Петр Леонидович был лишен возможности работать в Институте физических проблем. Написав письмо Сталину, он допускал, что потеряет пост начальника Главкислорода, однако не ожидал отстранения с поста директора созданного им института. Но, не теряя присутствия духа, на своей даче он создал из подручных средств «лабораторию, где провел оригинальные теоретические исследования по гидродинамике (волновое течение тонких слоев жидкости), механике (маятник Капицы) и электронике СВЧ (ниготрон)». Одновременно он активизировал свое непосредственное участие в работе высшей школы. В 1947 г. в МГУ был открыт новый факультет - физико-технический, (который в дальнейшем был преобразован в Московский физико-технический институт). Петр Леонидович вместе с С. А. Христиановичем и А. С. Яковлевым был инициатором его создания, назначен заведующим кафедрой общей физики физико-технического факультета МГУ и в сентябре 1947 г. приступил к чтению лекций по общей физике. Следует особо отметить, что для подготовки инженеров-исследователей по новейшим перспективным отраслям знаний П. Л. Капица в полной мере использовал предложенный и реализованный им же в 1919 г. совместно с А. Ф. Иоффе опыт первого в мире факультета такого рода - физико-механического факультета Петроградского политехнического института.

Лекции Капицы были увлекательны не только из-за интересного содержания, но и интригующей манеры, в которой он их читал. Они содержали мало формул, и это шокировало некоторых студентов («по глупости» как заметил В. П. Смилга). Читал Петр Леонидович живо и неформально. В 1947-1949 г. профессор и заведующий кафедрой общей физики Капица читал курс общей физики попеременно с Ландау.

В конце декабря 1949 г. вся страна торжественно отмечает 70-летие со дня рождения И. В. Сталина. Юбилейные собрания проходят в Академии наук и на физико-техническом факультете МГУ. П. Л. Капица не присутствует ни на одном, ни на другом - и получает письмо от проректора МГУ С. А. Христиановича, которое завершается словами: «Согласитесь, что нельзя доверять воспитание научной молодежи лицу, которое демонстративно противопоставляет себя всему нашему народу».

24 января 1950 г. приказом заместителя министра высшего образования СССР он освобожден от работы в МГУ «за отсутствием педагогической нагрузки». 1 июня приказом директора Института кристаллографии АН СССР А. В. Шубникова зачислен на должность старшего научного сотрудника «с исполнением обязанностей консультанта». По свидетельству дочери И. Я. Маршака, его соседки по даче, был момент, когда семью Капицы даже выселили из большой дачи в сторожку при ней.

5 марта 1953 г. умер И. В. Сталин, 26 июня был арестован Л. П. Берия. 28 августа постановлением Президиума АН СССР «О мерах помощи академику П. Л. Капице в проводимых им работах» в структуре Отделения физико-математических наук АН СССР (на базе никологорской «Избы физических проблем» - тоже ИФП!) создается Физическая лаборатория АН СССР. П. Л. Капица назначен ее заведующим.