В Башкирии тоже одновременно с думскими выборами были назначены выборы президента республики.

В 1998 г. Муртаза Рахимов стал президентом, лишив регистрации своих основных соперников и оставив своим единственным "оппонентом" кандидата, который во время кампании сам агитировал за Рахимова.

Такую же тактику Рахимов пытался избрать и в 2003 г. Роль спарринг-кандидата была отведена сенатору от Башкирии Игорю Изместьеву. Опасность для Рахимова представляли бывший вице-президент "Лукойла", член Совета Федерации от Республики Алтай Ралиф Сафин (отец популярной певицы Алсу), лидер республиканского объединения "Русь" Александр Аринин и в особенности совладелец Межпромбанка Сергей Веремеенко, поскольку последнему покровительствовал "силовой олигархат" - военно-чекистское крыло в окружении президента Путина (Игорь Сечин, Виктор Иванов).

Рахимов, однако, полностью контролировал административный ресурс внутри республики, а кроме того, имел союзников в "семейном" крыле административной олигархии (Александр Волошин, Владислав Сурков).

Первый отказ С. Веремеенко в регистрации последовал 27 октября после жалобы И. Изместьева на агитацию за Веремеенко в центральной прессе, помимо средств его избирательного фонда. По версии самого Веремеенко, инкриминируемые ему публикации к его избирательной кампании никакого отношения не имели и являлись обычными редакционными материалами газет и журналов, за которые он ответственности не несет.

ЦИК, поначалу неверно оценив соотношение сил внутри Кремля, встал на сторону Веремеенко и 3 ноября 2003 г. потребовал повторного рассмотрения вопроса. 11 ноября башкирский избирком повторно отказал Веремеенко по тем же основаниям. Параллельно в Верховном суде Башкирии было возбуждено дело об отмене регистрации кандидата Р. Сафина, готовилась также отмена регистрации А. Аринина.

17 ноября 2003 г. Центризбирком единогласно проголосовал за то, чтобы зарегистрировать Веремеенко кандидатом и обязать председателя Башкирского избиркома Бориса Кинзягулова в трехдневный срок выдать ему удостоверение кандидата. Однако 20 ноября, непосредственно перед вручением удостоверения, в избирком Башкирии поступило определение судьи Ленинского районного суда г. Уфы: "Запретить ЦИК Башкортостана в любой форме исполнять постановление Центральной избирательной комиссии РФ “О жалобе С. А. Веремеенко” от 11 ноября 2003 г." Решение районного судьи было следствием жалобы некоего жителя Уфы в районный суд о том, что Центризирком, отменив постановление избиркома Башкирии, нарушил его гражданские права.

После напоминания со стороны ЦИК о печальной судьбе Красноярского крайизбиркома (распущенного в 2002 г. за непокорность ЦИКу) удостоверение кандидата было через несколько дней Веремеенко выдано. В связи с этим в Уфе были прекращены усилия снять с регистрации Р. Сафина и А. Аринина, так как теперь это усилило бы позиции Веремеенко как главного кандидата оппозиции.

3 декабря 2003 г. кандидат в депутаты Госдумы Айрат Дильмухаметов сообщил кандидатам в президенты Башкирии С. Веремеенко и Р. Сафину, что в типографском комплексе администрации президента Рахимова "Мир печати" идет подпольное размножение фальшивых избирательных бюллетеней для президентских выборов. Поздно вечером Дильмухаметов, Веремеенко и Сафин отправили заявления об этом в региональное управление ФСБ, в прокуратуру и МВД, а ночью сторонники Веремеенко, Сафина и активисты КПРФ окружили типографию. Как оказалось, там к этому времени напечатали от 500 до 800 тысяч "левых" бюллетеней.

В 5 утра к типографии подтянулись сотрудники республиканского УВД, которые блокировали здание от оппозиционеров. Была сделана попытка вывезти бюллетени из типографии на милицейском УАЗике, но толпа пресекла ее. Тогда, через 15 минут, в типографии начался пожар. Оппозиция вызвала пожарных, но ни до их приезда, ни после милиция не подпустила оппозиционеров к горящему зданию. Большая часть "левых" бюллетеней сгорела и не попала в руки ФСБ и прокуратуры.

