Наконец П. Л. Капица снова в Институте физических проблем, куда он возвратился в 1954 г., начал изучение свойств плазмы. 28 января 1955 г. он вновь назначен директором этого института, а 3 июня - главным редактором «Журнала экспериментальной и технической физики» СССР. Вопрос о возвращении института Капице обсуждался на самом высоком уровне. Просочилась информация (это было в начале 1954 г.), что со стороны атомного лобби возникло сильное сопротивление. Первухин, Малышев и другие выступили против, заявляя, что там «ведутся важные исследования по атомному оружию, к которым нельзя допускать Капицу». Этот период его жизни отмечен по-прежнему вниманием к соблюдению принципов и этических норм в науке, отторжением лженаучных идей. «Предоставление Петром Леонидовичем Капицей заседания своего семинара генетическим темам и участие нашего крупнейшего теоретика И. Е. Тамма в нем сделали возможным, действенным и необратимым выход научной генетики на широкую дорогу», - писал Н. В. Тимофеев-Ресовский о 304-м заседании семинара П. Л. Капицы в феврале 1956 года.
Встреча П. Л. Капицы со студентами ФМФ Политехнического института в 1959 г.
В 1959 г. П. Л. Капица посещает альма-матер -Ленинградский политехнический институт. Встреча со студентами Физико-механического факультета Л ПИ (который он создавал вместе с А. Ф. Иоффе в 1919 г.) проходит волнующе и сердечно, хотя нешироковещательно и все еще в атмосфере некоторой настороженности. Автору статьи (тогда студенту 4 курса) довелось быть ее свидетелем. В 1960-1965 гг. П. Л. Капица курирует тематику научной работы кафедры физической электроники радиотехнического факультета, внимательно осматривает лаборатории кафедры. В один из таких визитов автор, уже как молодой специалист лаборатории электронной оптики, имел честь рассказывать Петру Леонидовичу о задачах и проблематике лаборатории электронной оптики, занимавшейся моделированием электрических и магнитных полей и движением в них частиц. Капица подписывает в числе шести академиков АН СССР, тесно связанных прошлым с ЛПИ, письмо в Госплан СССР и министру МВ и СО СССР о «легализации» новых специальностей радиотехнического факультета, переименованного к тому времени в факультет радиоэлектроники, как исследовательских специальностей, об использовании инженеров-физиков непосредственно для исследовательских учреждений АН СССР и промышленности (борьба с бюрократически-формальной системой распределения молодых специалистов, с перекосами и формализмом централизованного распределения, за повышение его эффективности).
Руководство страны, несмотря на «оттепель», не доверяло Капице. Он был «невыездным». В своих «Воспоминаниях» Н. С. Хрущев отмечает: «Когда умер Сталин, то у меня сохранилось двойственное отношение к Капице. С одной стороны, он признанный в мире крупнейший ученый-физик, а с другой стороны, этот ученый не дал нам возможность получить атомную бомбу раньше Америки, даже если не раньше, то не оказал нам помощи в создании советской атомной бомбы. Поэтому отношение к Капице было больше чем сдержанное... мы обменялись [мнениями] в руководстве и решили все-таки воздержаться от посылки Капицы за границу... у нас не было уверенности, что Капица в разговоре своем не проговорится с учеными, среди которых у Капицы много знакомых за границей. Поэтому мы отказались выдать разрешение на поездку. Я сейчас сожалею, что не в мое время -когда я работал - академик Капица выехал за границу».
Любопытно по тону и трактовке ситуации еще одно признание Хрущева: «Если сравнить и сопоставить Капицу с Сахаровым... Сахаров тоже к нам обратился, чтобы не взрывали водородную бомбу. Но он все-таки дал нам водородную бомбу. Это - патриотизм, это вклад, и какой вклад! Хотя он потом просил, чтобы не взрывали эту атомную бомбу».