Весной 1946 года сбор свидетельских показаний был закончен, и в начале мая Скорцени стал готовиться к отъезду из Нюрнберга. Многие свидетели из Нюрнберга, как и наш знакомец, были отправлены в Дахау. По прибытии "человек со шрамами" был снова помещен в одиночную камеру. Через несколько дней открылась и причина — в Дахау в то время готовился процесс по убийствам в Мальмеди, произошедшим во время Арденнского наступления. Процесс длился с 16 мая по 16 июля 1946 года. Доказательная база американцев в этом случае была слаба, и Скорцени неоднократно принуждался к даче ложных показаний. На одном из допросов ему даже продемонстрировали протокол допроса одного из офицеров 1-й танковой дивизии СС "Лейбштандарт Адольф Гитлер", который содержал обвинения и против Скорцени лично.
— Скорцени, если вы согласитесь нам помочь, я изыму компрометирующий вас протокол и уничтожу его, — заявил дознаватель.
— Господин офицер, меня совсем не интересуют показания неизвестного мне штурмбаннфюрера. Я тем более не собираюсь идти на преступление и уничтожать такие важные улики, если верить вашим словам… Пусть решает трибунал… — ответил диверсант № 1.
На этом попытки принудить Скорцени к даче показаний против обвиняемых на процессе Мальмеди прекратились. Вскоре у него обострилась язва, и он был переведен из Дахау в Нюрнберг. Несмотря на приступ, ему было необходимо свидетельствовать против преступных организаций. Дав показания по функционированию СД, Скорцени через несколько недель был переведен в лагерь Нюрнберг-Лангевассер, а затем в лагерь под Регенсбургом, где собирались бывшие граждане Австрии.
Из Регенсбурга большинство австрийцев было отправлено в центр репатриации в Дармштадте. Там им предстояло сделать выбор — гражданами какой страны они хотят быть. Скорцени сделал свой выбор давно — Германия. В своих воспоминаниях он так мотивировал свой выбор: "…все наши злоключения не заканчивались американским пленом — нам еще предстояло пройти через жернова немецких денацификационных лагерей. Моя страна, которой я отдал лучшие годы, во имя которой я проливал кровь на всех фронтах Великой войны, собиралась судить меня. Слова национального гимна: "… Будь преданным в недобрый час…" — не были для меня пустым звуком. Я решил остаться в Германии и разделить горькую участь моих друзей. "Права она или нет, но это твоя Германия", — подумал я, сделав окончательный выбор".
Два дня Скорцени размышлял по дороге в Дармштадт, трясясь в вагоне. По приезде в Дармштадт выяснилось, что никто не сообщил о прибытии эшелона из Регенсбурга и, соответственно, никто австрийцев не ждал. Эшелон вернулся в Регенсбург. Освобождение откладывалось, и как мы скоро увидим — надолго.
Из Регенсбурга Отто Скорцени был вновь отправлен в Висбаден, а через неделю в лагерь в Оберурзеле. Здесь планировалось в очередной раз допросить и решить его судьбу. Однако допрос не состоялся, и Скорцени вернулся в Дахау. После пребывания в одиночке у него резко обострились боли в желудке. Оказалось, это уже не очередное обострение язвы, а проблема с желчным пузырем. Тюремный врач сообщил, что может перевести больного в военный госпиталь только при согласии на удаление желчного пузыря. Спустя несколько дней Скорцени согласился и был переведен в госпиталь. 6 декабря 1946 года диверсант был прооперирован и затем помещен в отдельную палату, в которой постоянно дежурил часовой. Восстановление после операции шло достаточно медленно, и лишь в феврале 1947 года Скорцени был выписан из госпиталя и вернулся в лагерь в Дахау.