Дата его рождения, к сожалению, неизвестна. Но возвышение князя Алексея Никитича Трубецкого связано с царствованием Алексея Михайловича. Трубецкие — фамилия на Руси известная. Это — род литовских русских князей XIV–XX веков Гедиминовичей. На Руси они появились в конце XIV века и были служилыми удельными князьями, опричниками, боярами и воеводами.
Не избежал административной, служилой карьеры и Алексей Никитич Трубецкой. С 1646 года он возглавлял Сибирский и Казанский приказы, а с 1661 года — и приказ полковых дел.
В то время на границах России было очень неспокойно. Украинский и белорусский народы боролись с польской шляхтой за самостоятельность. Россия помогала им, как могла, не только оружием, но и войсками. Кроме того, под угрозой набегов из Крыма оказалась вся южная граница Российского государства. На «крымской Украине» сосредоточивались русские полки. Туда отправились лучшие русские воеводы, среди которых был и Алексей Никитич Трубецкой. В 1642 году он официально был назначен «большим воеводой», т. е. фактическим командующим всей южной группировкой русской армии. А спустя четыре года Алексей Трубецкой был уже не только «большим воеводой» на Украине, но и «дворцовым воеводой», под командованием которого был личный царский полк.
В 1647 году началась активная дипломатическая деятельность князя Алексея Трубецкого. Шведские, английские, персидские, польские послы и военные генералы, ведя переговоры о перемирии, обращались к нему, как к генералиссимусу. В нем видели не только незаурядную личность, незаурядного полководца, но и отличного дипломата, политика. Может быть, так и должно быть, ведь война — это есть продолжение политики иными средствами, не мирными, а с помощью вооруженной силы. Полководец просто обязан быть политиком, хотя не каждый политик должен и может быть полководцем!
Звание «большой воевода», которое носил Трубецкой, ни на какой язык не переводилось иначе, как «генералиссимус». Так к Алексею Никитичу и обращались все иноземцы.
Первое упоминание о Трубецком в документах относится к 1618 году — юный князь получил тогда чин стольника, служа при дворе. В 1629 году он был послан воеводой в Тобольск. О полном доверии к нему царя Алексея Михайловича свидетельствует то, что на время своих многочисленных отъездов из столицы государь часто поручал Трубецкому управление страной и всем военным ведомством. Поэтому-то А. Н. Трубецкому и была уготована судьбой особая и значительная роль — именно он вел в 1654 году переговоры с посольством Б. Хмельницкого об условиях вхождения Украины в состав Российского государства. В войне с Речью Посполитой в 1654–1655 годах в товарищах у Трубецкого был князь Юрий Долгорукий.
К началу этой войны Трубецкой командовал одной из трех войсковых группировок русской армии — южной. Северной командовал В. П. Шереметев, а центральной — Я. К. Черкасский. Стратегический план войны предусматривал одновременное наступление по всем трем направлениям. Князь Трубецкой должен был прорваться из района Брянска на Рославль-Мстиславль-Борисов, охватывая Смоленск с юга.
Главные силы царского войска обложили занятый поляками Смоленск 5 июля 1654 года, рассчитывая дать здесь полякам генеральное сражение. Но польский король и гетман Януш Радзивилл отвел свои войска в Оршу, собирая силы для деблокирования Смоленска, где держалась небольшая, но сильная группа польских войск. Сюда, под Оршу, немедленно двинулась войсковая группировка князя Черкасского. Тогда гетман Радзивилл попятился еще дальше — к Копысе, крепости на Днепре. Но угроза внешней помощи запертой в Смоленске польской группировке еще оставалась. И тогда решительными действиями князь Трубецкой взял и Копысь, и другую занятую поляками крепость — Шклов, отогнав войска Радзивилла, и полностью снял угрозу деблокирования Смоленска. Вскоре и сам Смоленск был взят русскими войсками. С 10 сентября 1654 года он больше не выходил из состава Российского государства.
В ходе военной кампании 1654 года русские войска освободили западно-русские земли вплоть до Днепра, в 1655 году — всю Белоруссию и в 1656 году Польша пошла на заключение мира.