Республиканская прокуратура, однако, по размаху событий решив, что дни Рахимова сочтены, возбудила уголовное дело по статьям 142 УК ("Фальсификация избирательных документов") и 167 ("Умышленное уничтожение имущества"). 4 декабря 2003 г. руководитель следственной группы, первый замгенпрокурора Башкирии Владимир Коростылев заявил "Интерфаксу", что заказчик тиража фальшивых бюллетеней установлен - это руководитель администрации президента Башкортостана Радий Хабиров. "В случае подтверждения… данных по этой авантюре, к которой, возможно, причастны государственные чиновники, все виновные лица должны быть наказаны предельно жестко", заявил председатель ЦИК А. Вешняков. 75

Далее, однако, река потекла в обратную сторону. Стало сбываться предсказание, сделанное еще раньше политтехнологом Маратом Гельманом: "Демократия в Башкирии будет принесена в жертву необходимости собрать максимальное количество голосов для “Единой России”". 76

Сначала прокурор республики Флорид Байков дезавуировал заявление своего заместителя В. Коростылева о причастности Р. Хабирова к публикации "левого" тиража избирательных бюллетеней как "преждевременное". Затем "добровольно" подал в отставку с важного поста начальника управления Министерства налогов и сборов по Башкирии брат Сергея Веремеенко Александр Веремеенко. В Центризбиркоме перестали отвечать на вопросы о "башкирском деле". На трассе Челябинск - Уфа были задержаны все автомобили с тиражами напечатанных за пределами Башкирии оппозиционных изданий с публикациями о "Башкиргейте".

В первом туре выборов 7 декабря 2003 г. лидировал М. Рахимов, получивший, согласно официальным данным, 44% голосов (С. Веремеенко 25,38%, Р. Сафин - 23,03%). "Единая Россия" получила мандаты по всем 6-ти мажоритарным одномандатным округам в Башкирии (с официальными результатами от 24-х до 52-х процентов), а по общефедеральному многомандатному собрала в Башкирии 33,89%.

В комиссии всех уровней поступило 199 жалоб по голосованию за президента Башкирии - в основном от юристов штаба Веремеенко на допущенные нарушения. На шести участках ввиду слишком явных нарушений выборы пришлось признать недействительными. 12 сторонников Р. Сафина объявили голодовку в здании сафинского избирательного штаба с требованием вообще аннулировать итоги президентских выборов.

8 декабря президент Путин благосклонно принял М. Рахимова в Кремле. С этого момента исход выборов перестал вызывать сомнения.

12 декабря 2003 г. полпред С. Кириенко и замруководителя администрации президента В. Сурков посетили М. Рахимова в Уфе, где похвалили Башкирию за "стабильность и межнациональное согласие". 77

15 декабря 2004 г. засветившийся как враг Рахимова заместитель прокурора Башкирии В. Коростылев был отстранен от должности, а проявивший колебания прокурор республики Ф. Байков подал рапорт об отставке по собственному желанию. Закрылось несколько оппозиционных сайтов в интернете. Сторонники С. Веремеенко, Р. Сафина и А. Аринина стали в массовом порядке изгоняться с работы - как с государственных предприятий, так и с частных.

С. Веремеенко был приглашен в Москве на встречу с В. Сурковым, после чего 18 декабря 2003 г. сделал заявление, что он "принял решение свернуть свою избирательную кампанию, но, как обещал избирателям, от участия в выборах окончательно не отказывается". 78

В. Сурков встретился также с Р. Сафиным, после чего сторонники Р. Сафина в Уфе прекратили голодовку.

Во втором туре 21 декабря 2003 г. президентом был избран М. Рахимов, набравший по официальным данным 78% при явке 69%. "Свернувший кампанию" С. Веремеенко набрал 15,85%.