В конце 1919 г. погибла и Уральская белая армия генерала В. С. Толстова. Уральцы продолжали сражаться, несмотря на то, что Колчак все дальше откатывался на восток, соседи-оренбуржцы были разгромлены, а помощь Деникина слабела — осенние штормы на Каспии затрудняли подвоз, Гурьев блокировала красная Астраханская флотилия. В условиях полного окружения ни мириться с большевиками, ни сдаваться им уральцы не собирались. Фрунзе удалось сломить их лишь с наступлением зимы. Для этого он применил целый комплекс мер. Ездил в Москву и выпросил лично у Ленина в виде исключения полную амнистию для сдающихся. Кроме того, применил новую тактику в борьбе с неуловимыми рейдирующими группами уральцев. Его конные отряды и пулеметные заставы начали отрезать казаков от станиц и хуторов, вытесняя в голую зимнюю степь и не подпуская к населенным пунктам. Подорвав таким образом боеспособность уральцев, лишая их возможности партизанских действий, 4-я армия Восканова и экспедиционный корпус 1-й армии перешли в наступление. Казаки отходили, не в силах противостоять красным во фронтальных боях.
Их прижимали к Каспийскому морю. Северная часть его замерзла, и даже эвакуация морским путем стала невозможной. Когда положение стало безвыходным, начался трагический исход семнадцати тысяч казаков по мертвым прикаспийским степям на Форт-Александровск (ныне Форт-Шевченко). В январе красные вошли в Гурьев. Тяжелейший поход через промерзлые солончаковые пустыни добил Уральскую армию. На страшном пути остались тысячи умерших от тифа, голода и простудных заболеваний, замерзших. Добравшиеся до Форт-Александровска остатки казаков были приняты английскими и русскими пароходами. Одних эвакуировали в еще державшийся Красноводск, другим повезло больше, их вывезли в Персию.
По завершении этой операции большая часть участвовавших в ней красных войск была перенацелена на Юг России. А в составе Туркестанского фронта под командованием Фрунзе остались лишь силы, действовавшие внутри Туркестана, около 20 тыс. чел. Противоболыпевистские группировки по общей численности имели значительный перевес. Но, во-первых, они были разрозненны, что позволяло громить их по очереди. А во-вторых, каждая из них имела свои уязвимые стороны. Белогвардейцы ген. Литвинова в Закаспийской области плохо знали местные условия, ферганские басмачи враждовали между собой и были слабо вооружены. Бухарский эмир после подписания договора с Совдепией рассчитывал на мир с ней. В случае нападения он надеялся и на международное заступничество, помощь англичан. Хивинский хан, хоть и находился в состоянии войны с большевиками, одновременно враждовал с бухарским эмиром и должен был действовать с оглядкой, чтобы не получить удара в спину.
Хотя после разгрома казаков Белова и Дутова большая часть 1 — и армии была переброшена против Деникина, но кое-какие подкрепления достались и Туркестану — обстрелянные, организованные и куда более боеспособные, чем местные войска, для которых они стали цементирующими звеньями. Успехи, достигнутые здесь противобольшевистскими силами, сменились их поражениями. Повстанцев Мадамин-бека и Монстрова, осаждавших Андижан, сначала остановила ссора вспыхнувшая между русскими и узбеками. А потом сюда была направлена с севера Татарская бригада. Это сильное соединение заставило повстанцев почти без боя начать отход в горы. Вскоре они оставили г. Ош. Переброска в Ферганский район именно Татарской бригады была не случайной. Увидев, что против них идут не русские, а мусульмане, местные жители встречали их мирно, а некоторые басмачи даже переходили на сторону красных. Национальные игры вообще занимали важное место в туркестанской войне. После соединения с РСФСР и прорыва сюда регулярных частей Красной армии мусульманское крыло ташкентского руководства, мечтавшее стать полновластными хозяевами края, резко выступило против "русского засилья", завопило о "новой русской оккупации Туркестана". Воспользовавшись этим, член РВС Туркфронта В. В. Куйбышев, осуществлявший здесь общее командование, тут же предложил провести мобилизацию в Красную армию 30 тыс. мусульман. Националистическая часть руководства с энтузиазмом приняла предложение и рьяно взялась проводить в жизнь, хотя прежде в военных вопросах предпочитала оставаться в сторонке.
