В слове рукоять первая часть понятна – от рука . А как объяснить такое странное окончание – ять ?

Первая часть слова действительно связана с рукой, а вот вторая – вовсе не окончание. В слове рукоять два равноправных корня. В старославянском языке был глагол яти – «брать» (вспомните современное взять). В буквальном смысле рукоять – «то, за что берутся рукой».