В первой половине 1921 г. война между красными и «зелеными» достигла своего пика. Как все стихийные взрывы народного возмущения, она сопровождалась чрезмерной жестокостью. Впрочем, и здесь большими злодеяниями выделялась все-таки не стихийная, а централизованная, советская сторона. Например, осенью 20-го при первом подавлении «антоновщины» — «примерном», как требовал Ленин, повстанцев в плен не брали. По свидетельствам современников, поголовно казнили даже женщин, захваченных в составе их отрядов, заподозренных в связях с мятежниками или в принадлежности к эсерам, причем, по принятой здесь «традиции», женщины перед расстрелом подвергались групповому изнасилованию. В то время как Антонов рядовых красноармейцев не убивал — их или отпускали домой, или предлагали службу в повстанческих отрядах. Убивали, и часто действительно со звериной жестокостью, комиссаров, чекистов, бойцов специальных карательных частей, продармейцев. А сама первая попытка подавления, как и первая попытка Фрунзе уничтожить Махно, осталась незавершенной. На огромных пространствах России, Украины, Сибири, Белоруссии власть коммунистов держалась только в крупных городах и по железным дорогам, все остальное становилось для них либо "вражеской территорией", либо ареной боев, захватываемой то одной, то другой стороной. Вскоре против Махно развернулся фактически весь Южный фронт. В борьбу с ним втянулись 1-я Конармия, 2-й (бывшая 2-я Конармия) и 3-й кавкорпуса, большинство броневых и значительное количество пехотных частей. Менее боеспособные и мобильные соединения, бесполезные в активных действиях против махновцев, распределялись гарнизонами по городам и крупным селам.
На «антоновщину» Южного фронта уже не хватило. Сюда перебрасывались войска с Западного и Юго-Западного. Уже к марту силы тамбовского красного командования насчитывали свыше 40 тыс. штыков и сабель, 63 орудия, 463 пулемета. Тем не менее одолеть крестьян не удавалось, они успешно противостояли большевикам. А. С. Антонов, бывший начальник уездной милиции г. Кирсанова, старался ввести среди повстанцев четкую организацию, преобразуя крестьянские отряды в подобие регулярной армии. Его войска сводились в полки численностью около тысячи чел., а кавалерийские полки, ставшие его ударной силой, состояли из 1,5–3 тыс. бойцов. В начале апреля он нанес красным серьезное поражение под Рассказово, всего в 30 км от Тамбова, разгромив там крупный гарнизон. К маю большевистские силы, действующие против Антонова, увеличились на 7 тыс. чел. Командующим сюда был назначен Тухачевский, его заместителем — Уборевич. Сильные бои шли по рекам Ворона и Хопер, у сел Семеновка, Никольское, Пущино, Екатериновка. Красные, собрав кавалерийскую группировку из дивизии Котовского, 14-й кавбригады и Борисоглебских командных курсов, атаковали повстанцев, но добиться решающего успеха так и не смогли.
На Украине Махно, хотя и с большими потерями, нанес поражение 2-му кавкорпусу. После рейда на север к ядру его войск присоединились крупные силы повстанцев под командованием Бровы и Маслака. Фрунзе, теперь уже не торопясь, принялся обкладывать его кавалерийскими соединениями и расстановкой гарнизонов, постепенно затягивая петлю и намереваясь оттеснить батьку из его «вотчины» в сторону Донбасса. Махно отвечал ударами. Так, им был разгромлен штаб 14-й дивизии буденновцев, все командование во главе с А. Я. Пархоменко погибло. Усилению красных батька пытался противопоставить разжигание повстанческого движения в других районах. В начале марта, переждав суровую зиму, он выделил самостоятельную группу Бровы и Маслака, направив ее для действий на Дону и Кубани. Группу Пархоменко послал в район Воронежа. 600 сабель и полк пехоты Иванюка отправились под Харьков. Сам Махно решил сменить тактику и перейти от партизанских налетов к рейдовой войне. К этому времени он был уже калекой — в предыдущих боях пуля раздробила и вынесла ему кости щиколотки. Он передвигался на тачанке.
