− Ниндзя внесли важный вклад в дело восстановления мира в провинции, известной под названием Ямато (современный район Осака) для императора Дзимму и покорения варваров — известных как племя Айну.

− Ниндзя составили армию, преданную южному императорскому двору Ёсино (1331–1333 годы н. э.). Они присоединились к армиям Нава, Кусуноки, Китабатакэ (1334–1335 год н. э.).

− Ниндзя обратили в смятение армию Асикага (1487–1488 годы н. э.).

− Они присоединились к армии Сэкита и преследовали большую армию Хосокава Такануки под командованием сёгуна Асикага (1504–1520 годы).

− В те дни ниндзя не имели специальных школ, как Кога или Ига рю и различались по названию мест проживания. Ниндзя, жившие как в провинции Кога, так и в провинции Ига были роялистами. Однако, когда Асикага Ёситане послал войска в район Оми для подавления сопротивления Асикага Ёсидзуми, ниндзя из Кога встали на сторону Ёситанэ, тогда как ниндзя из Ига этого не сделали. Такой оборот событий вызывал распрю между ниндзя из Кога и из Ига.

− Ниндзя из Ига сотрудничали с императорской армией (1854–1859 годы), они вступили в отряд придворной полиции и беспокоили Синсэнгуми, телохранителей правительства Токугава в период заката сёгуната.

− В 1863 году некоторые ниндзя вступили в Тэнтюгуми или группу экстремистов под предводительством Ёсмура Торатаро, Фудзмото Тэссэки и другими, которые пытались свергнуть сёгунат Токугава. Поднятое ими вооруженное восстание было подавлено, и многие из них были убиты.

− Ниндзя отличились на поле боя против правительства Токугава. В битве при Тоба Фусими между роялистами и сторонниками сёгуната Токугава сразу после декрета о восстановлении правления императора в 1886 году ниндзя присоединились к роялистам и снова отличились в боях.