Прошло еще два года мирного царствования молодого царя. Счастливый в семейной жизни, окруженный преданными ему людьми, зорко смотрящими за его интересами и за славой и благоденствием родной страны, Иоанн настолько нравственно изменился, что народ назвал его «Боголюбивым» царем.

За эти два года, по совету Сильвестра, Иоанн созвал церковный собор, названный Стоглавым, чтобы выяснить отношение церкви к народу и упорядочить положение духовенства. Горячо приветствовал молодой царь собравшихся в Москве пастырей церкви, и снова, как на земском соборе, каялся пред ними всенародно, слезы обильно текли из его очей, когда он заканчивал свою речь к духовенству, собравшемуся на собор.

— …Смирился дух мой… умилился я и познал свои согрешения… выпросил прощение у духовенства, у земли всей. Дал прощение князьям и боярам, теперь вас прошу: довершите устроение царства и земли, дайте порядок душам православным, пастве Христовой.

За это время издан был, тщательно просмотренный Сильвестром и Адашевым, «Судебник» и «Уставные грамоты».

Одно тяготило Иоанна: это постоянные перекоры бояр между собою за свое старшинство.

Захарьины хотели сесть выше Романовых, Шуйские занять место еще выше, никто из них не хотел покориться, шли вечные неудовольствия и ссоры.

Когда царь созывал бояр на пир, то, слушая их перекоры и жалобы одного на другого, он гневно сдвигал брови, в эту минуту возвращалась к нему присущая ему жестокость: он готов был разогнать всех своих гостей, чтобы только избавиться от их ссор.

Сильвестр и Адашев зорко следили за царем в эти минуты, своевременно умели его остановить, не давая разразиться его гневу.

— Вот вы просите меня: не гневайся, государь, да не гневайся, — нетерпеливо заметил Иоанн, — не в силах я сдержаться, негоже ведут себя бояре!

— Государь наш добрый, — успокоительно ответил Адашев, — дозволь мне слово молвить.

— Говори, Алеша, — сказал Иоанн.

— Когда б потешился бы ты над их исканьем мест, быть может, и поняли б они, сколь тебе досадили.

Складки на лице царя разгладились, ему пришлось по душе предложение Адашева: посмеяться над боярами за их спесивость друг перед другом.

— И впрямь ты дело говоришь, Алеша! — согласился он с Адашевым.

Случай представился скоро.

На одном из пиров, на который было приглашено много именитых бояр, царь ради потехи посадил выше князя Пронского своего шута Тимошу.

Такой небывалый случай разобидел не только одного Пронского, но и многих бояр, они ясно поняли насмешку царя над их спесивым местничеством, но не посмели уйти с пира, затаив обиду, нанесенную им Иоанном.

Общая обида заставила их сплотиться и на время прекратить свои личные раздоры о местничестве.

— А ведь помогло, Алеша, смотри-ка, теперь совсем иные стали, — довольно заметил царь Адашеву.

— Не скоро, государь, удастся искоренить этот обычай совсем, в привычку он им въелся, — отвечал любимец.

Тем не менее этим случаем было положено окончание местничеству.

На Стоглавом соборе царский духовник в особенности выделился, к нему с уважением относились все собравшиеся духовные лица, они понимали его влияние на царя, но все-таки никто из съехавшихся, даже архиепископы, не обижались на него, так как он не возносился своим положением и обращался со всеми почтительно.

Один из бывших на Стоглавом соборе святителей церкви говорит о нем в «Царственной книге»:

«У царского двора некий священник, зовомый Сильвестром, родом новгородец, всякие дела царские правит и власть святительскую имеет, никто не смеет против него сказать, он владеет обеими властями, как царь и святитель, хотя не имеет ни звания, ни титула того и другого и состоит только священником; он пользуется большим уважением, и относятся к нему все хорошо».