Идеология схоластики определила границы, «за которые переходить нельзя», и присутствие этих границ можно обнаружить во всем последующем развитии европейской культуры. Эко, рассуждая о значении схоластической модели мира и мышления, проводит аналогии между томизмом и структурализмом (в связи с чем он добавил еще одну главу в американское издание своей диссертации, но еще раньше он поднимал эту проблему, рассуждая об эпистемологических основаниях структуралистского дискурса (или дискурсов) в Отсутствующей структуре). Подобное сравнение основано не только на определенной близости процедур текстового анализа, который в структурализме предполагает операции по сегментации и классификации, разделение высказывания на лексемы, морфемы, фонемы, семы и т. д., определение уровней изотопии и другие операции, направленные на экспликацию порождающих значение структур. Многие аспекты структуралистского метода были апробированы схоластикой (бинарные оппозиции — истина и ложь, sic et non, дуальная структура quaestio и distinctio). Придавая особое значение кодификации и систематизации, структурализм утрачивал провозглашенный им объективизм: пытаясь понять, каким образом возникает смысл, в конечном счете он сам навязывает смысл изучаемому феномену. Эко считает, что и структурализм, и схоластика — это синхронистские методологии, они антиисторичны по самой своей сути. Вскрывая в историческом процессе вневременную ось мыслительных констант, они игнорируют историческую действительность, присущую вещам и явлениям изменчивость, отождествляя структурно-упорядочивающую решетку с реальностью, на которую она проецируется. В такой ситуации историческое знание невозможно. Система, лишенная противоречий, для которой реальность абсолютно интеллигибельна, терпит крах, если она не стимулирует постоянного сомнения в своей эпистемологии.

Особой критике Эко подвергает понятие структуры, которым, по его мнению, злоупотребляли в течение нескольких десятилетий, так что в конце концов оно стало понятием-фетишем, почти утратив свой первоначальный функциональный смысл. Эко критикует этот термин во имя спасения его методологической значимости и стремится обосновать его легитимность, но уже на «ничейной территории».

Для Леви-Стросса, Якобсона, Греймаса структура эквивалентна универсальной модели, легко переносимой с одного объекта на другой, что ведет к унификации и формализации знания. При этом неизбежно игнорируется материальная природа изучаемого объекта: он предстает таким, каким его хотят видеть. В итоге мы имеем дело с постепенной подменой, переходом от «оперативной модели к объективной структуре». Подобное расширенное толкование и использование термина (и методики) представляется Эко неправомерным. Структура трактуется им как конкретный метод изучения объекта, не обладающий статусом универсальности. Сами структуры «методологичны»: они представляют собой гипотетические продукты разума и лишь частично отражают сущность вещей. «Подлинная структура» неизменно отсутствует (эмпирически она не наблюдаема — elle se situe au dela) и недоступна интеллектуальному постижению, — таков главный пафос Отсутствующей структуры (1968).

В этом отношении структурализм также удивительно напоминает схоластику, особенно томистскую forma mentis. Подобно схоластике ему свойственно стремление быть чем-то вроде науки наук, универсальной логики. Закрытость же системы рано или поздно превращает ее в консервативную идеологию, подменяющую реальность схемой. Схоластика и структурализм представляются Эко «гомологичными моделями в действии» в силу того специфического соотношения теории и реальности, которое характеризует их как «философию Порядка».

Опыт исследования схоластики и структурализма способствовал формированию взглядов Эко на специфику и способы построения семиотической теории. Главное — преодолеть иллюзию, будто мир поддается глобальной трактовке. Философия не может утверждать «вот как вещи существуют в реальности», не совершая при этом акта мистификации. Персонаж Имени розы Вильгельм Баскервильский выражает по сути точку зрения автора романа на проблему «истинности» используемых в процессе познания методов: «Исходный порядок — это как сеть или как лестница, которую используют, чтоб куда-нибудь подняться. Однако после этого лестницу необходимо отбрасывать, потому что обнаруживается, что, хотя она пригодилась, в ней самой не было никакого смысла… Единственные полезные истины — это орудия, которые потом отбрасывают».