Наиболее общая теория причины эндометриоза заключается в регрессирующей менструации. Термин касается крови и эндометриальной ткани, которые попадают в фаллопиевые трубы во время менструации вместо вывода через вагину. Регрессирующая менструация может способствовать росту эстрогена или чувствительности к эстрогену у некоторых женщин. Однако многие женщины даже с нормальными циклами ощущают регрессирующую менструацию без какого-либо развития эндометриоза.

Таким образом, вопрос о том, что служит причиной эндометриоза, остается загадкой. Существует мнение, что причина кроется в избыточном количестве эстрогена. Возраст женщин с эндометриозом, как правило, в диапазоне 25-40 лет; у большинства из них нет детей. Лечения прогестероном и беременность облегчают симптомы; в результате наблюдается повышение прогестерона и снижение эстрогена. Женщины с неполным периодом беременности гораздо больше подвержены эндометриозам; очевидно, чем меньше женщина вынашивает ребенка, тем больше эстрогена выделяется в течение жизни. Определенную роль могут играть и гормональные вещества, называемые простагландинами.

Неполадки в иммунной системе также могут стать причиной эндометриоза. Фактически, в одном исследовании выяснилось, что высокие уровни аутоиммунных антител были обнаружены почти у всех женщин с эндометриозом, которые были протестированы. Такие аутоиммунные антитела могут вызвать воспаление эндометриальной ткани, что и вызывает боль.

В редких случаях эндометриальная ткань может появляться в местах, удаленных от таза, например, в легких и сетчатке, в результате чего появилась теория о том, что ткань распространяется через кровь и лимфатические системы. Некоторые врачи даже предположили, что эндометриоз начинается еще до того, как родилась женщина, когда эндометриальные клетки развиваются в неправильном месте.