Выражение тоже связано с русской историей.

До конца XVI века существовал церковный праздник, который назывался Юрьев день (26 ноября по старому стилю). В этот день крестьяне могли покидать своих владельцев и переходить к другим помещикам. Это был единственный «вольный» день в году. Но потом и это право было отнято у крестьян. Пришёл Юрьев день, а крестьяне не могли никуда уйти: им был объявлен новый указ царя. «Вот тебе, бабушка, и Юрьев день!» – говорили крестьяне.

Теперь выражение употребляют тоже по поводу какого-либо неожиданно случившегося неприятного события.