С ядром своих войск он пошел через Днепр, под Николаев, там повернул назад, двинулся по Таврии, мимо Перекопа. Под Мелитополем он попал в окружение. Махно принял бой, уклонился от одной из красных колонн, другую демонстрациями атак заставил развернуться к бою и напрасно ждать настоящей атаки больше суток, а сам напал на третью колонну, разгромил ее и прорвался по стрелке между Азовским морем и оз. Молочным на Токмак. Тут он отделил еще часть армии под командой Куриленко в район Бердянска и Мариуполя, а сам с 1,5 тыс. сабель и двумя пехотными полками пошел на Черниговщину, где его снова окружили. Он атаковал и разбил красных, но через два дня навалились свежие части. Махно был опять ранен — в бедро через слепую кишку навылет. 16.03 его армия рассыпалась по 100–200 чел. и группами вышла из кольца в разные стороны, на соединение с Куриленко, Кожиным и другими атаманами. Отряд Забудько остался для действий под Черниговом. При Махно был "особый полк", около тысячи чел. На него наскочила 9-я советская кавдивизия и преследовала 180 км. Вскоре Махно наткнулся и на другие красные части, шедшие ему навстречу. Разыгрался бой, который стал бы для него последним, если бы не 5 пулеметчиков, которые, спасая батьку, пожертвовали жизнью, до последнего держали противника огнем, дали Махно оторваться на 3–4 км и уйти. Месяц Махно отлеживался после ранения, а затем приказал своим частям, находившимся поблизости, сгруппироваться на Полтавщине. К маю здесь собрались 2 тыс. сабель и 10–15 тыс. пехоты. И батька начал поход на Харьков, чтобы "разогнать земных владык из партии большевиков". Против него Фрунзе бросил несколько кавалерийских дивизий, 60 броневиков. Несколько недель шли бои. В конце мая 1-я Конармия, подавлявшая восстания под Екатеринославом, двинулась для той же цели на Дон. По пути, под Новогригорьевкой, Буденный с 19-й дивизией ВНУС при поддержке 16 броневиков атаковал "сводную группу" Махно. Бой закончился полным поражением красных. После этого батька выделил отряд сибиряков под командованием Глазунова и отправил за Урал, на родину — поднимать народ там.
Летом сражения продолжались. Засуха и неурожай, охватившие Екатеринославскую, Таврическую, Херсонскую, Полтавскую губернии и Дон, заставили Махно рассредоточить повстанцев и перенести действия на Кубань, под Царицын, под Саратов, а другой частью — на Киевщину и Черниговщину. С группами Петренко и Забудько он совершил рейд до Волги, обогнул весь Дон, по дороге стараясь связать между собой местные отряды. В боях Махно был снова ранен, и в начале августа с сотней кавалеристов его отправили за границу, на лечение и для отдыха от непрерывных сражений. 16.08 он форсировал Днепр у Кременчуга, получив при этом несколько легких ранений. 19.08 столкнулся с частями 7-й кавдивизии красных. Она попыталась его окружить, однако Махно прорвался, сбив отчаянной атакой один из полков и вырубив пулеметную команду. 22.08 батька был ранен еще раз — пуля вошла ниже затылка, но поверхностно, выйдя через правую щеку. 26.08 произошел последний бой с красными, а через два дня Махно перешел Днестр.
В Румынии уже находились некоторые из его помощников, действовавшие под Херсоном и Одессой и отступившие за границу. Они сумели хорошо устроить батьку, при помощи огромных взяток избежали всех сложностей с властями. А на Украине с уходом лидера повстанческое движение стало быстро гаснуть. Этому способствовал еще целый ряд факторов — замена продразверстки продналогом, неурожай, амнистия сложившим оружие. Широко применялись и репрессивные меры. Так, в местах, охваченных «махновщиной», из числа «кулаков» назначались «ответчики», т. е. заложники, обязанные под страхом смерти (своих и близких) предупреждать власти о действиях повстанцев, следить за исправностью железных дорог и телеграфных линий. Военно-революционный совет махновской армии во главе с анархистом Волиным почти в полном составе попал в плен. Правда, судьба у сподвижников батьки сложилась по-разному. Кого-то расстреляли. А, например, начальник его контрразведки и палач, знаменитый Левка Задов, оказался на службе в ЧК и был репрессирован только в 30-х.
