3 июля 2003 г., после нескольких дней мучений, умер Юрий Щекочихин - депутат Государственной думы от партии "Яблоко", заместитель председателя думского Комитета по безопасности, член думской комиссии по борьбе с коррупцией, журналист, заместитель главного редактора "Новой газеты". В июле 2001 г. именно ему в Загребе Юрий Фельштинский передал для публикации в газете рукопись книги "ФСБ взрывает Россию". В августе 2001 г. несколько глав книги были опубликованы спецвыпуском "Новой газеты". Именно Щекочихин явился инициатором попытки организации думского расследования преступлений ФСБ, описанных в этой книге.

Щекочихин почувствовал недомогание 16 июня 2003 г. В этот день он находился в командировке в Рязани на открытии антикоррупционной комиссии, принимал участие в пресс-конференции. 18-го ему стало хуже. А 19-го и 20-го числа начала сходить кожа, как после сильного ожога. 21 июня он в тяжелейшем состоянии был доставлен в Центральную клиническую больницу (ЦКБ) Москвы. Согласно заключению судебно-медицинской экспертизы непосредственной причиной смерти Щекочихина явилась тяжелая общая интоксикация - синдром Лайелла (или острый эпидермальный некролиз) - острая токсико-аллергическая реакция, которая, как правило, развивается по типу лекарственного осложнения. Синдром Лайелла - патология достаточно редкая: один случай на миллион населения. Признаки системной токсико-аллергической реакции у Щекочихина были очевидны. В ЦКБ он поступил с высокой температурой, поражением слизистых, кожного покрова, нарушениями почечной функции, нарастающей дыхательной недостаточностью, в связи с чем в дальнейшем был переведен на искусственное дыхание. Не исключалось, что столь "редкая форма аллергии" была вызвана "неизвестным агентом", т. е. ядом неизвестной природы. Как мог попасть яд ("неизвестный агент") в организм жертвы, осталось невыясненным, так как анализы не брались, материалы экспертизы обнародованы не были. Наоборот, результаты вскрытия и история болезни Щекочихина были засекречены по предлогом "врачебной тайны", в том числе они были скрыты и от семьи журналиста. Родственники Щекочихина так и не получили акта вскрытия. В возбуждении уголовного дела по факту вероятного убийства Щекочихина было отказано, хотя уже 3 июля 2003 г. председатель комитета Госдумы по безопасности Александр Гуров обратился в генпрокуратуру с просьбой возбудить уголовное дело по факту смерти Юрия Щекочихина.

Щекочихин умер накануне запланированной поездки в США, где он собирался рассказать американской общественности, конгрессменам и сенаторам о расследовании им крупных коррупционных дел. Среди этих дел одним из основных было дело фирмы "Три кита", прикрываемой высокопоставленными сотрудниками генпрокуратуры и ФСБ. Чем же был опасен для ФСБ Щекочихин? Приведем отрывок из его предсмертного интервью:

"Мне приходится работать на два фронта - в качестве депутата Государственной думы, зампреда Комитета по безопасности, цели которого - борьба с терроризмом и транснациональная преступность, и еще в Комиссии по борьбе с коррупцией Государственной думы и в "Новой газете", которая тоже занимает сильные позиции по борьбе с коррупцией. Правда, я слово "борьба" не люблю, это больше анализ ситуации, того, что происходит сегодня. Много лет назад мы […] дали определение мафии: "Лев прыгнул". А в этом году в январе мы дали другую оценку: "Лев прыгнул уже в погонах". По сравнению с тем, что сегодня происходит в наших спецслужбах, в прокуратуре, - все бандиты просто "тимуровцы". Сегодня именно эти люди, которые нужны, чтобы бороться с преступностью и коррупцией, сами подняли флаг коррупции и преступности. Это не обошло ФСБ, чего ранее никогда не было, теперь постоянно - крыши, которые они обеспечивают, огромные деньги, которые они получают, и контроль за портами и банками, который осуществляется ФСБ. Я уж не говорю о милиции. […] Надо менять всю систему и установки. Я уж не говорю о том, что милиционеров слишком много. Вот только в Москве примерно 110 тысяч милиционеров, а в Лондоне - около 40 тысяч, хотя в Лондоне чувствуешь себя безопасней".

Щекочихин боролся прежде всего с коррупцией государственного уровня, и больше всего его ненавидели представители государственной власти. Среди тех, у кого были основания считать Щекочихина своим врагом, были заместитель генерального прокурора Юрий Бирюков и тогдашний заместитель директора ФСБ Юрий Заостровцев, да и сами генпрокурор (Владимир Устинов) и директор ФСБ (Николай Патрушев) вряд ли были довольны журналистскими расследованиями Щекочихина. Сергей Соколов, заместитель главного редактора "Новой газеты", так описывал деятельность Щекочихина в последние недели и месяцы:

"В последнее время Юрий Щекочихин усиленно занимался делом "Трех китов". Кроме того, он активно готовил материалы, связанные с чеченской проблемой, с поиском мира и вообще всей этой тематикой. Он ездил в Чечню в составе комиссии Госдумы. Это было непосредственно перед поездкой в Рязань. И естественно, он готовил фрагмент очередного заседания думской Комиссии по коррупции. Это опять-таки связано с "Тремя китами" и вытекающими из этого моментами, связанными с Генпрокуратурой" .

Но поскольку именно генпрокуратура и ФСБ принимали решение о том, возбуждать ли следствие по факту смерти Щекочихина, расследованию даже не суждено было начаться, поскольку в нем не были заинтересованы именно генпрокуратура и ФСБ, ответственные, скорее всего, за организацию отравления Щекочихина.