Степан Осипович погиб 31 марта 1904 года на броненосце «Петропавловск». Корабль подорвался на японской мине и затонул почти мгновенно. Эта трагедия потрясла тогда всю Россию. Огромный броненосец перевернулся и затонул в течение нескольких минут! Почему и как такое могло случиться?

Несомненно, Макаров знал, что с его кораблём такое может произойти. Дело в том, что борьба за живучесть корабля всегда была одной из главных задач на флоте. От того, насколько хорошо экипаж может бороться за свой повреждённый корабль, зависит и жизнь экипажа, и жизнь самого корабля. Впервые Макаров задумался над этой проблемой ещё будучи мичманом. Броненосная лодка «Русалка», на которой он тогда служил, получила небольшую пробоину. Молодой мичман обратил внимание, как сложно было её заделать. Сначала матросы начали изготавливать так называемый пластырь — большой кусок парусины расстелили на палубе, просмолили его, привязали по углам длинные веревки и после этого начали, как говорили моряки, «заводить» пластырь.

Операция «заведения» заключалась в следующем: матросы несли пластырь на нос корабля, там опускали в воду, потом, держа в руках веревки, расходились по бортам и тащили пластырь под днищем. Так они дотягивали пластырь до пробоины, залепляли им дыру в днище и закрепляли верёвки — весьма трудное и долгое дело.

Вернувшись из плаванья, Макаров засел за расчёты и придумал специальный пластырь, состоящий из двух кусков парусины, между которыми была прослойка из толстого войлока. Вся конструкция закреплялась на деревянных планках и готовилась заранее, чтобы не тратить драгоценное время во время аварии. Это изобретение вошло в историю как «пластырь Макарова» и до сих пор используется в аварийном наборе любого корабля.

А Степан Осипович развил свои мысли дальше. Именно тогда ему в голову пришла интереснейшая мысль: для того чтобы корабль не опрокинулся от поступающей в пробоину воды, его надо «спрямить», то есть заполнить водой отсеки корабля с противоположного борта. Все внутренние отсеки корабля должны были быть разделены водонепроницаемыми стенками-переборками, и, конечно же, надо использовать мощные помпы для откачки воды. Таким образом, даже полузатопленный корабль избежит опрокидывания и останется на плаву.

Идеи Макарова о непотопляемости впоследствии развил и переложил на язык математики таблиц его друг и ученик — академик Алексей Николаевич Крылов. Именно с ним Степан Осипович обсуждал устройство внутренних отсеков броненосца «Петропавловск». Того самого! Они оба пришли к заключению, что водонепроницаемые стенки-переборки броненосца расположены неправильно и что в случае получения броненосцем пробоины корабль неминуемо пойдёт ко дну. К сожалению, их выводы оказались верны: подбитый миной «Петропавловск» перевернулся и затонул.

Так погиб великий флотоводец, кораблестроитель, учёный. Но память о нём будет жива, пока в мире есть моряки и корабли. Его перу принадлежат научные труды по морской тактике, артиллерии, географии, кораблестроению и многим другим наукам. Его именем названы семнадцать географических объектов на Тихом океане, в Арктике и Антарктиде, корабли и суда, учебные заведения.

Адмирал Макаров закончил жизнь в бою, на мостике своего корабля. В родной стихии. «В море — значит дома!» — любил говорить он.