Святитель был уволен в отставку, как простой слуга, без малейшего расследования обстоятельств, вопреки церковным правилам и канонам, вопреки святым Отцам и традициям. Одним росчерком патриаршего пера епископ Пентапольский лишился своей кафедры и был изгнан.

“Владыка Нектарий, — говорилось в патриаршем указе от 3 мая 1890 г., — освобождается от должности руководителя патриаршего бюро и церковного управления. Ему, однако, разрешается, по его желанию, продолжать жить в своей квартире (какое снисхождение!) для занятий и писаний, а также участвовать в трапезах за общим священническим столом. Ему также разрешается совершать требы. Ему категорически запрещается под любым предлогом ездить в города, находящиеся в патриаршем ведении, равно как в древний Каир, без специального разрешения”.