Наряду с идейным обновлением в церкви происходили и организационные изменения. В целях претворения в жизнь епископальной коллегиальности в 1965 г. был создан новый институт - Синод епископов, наделенный консультативными полномочиями, который при Павле VI собирался 5 раз. Одновременно в целях централизации руководства в 1967 г. была предпринята реформа курии, укрепившая Государственный секретариат. Перемены произошли и в сфере контроля за цензурой: вместо Священной Канцелярии - символа инквизиции - была создана Конгрегация по делам доктрины веры, во главе которой был поставлен югославский кардинал Франциск Сепер, известный своими обновленческими взглядами, заменивший итальянского кардинала консерватора Оттавини. Вместе с тем в 1969 г. была сформирована Международная теологическая комиссия, которая призвана была претворять в жизнь решения собора, не допуская их слишком произвольного толкования, которое могло бы привести к неподконтрольным процессам в церкви. Состояла она из таких видных теологов и ведущих кардиналов, как Ратцингер, Бальтазар, Конгар и др.

Однако более важные изменения коснулись скрытого уровня управления Св. Престолом, ставшие отражением нового характера отношений между церковными иерархами и итальянской политической элитой. Речь идет о тесном союзе, который был установлен между Павлом VI и представителями влиятельных итальянских масонских кругов в целях недопущения укрепления в стране позиций левых сил и в первую очередь коммунистов.

Главную роль в обеспечении этого союза сыграли все те же спецслужбы Ватикана, Священный Альянс (СА) и Sodalitium Pianum (SP). Находясь в состоянии бездействия в годы понтификата Иоанна XXIII, при Павле VI они заработали в полную силу, получив фактически второе дыхание. Если традиционно одним из главных направлений деятельности папской контрразведки был сбор информации об агентах масонских лож в Ватикане в целях противодействия их деятельности, то теперь задачи изменились на противоположные. С 1968 г. в течение трех лет SP вела активное расследование, собрав к 1971 г. объемный материал, воссоздававший полную картину всех связей масонов в различных отделах Ватикана, после чего Павел VI лично попросил главу контрразведки прекратить следствие по этому делу и распорядился поместить материалы в Тайный архив. С тех пор, как пишет исследователь Фраттини, никто не занимался поиском масонов в стенах Ватикана.

Во главе СА был поставлен священник Паскуале Макки, ставший личным секретарем и доверенным лицом папы, который установил активное взаимодействие разведывательных органов с масонами. Самым влиятельным из них был банкир Микеле Синдона, которого папа назначил своим советником по финансовым вопросам, а затем поставил во главе Института по делам религии (ИДР), называемого Банком Ватикана. Кроме Синдоны руководителями банка стали уже упоминавшийся Умберто Ортолани, а также Личо Джелли - оба члены ложи "Пропаганда-2" (Р-2), одной из самых могущественных и жестоких тайных неофашистских организаций Италии, ставящей целью уничтожение в стране парламентской демократии. Как указывал французский журналист Пьер Карпи, в ложу входили многие епископы и кардиналы, и она была связана с английской Объединенной ложей. В просочившемся в прессу докладе утверждалось, что "масоны разбили Ватикан на восемь секций, в которых действуют четыре масонские ложи, соблюдающие шотландский ритуал, и что члены этих лож, высокопоставленные чиновники крошечного государства Ватикан, вошли в братство каждый сам по себе и, кажется, не опознают друг друга даже по трем постукиваниям кончиком большого пальца".

В списке важных масонов Ватикана, составленном SD и похороненном в Тайном архиве, фигурировали кроме известного кардинала Беа также госсекретарь Ватикана кардинал Жан Вийо, заместитель госсекретаря кардинал Агостино Казароли, префект Святейшей епископской конгрегации Себастьян Баджо, архиепископ лилльский Ашиль Ленар, сам Паскуале Макки и др.

Характерно также, что когда в 1974 г. руководство С А и SP по личному указанию Павла VI начало операцию Nessun Dorma ("Никому не спать") по сбору информации о недостатках в департаментах и актах коррупции чиновников Ватикана, собранный в связи с этим обширный материал был похищен неизвестными лицами. Однако папа приказал всем, участвовавшим в проведении расследования, хранить по этому поводу обет "понтификальной тайны", нарушение которого влекло за собой отлучение и изгнание из лона Католической церкви. С тех пор к этой теме больше не возвращались, а подобных расследований уже никогда не проводилось.

