Школа ниндзюцу Тогакурэ рю ведет свою историю от Тогакурэ Дайсукэ в эпоху Охо (1161–1162 годы). Он учился ниндзюцу у Кагакурэ Доси. Однажды в июле в эпоху Хогэн (1156–1159 годы) Сима Косанта Минамото но Канэсада 16 лет от роду и могущественный клан из провинции Исэ присоединились к армии Минамото Ёсинака и сражались против трех тысяч всадников Фудзивара Хидэхира. Кагакурэ Доси спас лежавшего на поле битвы серьезно раненного Сима, и они скрылись в горах Ига. Говорят, что Сима овладел боевыми искусствами и ниндзюцу под руководством Кагакурэ Доси. Позже он стал известен как второй великий мастер Тогакурэ рю ниндзюцу.
Легенда рассказывает о ниндзя по имени Икаи, который жил при режиме Со в Корай (современная Корея) в конце десятого или начале одиннадцатого веков. В первый год эпоху Коую он оказался на проигравшей стороне в битве между королем Дзинсо и армиями Киттана и Ка. Тогда он бежал в Японию, высадился на Исэ и жил в пещере в провинции Ига. Сохранились записи, где сказано, что Икаи был полководцем, хорошо владевшим титё какурэгата (техника тайных действий, основанная на титё дзюцу), с криком киай он мог подпрыгнуть на несколько метров. Очевидно, Икаи был первым, кто завез ниндзюцу в Японию.
Тем не менее, есть другой кандидат в основатели, в эпоху Дзиряку (1065–1068). Фудзивара Тикадо окопался в пещере в горе Такао у деревни Танэо, потому что при дворе императора ему отказали в ранге, которого он добивался. Говорят, что эту жилье в пещере построил Икаи, когда бежал из Кореи несколькими годами раньше.
В записи сказано о существовании семидесяти трех школ ниндзюцу за все его историю. Вот несколько главных школ: Нэгиси рю, Сирай рю, Синто рю и Хакуун рю, от которой, говорят, произошли школы Тагакурэ рю, Кусю рю, Миамото рю, Гэндзцу рю, Рюмон рю, Тэнтон хаппо рю и Готон дзюппон рю.
Ига рю и Кога рю просуществовали так долго и приобрели столь высокую репутацию благодаря поддержке правительства Токугава.
Хакуун рю был организован Гарю додзи и позднее усовершенствовал во время Хакуун додзи. Говорят, что Хакуун рю вобрал в себя гибкие черты четырех демонов: демона тени, демона огня, демона земли и демона ветра. В эпоху Охо, примерно через сто лет после эпохи Дзиряку, ученик Хакуун додзи Кагакурэ додзи передал опыт ниндзюцу Тогакурэ Дайсукэ. А он в свою очередь позаботился о Сима Косанта. Как указано выше, есть запись о днях, когда немного выживших из армии Кимо Ёсинака укрылись в горах провинции Ига. Позже, во время эпох Энгэн (1136–1339 годы) и Сехэй (1346–1369 годы) множество беглецов как от Северной, так и от Южной династии укрылись в горах провинций Ига и Кога. Некоторые утверждают, что это и было началом различных школ ниндзюцу, включая Ига и Кога рю.
Согласно записям ниндзюцу школы Кога во время эпохи Тэнкё (938–946 годы) Мотидзуки сабуро Канэиэ — третий сын Сува Саэмона Минамото Сигэёри, правителя провинции Синано отличился в подавлении бунта Тайра но Масакадо. За это он был удостоен поста губернатора Кога гун, юго-востока провинции Оси. Он поменял имя Мотидзуки Сабурло Канэиэ на Кога Оуми но ками Канэиэ. Его сын по имени Оуми но ками Иэтика, имел литературное и военное образование, говорят, что он учился гэндзюцу у буддистиского монаха, которого звали Тацумаки Хоси. Монах был мастером гэндзюцу и жил в провинции Кога. Некоторые настаивают на том, будто отсюда пошло Кога рю ниндзюцу.