14 сентября 1999 г., вскоре после взрыва второго жилого дома в Москве, Путин выступил на заседании Государственной думы, посвященном вопросу борьбы с терроризмом. Основные тезисы Путина:

восстановление подчинения местных силовых органов федеральным;

недопустимость репрессий по национальному признаку;

Чечня - террористический лагерь;

критическая характеристика хасавюртовских соглашений;

временный карантин по периметру Чечни;

Чечня остается субъектом РФ;

требование от чеченских властей выдачи преступников;

безжалостное уничтожение бандитов в случае перехода ими границы;

особый экономический режим по отношению к Чечне;

формирование чеченского (пророссийского) правительства в изгнании;

необходимость закона о борьбе с терроризмом;

политики, использующие сложившуюся ситуацию для предвыборных целей, - не лучше террористов .

Однако день начала большой войны был предопределен событиями 22-23 сентября в Рязани. После рязанского провала ФСБ отказалась от дальнейших попыток взрывать жилые дома в России. Рязанский теракт был последним в сентябрьской цепи. Начинать военные действия надо было немедленно, до того, как российское общественное мнение, опирающееся на тогда еще независимые СМИ, узнает о рязанских "учениях" и, сопоставив факты, придет к выводу о том, что теракты в России организуют спецслужбы для начала второй чеченской войны.

23 сентября начальник Московского УКГБ Александр Царенко заявил, что московские взрывы были организованы чеченцами и что виновные уже арестованы (позднее оба московских ингуша, которых А. Царенко имел в виду под "чеченцами", были освобождены ввиду их полной непричастности к терактам). В тот же день российская авиация нанесла ракетно-бомбовые удары по аэропорту Грозного, нефтеперерабатывающему заводу и жилым кварталам в северных пригородах чеченской столицы. Путин, отвечая на вопросы журналистов, сказал: "Что касается удара по аэропорту Грозного, то прокомментировать его не могу. Я знаю, что есть общая установка, что бандиты будут преследоваться там, где они находятся. Я просто совершенно не в курсе, но если они оказались в аэропорту, то, значит - в аэропорту. Мне трудно добавить к тому, что уже было сказано". Видимо, Путину как премьер-министру известно то, чего не знает еще население страны: террористы, пытавшиеся взорвать дом в Рязани, отсиживаются в грозненском аэропорту.

24 сентября, выступая в столице Казахстана Астане, Путин заявил, что авиаудары наносятся "исключительно по базам боевиков и это будет продолжаться, где бы террористы ни находились. […] Если найдем их в туалете, замочим и в сортире". В тот же день Патрушев сообщил, что попытки подрыва дома в Рязани не было, были "учения". Но война шла уже полным ходом. 1 октября российская бронетехника пересекла административную границу Чечни и углубилась на пять километров.

К исходу первых двух месяцев второй чеченской войны становится очевидно, что военные действия были развязаны российским правительством для начала реализации стратегического решения: перехода страны с пути реформаторского (ельцинского) на путь военно-чекистско-бюрократический (путинский). Путинские античеченские, прочекистские, написанные языком военного коменданта указы для России 1999 г. выглядели дико не только по существу, но и по форме. Так, 6 декабря жителям Грозного был предъявлен "ультиматум Путина" - требование российского военного командования в Чечне к жителям Грозного покинуть город до 11 декабря через "коридоры безопасности". "Лица, оставшиеся в городе, - говорилось в ультиматуме, - будут считаться террористами и бандитами. Их будут уничтожать артиллерия и авиация. […] Все те, кто не покинул город, будут уничтожены" .

Позже ультиматум был частично дезавуирован как имеющий своим адресатом не всех жителей Грозного, а только боевиков. 13 января Путин санкционировал запрет на въезд и выезд из Чечни мужчин в возрасте старше десяти и моложе шестидесяти лет. Распоряжение о запрете было подписано генералом Виктором Казанцевым, но уже 15 января отменено из-за протестов общественности. 21 января на заседании коллегии МВД Путин предупредил о возросшей опасности новой волны террористических актов чеченских сепаратистов в российских городах.

20 декабря, в "день чекиста", Путин восстановил памятную плиту в честь бывшего председателя КГБ Юрия Андропова на стене здания ФСБ в Москве. В тот же день вечером, выступая с речью на банкете для сотрудников спецслужб Путин сказал: "Я хочу доложить, что группа сотрудников ФСБ, направленная в командировку для работы под прикрытием в правительство, на первом этапе со своими задачами справляется" . Известная московская газета процитировала еще и такие слова Путина, сказанные в тот день: "Внедрение в преступную группировку произошло успешно. Шутка" .

Милитаристско-чекистская направленность политики Путина, тем не менее становилась все более и более очевидной. 31 декабря Путин подписал правительственное распоряжение о восстановлении начальной военной подготовки в школах. В феврале 2000 г. подписал указ о призыве резервистов на военные сборы, а затем о восстановлении особых отделов в армии - политические отделы, ставящие своей целью следить за идеологической благонадежностью военных, причем не только офицеров, но и солдат. Особые отделы в армии (своеобразное армейское КГБ) были распущены после распада Советского Союза, так как считались пережитком советской власти. Теперь же эта тайная полиция в воинских частях была вновь восстановлена.

Это были тревожные сигналы, говорящие о том, что на месте Ельцина может оказаться человек со взглядами офицера КГБ советских времен, милитарист, видящий, как и его советские предшественники, главных своих врагов в Соединенных Штатах и Объединенной Европе. Но в те месяцы многие были склонны рассматривать действия нового премьер-министра как популистские шаги, ставившие своей целью умиротворить национализм определенных кругов избирателей.

После завершения многодневного штурма Грозного 6 февраля он объявил, что "взят последний оплот террористов - Заводской район Грозного, - и над одним из административных зданий был водружен российский флаг. Так что можно сказать, что операция по освобождению Грозного закончилась". Очевидно, Путин торопился завершить "маленькую победоносную войну" до мартовских президентских выборов. (Через четыре года, в феврале 2004 г., он уже не будет делать вид, что "маленькая война" завершилась, а победу на выборах будет обеспечивать совсем иным способом.)

Тем не менее в сентябре-октябре 1999 г. в относительно короткий срок российская армия заняла примерно 80% территории Чечни. Операции сопровождались большими потерями и риторикой о необходимости предотвратить дальнейший распад Российской Федерации, о возвращении Чечни под контроль федерального центра. В целом российское общественное мнение, напуганное сентябрьскими терактами в России, поддержало политику Путина в чеченском вопросе и даже грубое заявление Путина о намерении "мочить террористов в сортире" сыграло ему на пользу. После начала военной кампании в Чечне рейтинг Путина благодаря глобальной поддержке контролируемого Березовским первого канала российского телевидения (ОРТ) стал неизменно расти. К началу предвыборной кампании от неизвестного "Who is Mr. Putin?" он стал кандидатом с популярностью, доходящей до 50%.