Что касается Банка Ватикана (ИДР), то наряду с разведывательными органами он принадлежит к числу самых засекреченных папских служб. Основанный в 1887 г., он был реформирован при Пие XII в 1942 г. таким образом, чтобы избежать инспекции фашистских властей. Он никогда не считался официальным учреждением Ватикана, а существовал как особая организация, без видимой связи с делами церкви или другими подразделениями Св. Престола. Как писал исследователь Т.Ж. Рис, "ИДР - это банк папы, поскольку в определенном смысле он является его единственным и уникальным акционером. Он им обладает, он его контролирует". В силу этого банк не подвергался никаким аудиторским проверкам внутренних или внешних агентств, мог всегда легко переводить средства за рубеж, в любую точку планеты, что стало возможным для других европейских банков только в 90-е гг. в связи с либерализацией перемещения капиталов. Эти преимущества создавали возможности для различного рода махинаций и нарушений международных законов о финансовой деятельности, поэтому банк стал причиной бесчисленных скандалов, будучи замешан в продаже оружия конфликтующим сторонам, учреждении обществ-призраков в фискальных райках, финансировании государственных переворотов, отмывании денег мафии и пр. Как пишет Фраттини, "он нарушил сотни международных финансовых законов, но ни один из его руководителей никогда не был судим ни одним земным судом".

В 1967 г. Павел VI создал Генеральное бухгалтерское бюро, которое получило название "Ватиканская префектура Святого Престола по экономическим вопросам", руководителю которой было запрещено "понтификальным секретом" говорить на любые касающиеся ее темы. Отвечавший за работу префектуры обнаружил, что в Банк Ватикана каждую неделю без каких либо объяснений поступали миллионы долларов неизвестного происхождения, направлявшиеся на номерные счета в швейцарских банках и в учреждения, принадлежавшие личному банкиру папы Микеле Синдоне. Из этих денег финансировались мятежи и государственные перевороты, подобные тому, что произошел в Греции в апреле 1967 г., в результате которого был установлен режим "черных полковников".

Со временем операции Банка Ватикана становились все более опасными и начали угрожать уже стабильности экономики и Ватикана, и Италии. Ситуация особенно осложнилась после того, как в 1968 г. во главе ИДР был поставлен бывший начальник охраны Павла VI гражданин США (по отцу литовского происхождения) епископ Пол (Казимир) Марцинкус. Он стал ярким воплощением проатлантистской ориентации курии, стремившейся в борьбе против влияния левых сил заручиться надежной поддержкой американских спецслужб. Марцинкус находился под покровом Центрального разведывательного управления и был тесно связан с архиепископом Нью-Йорка кардиналом Фрэнсисом Спеллманом, также тесно связанным с ЦРУ. Спеллман обеспечивал в свое время контакты американского руководства с Пием XII, бывшим его близким другом, а затем - с Павлом VI, который установил личные связи с кардиналом (еще не будучи папой) во время своего визита в США в 1951 г. Павел VI тесно общался с Спеллманом и во время заседаний II Ватиканского собора в ходе обсуждения документа об отношении католицизма к иудаизму.

В 1974 г. разорился Частный Банк Микеле Синдоны, в результате чего Ватикан потерял, по некоторым данным, от 240 млн. до 1 млрд. долл. После этого ИДР стали подозревать во всевозможных преступлениях. В одном из докладов ЦРУ, попавшем в руки Священного Альянса и уничтоженного им, говорилось о тесных связях Микеле Синдоны с американскими семействами Гамбрино, Коломбо и др., замешанными в приобретении, транспортировке и продаже героина, кокаина и марихуаны. Синдона занимался прикрытием части их доходов от торговли наркотиками, проституции, банковских махинаций, порнографии и использования тайных банковских счетов в Швейцарии, Лихтенштейне и Бейруте. Вместе с тем, как указывают надежные источники, Синдона оказывал услуги и ЦРУ, переводя на счета этой организации деньги с доходов от продажи героина.

Особенно активно финансовыми махинациями занимался банк "Амброзиано", возглавляемый банкиром Робертом Кальви, тесно связанным с Марцинкусом. Созданный в 1896 г. этот "банк священников" (названный по имени св. Амвросия Миланского) при Кальви превратился фактически в "прачечную" по отмыванию денег мафии, а Банк Ватикана, как было установлено позже в ходе судебного расследования, владел в нем крупным пакетом акций.

После смерти Павла VI новый понтифик Иоанн Павел I начал расследование деятельности ИДР, имея планы реформировать финансовые структуры Ватикана. К 23 сентября 1978 г. у него имелись уже почти все материалы следствия по делу Банка Ватикана, собранные Священным Альянсом, среди которых был и доклад "ИДР - Банк Ватикана: положение дел, ход дел", принадлежавший к категориям "Совершенно секретно" и "понтификальная тайна". Однако в ночь с 28 на 29 сентября Иоанн Павел I внезапно скончался, и, хотя в медицинском заключении говорилось о "естественной смерти от инфаркта", оставалось много неясных вопросов, связанных с обстоятельствами его ухода. Однако все они остались без ответа, так как материалы расследования получили статус "понтификальной тайны", а Священному Альянсу был дан приказ не проводить никакого расследования силами секретных служб Ватикана. Это был один из самых коротких понтификатов, который продлился всего 33 дня.