Основой идеологической программы президента было усиление контроля государства как общего принципа взаимоотношений со всеми структурами, объединениями, партиями и группами. Достигалось это законодательной деятельностью и кадровыми перестановками.
После победы Путина на президентских выборах во власть на местном и центральном уровне устремилось большое число кадровых офицеров ФСБ, офицеров действующего резерва и других силовых ведомств: прокуратуры, милиции, армии. Проследить все новые выдвижения и назначения силовиков трудно еще и потому, что не все бывшие или действующие сотрудники органов объявляют о себе открыто. Правильнее сделать вывод, что открытые назначения являются лишь верхушкой айсберга.
Стоящие перед российскими спецслужбами задачи дня были откровенно сформулированы в инструкции, попавшей в распоряжение газеты "Московские новости" и опубликованной 8 октября 2002 г. По смыслу этой инструкции неназванные руководители предлагали бывшим сотрудникам российских спецслужб "непосредственное внедрение" "в хозяйственные, коммерческие, предпринимательские и банковские структуры, органы государственного управления и исполнительской власти". "Создание учреждений и фирм прикрытия, - говорилось в документе, - позволит через контакты внутри этих структур расширить круг общения с предпринимателями и деловыми людьми, создать широкую агентурную сеть, иметь непосредственную возможность путем ознакомления с различными документами получать информацию, представляющую оперативный интерес".
Эта инструкция по существу не добавляла ничего нового к давно введенному институту офицеров действующего резерва, кроме того факта, что инструкция эта появилась на свет, была опубликована, и не явилась предметом расследования независимой общественности и парламентских комитетов. Факт тайного внедрения ФСБ в повседневную гражданскую жизнь страны в России никого уже не удивлял.
В период правления Путина "жандармско-полицейский" клан, или "питерских чекистов", олицетворяют заместитель руководителя администрации президента Виктор Иванов, помощник президента Игорь Сечин, директор ФСБ Николай Патрушев, бывший министр внутренних дел, спикер новоизбранной Госдумы Борис Грызлов, министр обороны и вице-премьер Сергей Иванов, бывший замдиректора ФСБ Юрий Заостровцев, директор Федеральной службы охраны (ФСО) Евгений Муров. Ядро этой группировки сложилось еще в питерский период деятельности его основных лиц. В то время они представляли скорее региональную бизнес группу отчасти чекистского, отчасти милицейского происхождения. Многие члены этого клана (в частности, В. Иванов, Б. Грызлов, Н. Патрушев) были тесно связаны между собой перекрестным со учредительством в ряде коммерческих структур (МП "Блок", ТОО "Борг", ЗАО "Телеплюс" и др.), находившихся под покровительством Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербурга - т. е. Путина.
Соратники Путина в бытность его вице-мэром Санкт-Петербурга, такие, как управделами президента Владимир Кожин и глава Газпрома Алексей Миллер, не являющиеся формально выходцами из КГБ, тоже входят в "новопитерскую" группу. Летом - осенью 2000 г. на сторону клана "чекистов" переметнулся бывший ставленник "семьи" генпрокурор Владимир Устинов. Теперь он связан с чекистами и династической унией (осенью 2003 г. сын Владимира Устинова и дочь Игоря Сечина поженились).
Под административным контролем чекистского клана находится государственная система производства и торговли оружием. В частности, Виктор Иванов возглавляет совет директоров ОАО Концерн ПВО "Алмаз-Антей", образованный в результате слияния концерна "Антей" и ЦКБ "Алмаз" (производство систем противовоздушной обороны).
Из крупных бизнесменов с этим кланом наиболее тесно связаны банкиры Сергей Пугачев и Сергей Веремеенко (Межпромбанк), нефтяные магнаты Вагит Алекперов ("Лукойл"), Сергей Богданчиков (государственная компания Роснефть), Владимир Богданов (Сургутнефтегаз), Геннадий Тимченко (Кириши-нефтехимэкспорт).
