Чтобы лучше понять значение 5-го Далай-ламы, стоит бросить взгляд на политическую ситуацию в Тибете первой половины XVII века. Мы уже коснулись вопроса разногласий между приверженцами различных линий. К сожалению, эта напряжённость нарастала - в особенности между Кагьюпой и Гелугпой.
Когда 4-й Далай-лама прибыл в Лхасу, ему от монастыря, являвшегося резиденцией 6-го Шамарпы Чёкьи Вангчуга, наряду с различными подарками было преподнесено одно стихотворение. В окружении Йёнтена Гьямцо проявили мнительность - истолковали это стихотворение как оскорбление - и направили Шамарпе резкую ноту протеста. Немногим позже, когда в 1605 году держатель линии Карма Кагью (10-й Кармапа Чёйинг Дордже ещё не был найден) посещал Лхасу, гелугпинцы оказались весьма негостеприимны: вместо того чтобы организовать ему встречу с выдающимся молодым тулку Гелугпы, на которой два ламы наверняка легко покончили бы со всяким недопониманием, монгольские охранники стали ему угрожать.
На обоих изображениях - 5-й Далай-лама, Нгаванг Лобсанг Гьямцо (1617 - 1682)
Это было не только недружелюбное, но и явно недальновидное поведение, потому что один из учеников Шамарпы был королём Цанга - в то время самым могущественным человеком страны. Он господствовал на большой территории на юге и в центре Тибета и слыл человеком очень вспыльчивым. Как только Карма Тензинг Вангпо услышал о плохом обращении приверженцев Гелугпы с его учителем, он сразу же отправил в Лхасу войско с приказом прогнать монгольское сопровождение Далай-ламы. Когда последний, какое-то время спустя, отправился на юг Тибета, его встреча с Шамарпой опять не состоялась: этому помешали слуги, вернее говоря, советники Далай-ламы, бдительно ограждавшие его от внешнего мира.
Напряжённость продолжала нарастать в течение последующих двух поколений после Карма Тензинга Вангпо, и в 1618 году многолетняя вражда вылилась в кровавое разорение Лхасы под предводительством Карма Пюнцог Намгьяла. Двумя годами позже замаскировавшаяся под паломников монгольская армия нанесла внезапный удар и захватила утраченную некогда территорию, вернув её гелугпинцам.
5-й Далай-лама Нгаванг Лобсанг Гьямцо (1617-1682) был найден в 1619 году, но лишь в 1622 году состоялась официальная церемония возведения его на трон в монастыре Дрепунг. По причине политической нестабильности молодого тулку хотели переправить в Монголию, но всё-таки этого не сделали. Как для Тибета, так и для Монголии того времени характерны распри между различными кланами и родами, которые часто не были уверены, к какой линии они хотят принадлежать. Гушри-хан, хошот-монгольский князь, напротив, определился в своём выборе и в 1630-х годах в ответ на призыв притесняемых гелугпинцев собрал войско, чтобы оказать им реальную помощь. Кроме того, он получил военную поддержку от других монгольских племён - в итоге части армии под его командованием в ходе последующего военного похода в Тибет иногда отделялись и мародёрствовали. Конкурирующие монгольские князья также посылали своих солдат, и, таким образом, дело дошло до настоящей гражданской войны на тибетской земле.
После того как в 1640 году Гушри-хан одержал победу в восточно-тибетской провинции Кхам, он напал на монастыри Кагью в Цанге. Далай-лама писал своему ученику, пытаясь удержать его от необдуманного шага, но тщетно: письмо было перехвачено и слишком поздно дошло до Гушри-хана. После кровавой битвы был разорён Шигадзе, и вследствие войны Кармапа Чёйинг Дордже был вынужден бежать. Лишь в 1673 году, за несколько месяцев до смерти, он смог снова вернуться в свой монастырь-резиденцию Цурпху. Несмотря на то, что спустя какое-то время права линий Кагью и Сакья были официально восстановлены, их значение в Тибете уже никогда больше не достигало прежнего уровня.
В 1642 году Гушри-хан пригласил Далай-ламу со свитой в монастырь Ташилюнпо. Успешный полководец устроил пышную церемонию приёма и нарёк Далай-ламу главой государства Тибет, а его близкое доверенное лицо, Сёнама Чёпела, назначил на должность «дези», что соответствует современному премьер-министру. Далай-лама был заранее проинформирован о замыслах хана и поначалу долго медлил с решением - думал, принять ему эту "честь" или нет. После многодневного медитационного уединения он дал согласие на принятие этого поста. Учитывая то, что никто в Тибете, кроме Далай-ламы, не имел столь сильного влияния на Гушри-хана, альтернативой этого решения явилось бы полное господство Монголии и полная потеря независимости Тибетом. Гушри-хан, пребывая в Тибете до 1655 года, действительно не вмешивался во внутреннюю политику страны. После смерти хана два его сына осуществляли общий контроль в Тибете, но, в конечном итоге, и они почти полностью воздерживались от вмешательства.
Совместное правление дези и Далай-ламы было, собственно, задумано как система разделения сфер деятельности, что сопоставимо с современной конституционной монархией, при которой король является представителем власти, а премьер-министр правит страной. Соответственно, Сёнам Чёпел являлся ведущим политиком страны и при этом всегда совещался по важным вопросам с Далай-ламой. Эта система работала действительно хорошо до 1656 года - года смерти первого дези.
Его пост оставался сначала долгие годы вакантным, затем никто из преемников не задерживался на этом посту на сколь-либо долгий срок, и, таким образом, Далай-лама постепенно взял всю власть в свои руки.
Считается, что 5-й Далай-лама объединил Тибет и создал современную централизованную систему управления государством. Гелугпинскую крепость Лхаса он превратил в столицу и создал в ней правительственные учреждения. Во времена его правления в различных регионах Тибета, а также в больших монастырях были учреждены должности лояльных по отношению к центральному правительству администраторов, повсеместно была введена налоговая система, издан кодекс законов, содержащий в том числе и драконовские меры наказания. Был положен конец клановой борьбе за власть, чему в немалой степени способствовало применение силы. Далай-лама призвал знаменитого оракула старейшего монастыря Самье в монастырь Нечунг недалеко от Лхасы и назначил его оракулом государственного значения. В 1652 году он совершил короткий визит в западный Китай, где состоялась его встреча с новым императором этой страны.