В других областях страны «зеленое» движение тоже стало терпеть поражения. Еще весной красные сумели подавить западносибирское восстание «Родина». А летом группировка советских войск под командованием Уборевича в районе Сердобска, Бакура и Елани разгромила основные силы Антонова. Крайне жестокие меры против тамбовских повстанцев ввел Тухачевский. По его приказу участки открытого поля огораживались колючей проволокой, и туда сгонялись семьи подозреваемых крестьян. На солнцепеке их держали три недели. Если за это время не являлся кормилец, чтобы своей жизнью выкупить семью, ее высылали на север в чем есть, без всякого имущества.
Осенью красные войска, поднакопившие опыта и силенок, добивали повстанцев на Украине. Только на Правобережье Днепра было уничтожено 444 отряда общей численностью свыше 30 тыс. чел. Из них убиты в боях и расстреляны около 10 тысяч. Еще делались попытки централизации повстанческих сил и нового подъема борьбы. Во Львове образовался "Головной повстанческий комитет" генерал-хорунжего Ю. Тютюнника. В ночь на 28.10 подчиненная ему бригада Палия переправилась через пограничную реку Збруч и заняла станцию Ярмолинцы, а 4.11 под Коростенем из Польши перешла еще одна бригада — 500 чел. с 3 пулеметами. На следующий день в районе Олевска перешли границу основные силы Тютюнника его Киевская дивизия в 1250 чел. Тютюнник провозгласил себя командующим повстанческой армией, образовал «правительство» Украинской народной республики, атаковал г. Коростень, но был отбит. Вскоре из Бессарабии переправилась еще одна группа его войск под руководством Пшенника и штурмовала Тирасполь. Красное командование перебросило сюда дополнительные стрелковые части, 9-ю Крымскую дивизию Котовского. Даже не успев как следует развернуть работу по организации широкого восстания, Тютюнник потерпел поражение. 17.11 красные перешли в наступление, юго-восточнее г. Овруча разбили его Киевскую дивизию, а у села Ст. Гута — бригаду Палия. Повстанцы начали отступать и ушли за границу. Через два дня выбили за Днестр и группировку Пшенника. Той же осенью были разгромлены (в основном, силами 1-й Конармии) повстанческие отряды Кубано-Черноморской области, к ноябрю — на Дону, в декабре — в Ставрополье. Несколько дольше держалась Карелия. Зимой 1921–1922 гг. на половине ее территории была свергнута советская власть, посылаемые на усмирение карательные отряды разбивались. Но к весне все было кончено и здесь.
Попытку централизации повстанческого движения в Туркестане предпринял Энвер-паша — военный преступник, избежавший петли под крылышком Ленина и пригретый "про запас" для развития мировой революции. Но мог ли бывший диктатор Турции долго оставаться приживалкой у другого диктатора? Когда советская власть стала укрепляться в Средней Азии, он решил устроить там исламскую революцию и поднять священную войну против «неверных». Заручившись союзом с эмиром Сейид-Алимом, пребывавшим в Кабуле, Энвер провозгласил себя "великим вождем ислама" в Восточной Бухаре (нынешний Таджикистан и юго-восток Узбекистана). В Кара-Су он провел съезд мулл, ишанов и басмаческих курбаши, стараясь объединить их разрозненные и враждующие отряды. Присвоил себе титул, ни более ни менее, как "верховный главнокомандующий всеми войсками ислама, зять халифа и наместник Магомета". Против него красные собрали группировку из восьми кавалерийских и стрелковых полков. Пошла жесточайшая драка, в которой стороны истребляли не только друг друга но и мирное население — свыше 5,5 тыс. местных жителей были убиты и около 3 тыс. ранены. В июне 22 г. советские войска предприняли общее наступление. У г. Байсун Энвер потерпел сокрушительное поражение и стал отступать в горы, цепляясь за перевалы и рубежи рек. 4.08.22 возле кишлака Оби-Дар ядро войск Энвера было окружено и разгромлено, а сам он убит.
"Зеленое" движение, в 1921 г. широко разлившееся по всей России, в 1922-м практически исчезло. От него остались только малочисленные отрядики и банды они распадались сами или поочередно уничтожались советскими войсками. А. С. Антонова, то пробовавшего вести партизанские действия, то скрывавшегося среди местного населения, тоже выследили, и он погиб вместе со своим братом.