В годы Великой Отечественной Афганистан и афганско-советская граница были надежным тылом для СССР и всей антифашистской коалиции. Причем ее участники согласовывали друг с другом каждый шаг в отношении Афганистана, «наводненного» в первые военные годы и белогвардейцами, и басмачами, и эмигрантскими правительствами Бухарского эмирата и Хивинского ханства.
Недавно «открытые» документы подтверждают: в годы Великой Отечественной не потребовалось даже выселения кулаков и семей «врагов народа», депортированных в южный Таджикистан в 1930-х гг.! Более того, гражданам Афганистана с декабря 1941 г. разрешили торговать на узбекских, туркменских, таджикских рынках в СССР. Например, в Ташкент и через Ташкент поступали из Афганистана, причем по льготным для СССР ценам, баранина, зеленый чай, оливки, цитрусовые, хлопок, вата, медикаменты, сухофрукты, шерсть, лекарственные травы. Сегодня мало кто знает и о том, что наши пограничники в те годы пропускали караваны, можно сказать, собранные северо-афганскими таджиками, туркменами и узбеками: то была безвозмездная помощь их соотечественникам в Средней Азии. Даже невоенные грузы из западных стран — союзников СССР в те годы частично шли через афгано-узбекскую и афгано-туркменскую границы. Такие взаимоотношения были основаны на советско-афганских бессрочных договорах 1920—1930-х гг. о дружественных взаимоотношениях. 11 октября 1941 г. СССР выступил с заявлением о гарантиях суверенитета Афганистана, в том числе от имени антифашистской коалиции. Но эти гарантии обусловливались «…удалением из Афганистана немецкой и другой вражеской агентуры, дружественной политикой в отношении СССР и антифашистской коалиции в целом». Кабул, что называется, взял под козырек и всячески способствовал интернированию антисоветской оппозиции в этой стране уже к 1942 г.
Такому развитию событий не мог не способствовать и такой фактор, как наличие советских войск в соседнем Иране и советско-иранско-британское военно-политическое взаимодействие в тот период.
Тем не менее, Афганистан считался германским и турецким штабами весьма важным плацдармом для агрессии против СССР и Великобритании. Через Турцию и Иран в июле 1941 г. на север Афганистана проникла германская специальная рота «Бранденбург», организовав там площадки для высадки десантов и склады. Согласно плану «Барбаросса» и Директивам ОКВ № 30 и 32 — после захвата Кавказа и Закаспия в Афганистан намечалось перебросить германский «Индийский легион» (около 3 тыс. солдат и офицеров), а также немецких и турецких десантников. Им предстояло вторгнуться в Британскую Индию с запада одновременно с японскими войсками — с востока.
Но сей проект провалился благодаря тесному сотрудничеству спецслужб союзников и кабульских властей. Так, резиденту советской разведки в этой стране Михаилу Алахвердову удалось нейтрализовать германо-турецкую агентуру на севере Афганистана. А вместе с британской и афганской разведками к весне 1942 г. была разгромлена германо-турецкая и японская агентурная сеть по всей стране. Вдобавок, афганские спецорганы помогли Москве «заполучить» в 1941–1943 гг. до 60 агентов Берлина и Анкары в Средней Азии.
И все-таки советско-афганская граница была спокойной в военные и последние предвоенные годы. Свидетельствует об этом, например, письмо Л. Берии Сталину и Молотову 5 октября 1940 г.: «…Данных об антисоветской деятельности спецпоселенцев в Молотовабадском — приграничном с Афганистаном районе Таджикской ССР, как и об их связях с контрреволюционными и басмаческими группами в этой стране, не имеется. Ситуация контролируется».