19 декабря 1999 г. на выборах в Государственную думу третьего созыва блок "Единство" ("Медведь") получил 23,32% голосов в общегосударственном многомандатном округе - второе место после коммунистов (24,29%). Блок "Отечество - Вся Россия" (ОВР) Евгения Примакова и Юрия Лужкова получил 13,33%. "Союз правых сил" - 8,52%, "Блок Жириновского" - 5,98%, "Яблоко" - 5,93%. Тогда же основной конкурент Путина на предстоящих президентских выборах Евгений Примаков заявил об отказе состязаться за президентское кресло. Те, кто планировал еще больше укрепить позиции Путина как претендента на престол, решили сделать его формальным наследником.
Таким образом, парламентские выборы прошли удачно для Путина. МЕжрегиональное ДВижение "ЕДинство" (сокращенно "Медведь"), созданное незадолго до выборов благодаря инициативе и энергии Бориса Березовского, разработавшего и идеологию, и символику новой партии, неожиданно для всех уступила коммунистам по партийным спискам менее одного процента голосов, и, с учетом одномандатных голосов парламента, стала самой крупной партийной фракцией. Даже более важным было то, что свои голоса "Медведь" отобрал у основного конкурента Путина на президентских выборах - Примакова и Лужкова, составивших партийный блок "Отечество - Вся Россия", но получивших на выборах чуть больше 13% вместо ожидаемых 30-40. Произошло это потому, что подконтрольный Березовскому вещавший на всю страну первый канал российского телевидения всеми силами поддерживал "Единство" и Путина, забыв про честность и объективность.
Значительную поддержку избирателей получил "Союз правых сил", возглавляемый Сергеем Кириенко и заявивший о поддержке кандидатуры Путина на пост президента под лозунгом: "Путина - в президенты! Кириенко - в Государственную думу! Молодых надо!". Коммунистическая оппозиция, напротив, лишилась относительного большинства в Думе.
31 декабря 1999 г. президент Ельцин в своем предновогоднем обращении преподнес россиянам новогодний подарок и заявил об уходе в отставку с поста президента и назначении Путина и. о. президента до проведения досрочных выборов (назначенных на 26 марта). За это в соответствии с предварительной договоренностью между Ельциным и Путиным, в начале января 2000 г. Путин издал указ об иммунитете первого президента России и членов его семьи от любых судебных и административных преследований.
В январе в новой Думе были созданы две фракции поддержки и. о. президента - "Единство" (лидеры - Борис Грызлов, Франц Клинцевич) и "Народный депутат" (Геннадий Райков). Две другие центристские номенклатурно-олигархические фракции - "Регионы России" (Олег Морозов) и "Отечество - Вся Россия" (Евгений Примаков, Вячеслав Володин) также декларировали лояльность Путину. В этих четырех центристских пропутинских фракциях состояло более половины депутатов Государственной думы. В период существования Думы 3-го созыва твердое пропрезидентское большинство составляло в ней от 230 до 235 депутатов, почти всегда голосующих в соответствии с командами заместителя руководителя администрации президента Владислава Суркова "по пейджеру". Помимо поддерживающего и. о. президента думского центра практически столь же лояльной стала ЛДПР Владимира Жириновского и большая часть фракции "Союз правых сил" (лидеры - С. Кириенко, затем - Борис Немцов и Ирина Хакамада).
Имея твердую поддержку центра, администрация президента без труда проводила через Думу необходимое правительству текущее законодательство, требующее абсолютного большинства в 226 голосов. В случае необходимости проведения конституционных законов, требующих квалифицированного большинства (300 голосов), администрация опиралась либо на либерально-центристское "правопутинское" конституционное большинство (центр, ЛДПР, СПС, "Яблоко"), либо на державническое "левопутинское" большинство (центр, ЛДПР, КПРФ, прокоммунистическая Агропромышленная группа Николая Харитонова).
Независимость от администрации президента и относительную оппозиционность демонстрировала только КПРФ. Эпизодически в качестве оппозиции справа ("системной оппозиции") выступала фракция "Яблоко", некоторые независимые (Владимир Рыж ков), а также несколько депутатов, избранных от СПС (Сергей Ковалев, Юлий Рыбаков, Сергей Юшенков, Виктор Похмелкин, Владимир Головлев). Колебания между лояльностью и оппозиционностью проявлял иногда Б. Немцов, что, впрочем, проявлялось скорее в риторике, чем в голосованиях. В Совете Федерации второго созыва в некоторой оппозиции к Путину находился только президент Чувашии Николай Федоров. Впрочем, Федоров скоро одумался и его оппозиционность тоже сошла на нет.