Теневым идеологом чекистского клана не без оснований считается архимандрит Сретенского монастыря Тихон (Шевкунов). О Тихоне Шевкунове, который является духовником "православного банкира" Сергея Пугачева, ходят также упорные слухи, что у него исповедуется Людмила Путина.
В качестве основного политического инструмента чекистский клан выбрал себе сначала Народную партию Российской Федерации (НПРФ) Геннадия Райкова и Геннадия Гудкова (созданную под патронажем В. Суркова). Однако НПРФ не преодолела 5-процентный барьер, хотя и провела в Думу два десятка своих одномандатников. Так как из них нельзя было создать даже отдельную депутатскую группу, почти все народники вступили во фракцию "Единая Россия".
Прикармливая НПРФ, "силовики" не оставляли своим вниманием и "Единую Россию". Сначала в нее был делегирован Владимир Беспалов, старый соратник Путина по петербургскому НДР. Беспалов с задачей оседлать "Единую Россию" не справился и был переведен в Газпром, а на посту секретаря генерального совета ЕдРа появился ставленник Виктора Иванова Валерий Богомолов. Был возвращен к партийной работе Грызлов, ставший председателем Высшего совета партии.
Чекисты обратили также внимание на блок - затем думскую фракцию - "Родина", созданный Сергеем Глазьевым и Дмитрием Рогозиным и пытались взять их под свой контроль. Изначально "Родина" была создана чтобы уменьшить процент голосов, поданных за КПРФ. Но затем Сурков помощь "Родине" приостановил, увидев, что она выходит за пределы обозначенной для нее задачи. А вот силовики, наоборот, предоставили свое покровительство "Родине" - по крайней мере ее лояльному, рогозинскому крылу, поскольку идеологически Рогозин им довольно близок.
В регионах чекисты предпочитают идти напролом, не стесняясь в средствах; меняют губернаторов - лишь бы было на кого. Это они по приказу мстительного Путина, не простившего Руцкому резкой критики гибели однофамилицы-лодки, свергли Руцкого в Курске, навязали ингушам своего Зязикова, интриговали в Якутии против Михаила Николаева, пытались сковырнуть Кирсана Илюмжинова в Калмыкии и Муртазу Рахимова в Башкирии. Были и относительно мирные успехи: победы на губернаторских выборах фээсбешников Виктора Маслова в Смоленской области и Владимира Кулакова в Воронежской (последний - два раза), равно как и избрание генерала Владимира Шаманова губернатором Ульяновской области.
Чекистам приписывают, и не без оснований, инициативу "нового курса" президента Путина - курса на передел "крыш" над экономическими структурами под предлогом восстановления некогда нарушенной законности. Сначала чекисты разгромили медиа-бизнес Гусинского, рассорили Путина с Березовским (Путин и сам, конечно, "рассориться" был рад), вытеснили Березовского из России. Затем они "наехали" на "Интеррос" Владимира Потанина, бизнес которого вырос под покровительством Чубайса, и, видимо, переподчинили его себе (а в обмен на понимание поддержали кандидатуру потанинского компаньона Хлопонина на губернаторских выборах в Красноярском крае). Полугосударственный Газпром был очищен от частных коммерческих "прилипал", связанных с Черномырдиным - Вяхиревым ("Итера"), и облеплен другими коммерческими "прилипалами" (Eural tg., а позже Росупрэнерго).
Одна из подгрупп чекистского клана (Ю. Заостровцев и его союзники в прокуратуре) приняла чрезмерно явное и активное участие в борьбе за "крышевание" мебельного импорта, столкнувшись в этом с интересами "семейного" Таможенного комитета (М. Ваниным). Скандальное дело фирм "Три кита" и "Гранд" стало примером открытой борьбы государственных силовых структур за право "крышевать" бизнес. Если в других делах чекисты делали вид, что стоят на страже государственных интересов и сажают нарушителей, то в данном случае ФСБ не смогла надеть маску защитников государства, поскольку Таможенный комитет пытался посадить бизнесменов-нарушителей, а ФСБ и прокуратура их защищала и старалась, в свою очередь, посадить следователей, пытавшихся посадить бизнесменов.