Теперь, развязав руки с проблемой захваченных было поляками русских земель, Россия 17 мая 1656 года объявила войну Швеции. Царь сам с группой войск двинулся к Риге. Освободить ее с ходу не удалось. Но зато действия северной группировки российской армии, которую теперь возглавил Трубецкой, были успешны. Из Пскова его войска двинулись на Юрьев — самую большую крепость на восточных рубежах Швеции. После десятидневной осады Юрьев пал. В плен было взято много шведских офицеров, солдат и даже генералов.
После победы под Юрьевом северная группировка русских войск двинулась дальше. Вскоре ею были захвачены Мариенбург и Нейгаузен, а в июне 1656 года — Колелу (Кексгольм) и Нотебург. Лишь в ноябре князь Трубецкой остановился в Полоцке, поскольку война со Швецией заканчивалась победой России, и центр военных действий теперь переносился на Украину и в Белоруссию. Здесь после смерти Б. Хмельницкого новый гетман Иван Выговский нарушил договор с Россией и принял над собой власть польского короля. Гетман Выговский договорился даже с крымским ханом о совместных действиях против России. И вскоре русские войска под Киевом встретила почти стотысячная армия крымского хана и украинских казаков.
Почти весь день под Киевом шла ожесточенная рубка, кончившаяся тем, что воевода Шереметев вдрызг разбил объединенное войско крымчан и украинцев гетмана, захватил сорок знамен и погнал противника, почти не встречая сопротивления. Трубецкой, тоже прибывший сюда после сражения, немедленно начал переговоры с Выговским. «Что ж ты, гетман, против своих братьев-славян вместе с басурманом выступаешь, — говорил князь. — Нам с тобой надобно вместях быть, а не стенка на стенку ходить. Ну, что, гетман, по рукам что ли?»
Гетман ответа не давал и тянул время в надежде, что придет военная помощь от Польши. «Ну, гляди, гетман, — пообещал Трубецкой, — воля твоя, тока мы с тобой чикаться не будем, коли ты рыло в другу сторону воротишь». Пообещал и слово сдержал — его войска немедленно осадили Конотоп. Взять его не удалось, поскольку гетман бросил на помощь все свои силы. Тогда Трубецкой снял осаду, чтобы понапрасну не губить солдатские души, и стал вместе с Шереметевым разрабатывать план широкомасштабного решительного наступления на гетмана Выговского. Вскоре русские войска снова двинулись на гетмана и стали одну за другой брать украинские крепости. «Ах ты, — сокрушался гетман, загибая пальцы на руке, — смотри-ка сколько уже взяли… Гоголев… Триполь… Борозянка… Быльцов… Пора тикать, хлопцы». Гетман добежал аж до Польши, бросив жену и сына, взятых заложниками и отправленных в Москву.
1 ноября 1659 года в Переяславле новый украинский гетман Юрий Хмельницкий — сын Богдана — принял присягу на верность Российскому государству в присутствии воевод Трубецкого, Ромодановского и Шереметева. Но этот гетман оказался не лучше Выговского — вскоре он изменил присяге и сдался в плен туркам. Соблазнило его обещание султана сделать его гетманом всей Правобережной Украины, которая должна войти в состав Османской империи. Обрадованный такой «перспективой» Юрий Хмельницкий вскоре принял звание князя Малороссии и вместе с янычарами стал готовиться к походу против России. В братоубийственной войне по милости Ю. Хмельницкого прошел весь 1661 год. Но военная помощь турок и крымского хана не принесли славы беглому гетману, превратившемуся на туретчине в «князя». Его постоянно преследовали военные неудачи, поскольку как полководец он и в подметки не годился Алексею Никитичу Трубецкому. В конце концов Юрий Хмельницкий повинился перед русским царем за свое предательство и попросил прощения. Остаток своей жизни он провел в монастыре, замаливая грех предательства.
Зато Трубецкой торжествовал. 23 февраля 1660 года в Золотой палате чествовали его, справедливо считая заслугой князя возвращение Украины «под руку русского царя». Алексей Никитич получил высшие царские милости за службу и титул «Державца Трубчевского», поскольку царь подарил ему ни много, ни мало как город Трубчевск. В последующие годы, оставаясь формально командующим русской армией, князь Трубецкой жил при дворе, стал крестным отцом царского сына Петра. Петру Трубецкой подарил и свое родовое имение, поскольку собственного наследника у него не было.
Умер «большой воевода» Алексей Никитич Трубецкой в 1680 году.