Поскольку в те годы в армиях некоторых стран испытывались новые средства вооружения, родилось подозрение, что сообщения о непонятных явлениях в атмосфере могут быть связаны именно с этим. Военно-воздушные силы США начали в 1948 г. сбор и систематизацию сообщений об НЛО, чтобы выяснить их военное значение. К этой работе привлекли и гражданских ученых и инженеров. Несколько раз проводился анализ собранных фактов и были подготовлены заключения для ЦРУ и руководства армии США. Эта работа, известная как Проект «Синяя книга», продолжалась с разной степенью активности до 1969 г. и вначале была секретной, а затем открытой для общественности.
Большой резонанс в июле 1952 г. вызвали несколько сообщений о визуальных и радарных наблюдениях НЛО вблизи Национального аэропорта г. Вашингтон. Учитывая внимание общественности и правительства к этим сообщениям, ЦРУ направило в армию и разведку инструкции по сбору фактов, а также создало для анализа поступающих сообщений группу экспертов, состоявшую из инженеров, метеорологов, физиков и астрономов под руководством физика X. Робертсона (Калифорнийский технологический институт). Изучив факты, специалисты пришли к выводу, что около 90% сообщений об НЛО имеют астрономическое либо метеорологическое объяснение: подавляющее большинство из них связано с наблюдением Луны и ярких планет (особенно Венеры), облаков и полярных сияний, птиц, самолетов, аэростатов, ракет, метеоров, прожекторов и других явлений, понятных для профессионалов, но происходивших в необычных условиях или наблюдавшихся недостаточно квалифицированными очевидцами. Один из членов комиссии, известный американский астроном Дональд Мензел опубликовал в 1953 г. книгу «Flying Saucers», в которой популярно разъяснил многие сообщения об НЛО на основе упомянутых выше явлений (Д. Мензел. О «летающих тарелках». М.: Иностранная литература, 1962).
Однако газеты и телевидение продолжали публиковать сообщения об НЛО. Интерес к ним особенно возрос в первые годы космической эры, начиная с 1957 г. Из США он перекинулся в Западную Европу, СССР, Австралию и другие страны. Вторая комиссия по изучению сообщений об НЛО работала в США в феврале 1966 г. и пришла к таким же выводам, как и первая. Однако у некоторых ученых и инженеров осталась неудовлетворенность работой этих комиссий; особенно активными противниками «естественной» гипотезы об НЛО были метеоролог Джеймс Мак-Дональд и астроном Аллен Хайнек. Они считали, что некоторые сообщения об НЛО ясно указывают на деятельность пришельцев. Нужно заметить, что в середине 1960-х, после первых полетов в космос и в период подготовки экспедиций на Луну наблюдался всеобщий всплеск интереса к космонавтике и поиску внеземных цивилизаций.
Шумиха, поднятая в газетах по поводу внеземного происхождения НЛО, вызвала жесткий отпор у большинства ученых. В 1968 г. по заказу ВВС США Колорадский университет организовал группу из 37 экспертов под руководством крупного физика и специалиста по атомной энергии Эдварда Кондона. Их отчет «Научное исследование НЛО» был рассмотрен специальным комитетом Национальной академии наук США и опубликован в начале 1969 г. В нем подробно проанализированы 59 сообщений об НЛО. В «Заключении» Кондон категорически отвергает «внеземную гипотезу» и рекомендует прекратить дальнейшее изучение проблемы.
К этому времени в архиве проекта «Синяя книга» собралось 12618 сообщений очевидцев НЛО. Все они были либо «идентифицированы» с одним из известных явлений (астрономическим, атмосферным или искусственным), либо «неидентифицированы», часто по причине малой информативности сообщения. На основании «Доклада Кондона» проект «Синяя книга» был закрыт в декабре 1969 г. Единственным официальным и достаточно полным архивом сообщений об НЛО остался тогда канадский, содержавший около 750 сообщений и переданный в 1968 г. из Министерства обороны в Научный совет Канады. Сравнительно небольшие архивы имелись в официальных учреждениях Великобритании, Швеции, Дании, Австралии и Греции.
В целом, к таким же выводам, как Комиссия Кондона, пришли и другие государственные комиссии, изучавшие сообщения об НЛО. Во Франции это была Группа изучения неопознанных аэрокосмических явлений, работавшая с 1977 г. В СССР этот вывод был сделан группой экспертов, работавших по теме «Сетка» Министерства обороны и Академии наук (1978-90 гг.). Правда, при этом отмечалось, что единичным хорошо документированным наблюдениям НЛО все же не удалось дать исчерпывающее научное объяснение.
«Доклад Кондона» и заключения других официальных организаций вызвали неоднозначную реакцию общественности. Большая часть публики и некоторые специалисты были склонны продолжать исследование НЛО: одни указывали на малый, но все же реальный шанс установить таким образом контакт с внеземными цивилизациями; другие считали, что сообщения очевидцев НЛО дают новый метод изучения массового сознания. Поэтому параллельно с государственными комиссиями во многих странах появились группы энтузиастов и общественные организации по изучению НЛО, проводящие самостоятельный сбор информации и ее анализ. Например, в США были организованы Национальный комитет по исследованию атмосферных явлений, Организация по исследованию атмосферных явлений, и др. В 1973 г. группа американских ученых организовала в г. Нортфилд (шт. Иллинойс) Центр по изучению НЛО. В СССР в составе Всесоюзного совета научно-технических обществ работала Комиссия по аномальным явлениям под руководством чл.-корр. АН СССР В. С. Троицкого; появились и другие организации.
Сообщения о наблюдениях НЛО в СССР и России собираются в различных частных, общественных и государственных архивах. Одним из первых и наиболее полных в 1960-80-е годы был архив московского преподавателя астрономии Ф.Ю. Зигеля.