Исходной точкой начала дезинтеграционных процессов исламского сообщества СССР можно считать дату 4 февраля 1989 года. В этот день видные духовные лидеры и богословы Узбекистана и Таджикистана собрались у административного здания САДУМ медресе «Барак хана», объявили о начале Чрезвычайного всеобщего собрания мусульман и в ультимативной форме потребовали смещения председателя САДУМ муфтия Шамсиддина (Шамсуддина) Бабаханова, обвиненного в продажности безбожной власти, несовместимых с исламом привычках и общем несоответствии с занимаемой должностью. Предполагая встретить противодействие соответствующих государственных органов, инициаторы собрания и их сторонники двинулись к зданию Совета министров Узбекской ССР, скандируя антибабахановские лозунги. Неожиданно для демонстрантов первый секретарь ЦК КПСС Узбекской ССР Ислам Каримов согласился выслушать выдвинутые требования и одобрить отставку Бабаханова. Вскоре новым председателем САДУМ был избран директор Высшего исламского института при САДУМ Мухаммад Содик Мухаммад Юсуф. Смещение Бабаханова дало старт началу трансформации существующей структуры духовных управлений. Столь нетипичное для советской системы развитие событий объясняли потом тем, что Ташкент считался своеобразным «фасадом» советского ислама и республиканские власти посчитали нецелесообразным вмешиваться во внутримусульманский конфликт. В любом случае, та легкость, с которой был смещен председатель САДУМ, запомнилась многим имамам и амирам ваххабитских джамаатов. И они сделали соответствующие выводы.

Через три года после описанных событий Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана, реорганизованное в Духовное управление мусульман Мавераннахра, прекратило свое существование и разделилось на республиканские муфтияты. На руинах САДУМ буйным цветом расцвели нетрадиционные формы ислама, которые до сих пор считаются главным дестабилизирующим фактором в этом регионе. И нет никаких сомнений, что Ислам Каримов впоследствии не раз жалел о своей непротивленческой позиции.