«8 марта 1998 года, в Неделю Торжества Православия, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на Даниловском кладбище были обретены честные останки блаженной Матроны. Комиссию по вскрытию захоронения возглавил архиепископ Истринский Арсений. В перенесении останков участвовали наместник Новоспасского монастыря епископ Орехово-Зуевский Алексий, наместник Свято-Данилова монастыря архимандрит Алексий (Поликарпов) с братией, настоятель храма во имя святителя Мартина исповедника протоиерей Александр Абрамов. В храме в честь сошествия Святого Духа, что на Даниловском кладбище, наместником Свято-Данилова монастыря архимандритом Алексием в сослужении собора клириков была совершена заупокойная лития. Гроб с честными останками старицы Матроны был доставлен в Данилов монастырь и помещен в надвратном храме во имя преподобного Симеона Столпника.
Покровский монастырь
13 мая 1998 года комиссия закончила свою работу. Было отмечено, что при освидетельствовании останков старицы Матроны обнаружена выпуклость в форме креста на груди, о чем упоминается в ее жизнеописании.
В Покровском храме Свято-Данилова монастыря на аналое была положена частица гроба блаженной Матроны. Здесь в дни Великого поста служились панихиды о упокоении рабы Божией Матроны. 30 апреля по благословению святейшего Патриарха Алексия II при торжественном пении тропаря Пасхи «Христос воскресе» было совершено перенесение честных останков блаженной старицы Матроны в храм Святых Отцев семи Вселенских Соборов. Вечером братия монастыря отслужила заупокойное всенощное бдение.
1 мая 1998 года, в пятницу 2-й седмицы по Пасхе, накануне 46-й годовщины преставления блаженной Матроны, Божественную литургию и панихиду в том же храме совершил архиепископ Истринский Арсений». (Блаженная старица Матрона: Житие и чудеса. М.: Издание Свято-Покровского ставропигиального женского монастыря, 1999).
В тот же день гроб с честными останками подвижницы был перенесен в Свято-Покровский женский монастырь на Таганской улице. С этого момента началось паломничество в обитель тысяч верующих людей, чтущих святую память праведной старицы Матроны. Сюда приходят сотни писем с просьбой помолиться блаженной, некоторые из них адресованы ей самой. По словам игумении Покровского монастыря матушки Феофании (Мискиной), авторы многих писем получают скорую и действенную помощь святой старицы. Сестрами была заведена особая книга, куда тщательно заносились случаи чудесного заступления, оказанного верующим по молитвам блаженной Матроны. Его свидетельницами не раз становились насельницы Покровского монастыря, твердо верящие, что именно блаженная Матронушка помогает им в восстановлении обители.
Не один месяц продолжалась работа Комиссии по канонизации святых Московской епархии, которая по благословению Его Святейшества рассматривала вопрос о прославлении праведной Матроны. Рассмотрев подвижническую жизнь и подвиг благочестия Матроны Димитриевны Никоновой, народное почитание и чудеса, комиссия не нашла препятствий к ее прославлению в лике местночтимых святых. Прославление было торжественно совершено 2 мая 1999 года, в годовщину ее кончины.