После 15 лет правления Годунов не страшился открытых выступлений своих недоброжелателей. Но, подверженный суевериям, он чувствовал себя беззащитным перед тайными кознями. Чтобы спастись от порчи, Борис обязал подданных клятвой на кресте «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не насылать», «людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо».

Уже в первые годы царствования Бориса в Москве произошло несколько «колдовских процессов». Первым был заподозрен в нарушении клятвы боярин Иван Пуговка Шуйский. В государственном архиве хранилось «дело доводное — извещали княж Ивановы Ивановича Шуйского люди Янко Иванов сын Марков и брат его Полуехтко на князя Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле». Дворяне Марковы занимали видное положение в свите Шуйских.

Годунов отдал приказ расследовать дело. Розыск подтвердил вину боярина. Иван Шуйский якобы хотел извести царя колдовством. Виновного ждало суровое наказание.

Он был лишен боярского титула и изгнан из Боярской думы, однако избежал опалы и тюрьмы.

В польских источниках можно обнаружить неявное свидетельство о преследовании старшего брата Ивана Шуйского — князя Дмитрия. В ничтожных проступках царь Борис усмотрел неуважение к своей персоне и якобы заключил князя Дмитрия в тюрьму на несколько месяцев, после чего держал в провинции, не допуская в столицу.

Годунов имел повод для расправы с Шуйскими, но старался избежать столкновения с самой могущественной аристократической фамилией России.

Знать по-своему реагировала на унижение Шуйских.

Не будучи боярином, князь Иван Большой Одоевский 28 апреля 1600 г. затеял местническую тяжбу с Василием и Дмитрием Шуйскими.

Доносы множились, и царь Борис приказал арестовать боярина князя Шестунова, родню братьев Романовых. Его оклеветал холоп по имени Воика. При Грозном холопские доносы вели к кровавым расправам, в которых гибли и сами доносчики. Годунов не хотел следовать примеру великого государя. Он публично заявил, что не причинит боярину «никакого дурна», и одновременно велел объявить на площади перед Челобитенным приказом свое «жалованное слово» доносчику. За верную службу и раденье к своей особе он освободил Воика от холопства и пожаловал поместье, повелев служить в детях боярских «з города».

Царь Борис основал новую династию, но растерял бывших союзников и друзей и оказался в полном одиночестве.

Годуновы должны были всех остерегаться, всех подозревать, за всеми следить (С. Ф. Платонов). При вступлении на трон Борис поклялся быть ко всем милостивым. «Колдовские процессы», казалось бы, не влияли на его политику. Он не спешил с наказанием, но собирал улики на своих бояр с тем, чтобы держать их в полном послушании. В случае надобности можно было извлечь обвинения на свет Божий.

В деле боярина Шестунова такая необходимость возникла, когда Годуновы предали суду братьев Романовых.

Царь забыл об обещании не делать «дурна» Шестунову и прислал на его двор пристава. Если бы престарелый боярин кончил жизнь в тюрьме или изгнании, Борису непременно приписали бы еще одно убийство.

Дело Романовых началось совершенно так же, как другие «колдовские процессы». Сын боярский Второй Бартенев, служивший в казначеях у Александра Романова, подал царю извет на своего боярина. Он сообщил, будто Романов хранит у себя в казне волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают, что они стали жертвами «колдовского процесса». В них процитирована речь пристава, обращенная к закованному в железо Романову:

«Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Служилый немец Конрад Буссов также отметил, что опальных Романовых обвинили в намерении извести царскую семью.

26 октября 1600 г. польские послы как очевидцы наблюдали за нападением правительственных войск на двор Романовых. По царскому приказу особая боярская комиссия во главе с Михаилом Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила в казне Александра ведовские корешки. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались Боярская дума и высшее духовенство. В их присутствии царь велел Салтыкову раскрыть принесенные мешки и «коренье из мешков выкласти на стол».

В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Во время разбора дела они «аки зверие пыхаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорити людей наших, а я-де сам видел то не одиножды». Романовы имели все основания жаловаться на знать, верховодившую в Боярской думе. Княжеская аристократия давно выражала недовольство чрезмерным возвышением Романовых и теперь помогла Борису избавиться от них.

Борис долго колебался, не зная, как поступить с Никитичами. Опальные оставались в столице в течение нескольких месяцев. Наконец их судьба решилась. Федора Романова постригли в монахи и заточили в отдаленный северный монастырь. Его младших братьев отправили в ссылку.

Александр, Михаил, Василий Романовы умерли в изгнании. Их смерть поспешили приписать царю. На самом деле удивительна была не гибель ссыльных, а то, что некоторые из них уцелели. Осужденных кормили скудной пищей и везли за тысячи верст в Сибирь или на берег Студеного моря. Везли по бездорожью, в тяжких цепях, в лютые морозы.

Царь подверг подлинному разгрому романовскую партию в думе. Зять Федора Никитича, боярин князь Борис Черкасский, попал в тюрьму на Белоозеро. Он давно болел и умер в тюрьме довольно скоро.

Через несколько месяцев после суда Борис распорядился смягчить режим заключения опальных, вернул из ссылки Ивана Романова и нарядил следствие по поводу жестокого обращения приставов с больным Василием Романовым.

Причины гонений на Романовых нетрудно установить.

К осени 1600 г. здоровье Бориса резко ухудшилось. В городе по этому поводу поднялась большая тревога. Борис велел отнести себя на носилках из дворца в церковь, чтобы показать всем, что он еще жив.

Слухи о близкой кончине Годунова возродили обстановку династического кризиса. Романовы готовились возобновить борьбу за обладание короной, для чего собрали в столице своих вооруженных людей. Малолетний наследник Бориса имел мало шансов удержать на голове корону после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного царя оставалось единственное средство ее спасения. Он постарался избавиться от претендентов на трон и отдал приказ о штурме романовского подворья.