Из древнегреческой мифологии. Чудовище, описанное у древнегреческого поэта Гесиода (VIII—VII вв. до н. э.) в его легенде о Геракле («Теогония»): многоглавая змея (Лернейская гидра), у которой вместо каждой отрубленной головы отрастали две новые. И убить ее было невозможно. Но Геракл справился с этой задачей.

Излюбленный образ эпохи Великой французской революции, который одинаково широко использовался в обоих лагерях — «гидра революции», «гидра контрреволюции», «гидра аристократии», «гидра анархии» и т. д.

Выражение — в форме «гидра контрреволюции» — было очень популярно и в России после 1917 г. Так, ВЧК в своем «Обращении к трудящимся» от 3 сентября 1918 г. в связи с покушением на В. И. Ленина призвала «раздавить гидру контрреволюции».

В России впервые встречается в XVIII в., когда образованное общество стало широко использовать образы античной мифологии. Например, поэт В. П. Петров (1736—1799) в своем послании (1772) к графу Г. Г. Орлову писал, имея в виду участников «чумного бунта» в Москве:

Пронзи сих гидр, Орлов, то звание твое... Перекарай, окуй и ноги им и руки И пригвозди к горам для вяшей дерзким муки.

Употребляется применительно к злой, коварной силе, с которой трудно бороться, которая разнообразна в своих проявлениях и т. п.