В старину деревянные домики в топких сырых местах ставили на пеньки с обрубленными корнями, чтобы предохранить их от загнивания. Конечно, богатый, просторный дом на такие ножки не поставишь. Вот и стало это выражение синонимом ветхой, кривобокой избушки, в которой жить может разве что Баба Яга.

Интересно, что одна из деревянных церквей в старой Москве, поставленная из-за топкости места на такие пеньки, называлась «Никола на курьих ножках».