Автором этого выражения можно считать царя Ивана IV, прозванного в народе Грозным за массовые казни и убийства. Для усиления своей самодержавной власти Иван Грозный ввёл опричнину (систему жёстких мер и законов), наводившую ужас на всё государство Российское.

С разгулом опричников (царских стражников) не мог примириться митрополит Московский Филипп. В своих многочисленных посланиях к царю – грамотах – он стремился убедить Ивана Грозного отказаться от проводимой им политики террора и распустить опричнину.

Непослушного митрополита Грозный презрительно называл Филькой, а его грамоты – филькиными грамотами.

За смелые обличения Грозного и его опричников митрополит Филипп был заточён в монастырь, где был убит.

Выражение «филькина грамота» укоренилось в народе. Вначале так говорили просто о документах, не имеющих юридической силы. А теперь это означает также и «невежественный, безграмотно составленный документ».