Мануэль де Фонсека родился в Бразилии. Он с юных лет готовился стать военным и окончил военную школу в Рио-де-Жанейро. Известно, что в 1848 году он был направлен в Прайейрусе на подавление народного восстания. На это ушел почти год. И только в 1849 году, применив жесточайшие меры к мятежникам, удалось утихомирить провинцию.

После подавления восстания молодого офицера де Фонсеку заметили. Более чем десятилетний период после событий 1848–1849 годов служба де Фонсеки протекала достаточно мирно — учеба, лагерные сборы и учебные походы. Старательный офицер за это время вырос до полковника.

К 1864 году был создан «Тройственный союз» из Бразилии, Аргентины и Уругвая, направленный против Парагвая. Вскоре союз развязал Парагвайскую войну, которая длилась с 1864 года по 1870 год. Война с головокружительной быстротой вознесла Мануэля де Фонсеку на гребень славы — он стал генералом и уже предвкушал то время, когда в его руках окажется маршальский жезл.

В результате этой жуткой парагвайской мясорубки было истреблено четыре пятых населения Парагвая, к власти в стране пришла реакционная помещичье-буржуазная верхушка, связанная с иностранным капиталом. За доблесть, проявленную в этой войне, генерал де Фонсека был назначен губернатором провинции Риу-Гранди-ду-Сул и пробыл в этой должности два года.

Когда сторонники республиканского строя стали выступать за проведение буржуазно-либеральных реформ в Бразилии, де Фонсека примкнул к ним и активно участвовал в свержении монарха дона Педро II в 1889 году. Три дня спустя после того, как 7 июля 1889 года был образован новый правительственный кабинет во главе с виконтом де Ору-Прету, глава кабинета изложил свою программу обеим палатам. Но она была отклонена, а самому виконту выражено недоверие. Тогда правительство назначило новые выборы в палату депутатов. Выборы должны были состояться 20 ноября.

Мануэль де Фонсека.

В такой неустойчивой обстановке в начале октября ряд военных и гражданских руководителей вступили в тайное соглашение. Центральной фигурой готовящегося заговора стал маршал Мануэль де Фонсека. Теперь это был уже влиятельный представитель вооруженных сил, открыто ставший во главе противников монархии. Восстание республиканцев было назначено на 18 ноября, за два дня до созыва Генеральной ассамблеи. Но уже 14 ноября кто-то распустил слухи о том, что правительством отдан приказ об аресте маршала де Фонсеки и других руководителей. Это послужило сигналом к немедленному восстанию. Во всех воинских гарнизонах началась подготовка к бою, а утром следующего дня полки направились в город и заняли позиции близ Генерального штаба. Перепугавшееся правительство укрылось вначале в помещении военно-морского арсенала, затем тайком перебралось в штаб-квартиру военного министерства, где надеялось продержаться под защитой двухтысячной бригады полицейских под командованием генерала Баррету.

Но полицейские и моряки встретили де Фонсеку приветственными возгласами. Виконт де Ору-Прета, не подчинившийся требованиям маршала, был арестован и выслан из страны. Теперь де Фонсека взялся за бывшего императора. 16 ноября тот получил послание от Фонсеки, в котором дону Педро II сообщалось о перевороте и предлагалось в течение двадцати четырех часов покинуть Бразилию вместе со всей семьей. Утром 17 ноября император уже плыл на корабле через Атлантику, направляясь в Лиссабон.

Так в Бразилии произошла смена режима. Однако сформировать новый кабинет сразу же не удалось, а уже 18 декабря произошли первые беспорядки. Случилось это в казармах одного из артиллерийских полков. Де Фонсека применил силу. Все это заняло время, и лишь в январе 1890 года функции правительства перешли к Совету министров, созданному для руководства всеми мероприятиями пришедшей к власти военной диктатуры.

15 января маршал де Фонсека был провозглашен генералиссимусом, некоторое время спустя, декретом от 25 мая, военными стали все министры, получившие звания бригадных генералов.

Вскоре между министрами и генералиссимусом начались разногласия. Кроме того, несколько газет, нападавших в публикациях на новоиспеченного генералиссимуса, стали вызывать все большее раздражение де Фонсеки. Не мудрствуя особо, диктатор издал декрет о печати. Это вызвало очередное недовольство газет. Тогда приверженцы де Фонсеки разгромили здание газеты «Трибуна». Это в свою очередь привело к недовольству Совета министров, дружно подавшего в отставку.

Де Фонсека отставки министров не принял и отклонил их требования о нормализации отношений с прессой и большей демократизации.

К концу 1891 года Бразильскую республику признали все страны, и только царская Россия не поддерживала отношений с новым режимом до самой смерти бывшего монарха дона Педро II.

22 ноября 1891 года поднял восстание контр-адмирал Кустодиу Жозе де Мелу, подчинивший себе эскадру военных кораблей, стоявших на рейде Рио-де-Жанейро. Объявили забастовку и железнодорожники. Де Фонсека, наверное, искренне не понимал в чем дело. Ему, военному человеку, привыкшему всю жизнь отдавать приказы или исполнять их, другой образ жизни казался невозможным. Он полагал, что гражданскими людьми, гражданской жизнью можно управлять точно так же, как и воинскими подразделениями — с помощью приказов. Поэтому он искренне недоумевал — за что его критикует пресса, почему его правлением сразу оказались недовольны столько людей? Почему, ведь он желает только добра своей стране?

Ошеломленный таким «коварством» сограждан, де Фонсека отдал приказ об аресте восставших. Но его никто и не подумал выполнять. А на следующий день эскадра произвела орудийный выстрел с одного из кораблей — это был сигнал-ультиматум правительству де Фонсеки: «Сдаться!» Растерявшийся, не понимавший, что можно сделать в подобной ситуации, де Фонсека так и не смог организовать отпор восставшим против его диктаторских замашек, а может, и не захотел кровопролития. Он просто передал свои президентские полномочия вице-президенту республики маршалу Флорисену Пеймоту, который был избран президентом и в августе 1895 года смог добиться мира в стране.