Чекисты вряд ли ставят под вопрос частную собственность как таковую (они и сами ею владеют еще с петербургских времен). Но, похоже, у них довольно дикие представления об экономике частного бизнеса и имеется искренняя уверенность в том, что административное регулирование экономики - это благо, особенно когда речь идет о так называемых "стратегических" отраслях. Наконец, у чекистов напрочь отсутствует опыт управления бизнесом вообще и крупными активами в частности. Вместе все это сулит экономике большие потрясения, поскольку корпорация чекистов и в самом деле прочно и надолго завладела ухом президента, тоже чекиста, и уходить от власти не собирается.
Основным кандидатом на пост премьер-министра от чекистов долгое время считался С. Иванов - министр обороны "в штатском", у которого падают самолеты и вертолеты, тонут подводные лодки, ракеты не взлетают, солдаты дезертируют ротами и батальонами, а призывники умирают по дороге в часть от холода. Впервые слухи о назначении С. Иванова председателем правительства вместо Касьянова прошли еще в октябре 2000 г. В ответ на эти слухи противники такого назначения провели тогда спецоперацию в прессе. Газета Stringer опубликовала "строго секретный" текст: "Тактико-техническое обоснование передачи власти от президента РФ к его преемнику с одновременным усилением роли государства в обществе". Текст этот попал в редакцию из неведомого источника. В публикации описывались действия, необходимые для того, чтобы Путин сначала назначил некоего "Андропова-2" премьер-министром, а затем добровольно назначил его своим преемником. Под псевдонимами "Андропов-2" и "преемник" легко угадывался С. Иванов .
В ноябре 2000 г. газета Александра Проханова "Завтра" обвинила СМИ, распространяющие слухи о грядущем повышении Иванова, в ведении целенаправленной кампании против него с целью предотвратить его повышение: "Эти силы, потратившие в свое время немало времени на дискредитацию “питерских чекистов”, сегодня больше всего муссируют тему грядущего “премьерства” Иванова. […] Пытаются изобразить некий “виртуальный фальстарт” Иванова, рассчитывая таким образом снизить вес и значение этой фигуры" .
Неизвестно, поверил ли Путин в существование плана "Андропов-2" и в премьерские амбиции Иванова, но премьером Иванов тогда не стал. Не стал он главой правительства и тогда, когда Касьянова в самом деле сместили.
Помимо С. Иванова, обсуждаемым кандидатом от чекистской группы на пост премьера был Б. Грызлов, в 2003 г. ставший спикером Государственной думы (а его пост министра внутренних дел перешел к другому ставленнику В. Иванова - Рашиду Нургалиеву). Однако довольно неожиданно для всех правительство возглавил Михаил Фрадков - министр-представитель России в Европейском союзе, "почетный контрразведчик России" и бывший министр налоговой полиции. Несмотря на свою ведомственную связь с КГБ-ФСБ, Фрадков к ядру группировки "питерских чекистов" ранее не принадлежал. Он в достаточной степени "свой" для чекистов и Путина, чтоб ему можно было доверить пост "технического премьера", отнятый у "семьи", но в то же время он не настолько "свой", чтоб его было не жалко в случае необходимости "спалить". Фрадкова сменил Виктор Зубков, который сам по происхождению не чекист, но входит в клиентелу чекиста Сечина.
Начиная с 2003-2004 гг. питерский чекистский клан, захвативший все политическое пространство, начал раскалываться, и в 2006-2008 гг. существовало уже 3-4 чекистские группировки, которые то враждовали между собой, то объединялись в коалиции.