Главным участком был тоже сначала объявлен тот, где сражались пришлые, чужеродные силы, — Закаспийский. В течение осени 1-я Туркестанская дивизия теснила здесь дивизию ген. Литвинова, формально подчиненную Деникину, но находящуюся далеко от главных театров войны и большей частью предоставленную самой себе. Литвинов оставил Асхабад и отошел к Кизыл-Арвату. В декабре под личным руководством Куйбышева тут был нанесен удар. Сюда стянули резервы со спокойных и второстепенных участков. Через пустыню был совершен обход на станцию Казанджик. Белогвардейцы потерпели поражение и отошли западнее. Они выбрали удобное место для обороны — там, где к железной дороге подходил хребет Малый Балхан, укрепив дефиле. Свой штаб Литвинов разместил на ст. Айдин, резервы — на ст. Джебел. Куйбышев разделил войска на две части. Одна наседала с фронта. Другая из 4 тыс. чел. при двух батареях, которую возглавил сам Куйбышев, двинулась на верблюдах через Каракумы. Обогнув Малый Балхан, она через 4 дня вышла прямо на Айдин и нанесла удар по штабу Литвинова. Беспечность дорого обошлась белым, не ожидавшим появления врага со стороны пустыни (причем второй раз подряд). Штаб был разгромлен. Взорвав пути, красные захватили 2 бронепоезда. Белогвардейская оборона в Закаспии рухнула. Части, державшие фронт, оказались в окружении, под ударами с фронта и тыла они были уничтожены или сдались. У белых остался только Красноводск с прилегающим районом.
Следующей на очереди стала Хива, против которой действовала группа войск под командованием Шайдакова. Армия Джунаид-хана не была регулярной. В основном она состояла из туркменских джигитов-кочевников, имевших племенную и родовую организацию. Тяжелого оружия у них почти не было, да и не умели они взаимодействовать с артиллерией и пулеметами. Поэтому в литературе войска Джунаида нередко смешиваются, нарочно или случайно, с басмаческими формированиями. Правда, туркмены были получше, чем басмачи, вооружены, да и были воинами с детства, в отличие от восставших земледельцев. По Амударье жили и казаки, но они раскололись. С одной стороны, Джунаид воевал с большевиками. А с другой — он и сам не был для казаков другом. Его джигитов, среди которых испокон веков царило правило сильного, оседлые хозяева тоже опасались. Наконец, в красных войсках были «свои», русские, а против них — «чужие», мусульмане. Этим и пользовалась большевистская пропаганда, играя на национальных чувствах уже в обратную сторону. В поддержку хана выступила лишь небольшая часть казаков, обитавших в районе Чимбая.
У Джунаида хватало и внутренних врагов. Всего несколько месяцев назад он сел на трон, поэтому в самой Хиве было много недовольных, обиженных в результате переворота, обойденных при назначениях. Большевики учли и такую местную особенность, как межплеменная вражда, сохранившаяся в Каракумах до XX века. Для Джунаида одни племена были родственными или союзными с ними, а другие — враждебными. И ташкентская власть усердно снабжала его врагов оружием, настраивая на активные действия. Была там и «революционная» партия младохивинцев во главе с Моллоаразом Ходжамаммедовым. Существовала она в зачаточном состоянии и ничего общего с коммунизмом не имела, выступая за конституционное ограничение ханской власти, а в радикальном варианте — за исламскую республику. Но других революционеров в Хиве не нашлось, и Ташкент делал ставку на имеющихся, подкармливая деньгами, оружием, литературой. Партию всячески подталкивали к восстанию, обещая поддержку.
В декабре, когда стало возможно перебросить в этот район части с Закаспийского участка, младохивинцы подняли восстание, тут же обратившись за помощью к красному Туркестану. Куйбышев отдал войскам приказ перейти границы Хивинского ханства. Немедленно началось наступление с севера и с юга. Главный удар наносился Амударьинской группой Шайдакова, которая двинулась по реке на пароходах и баржах. Флотилия насчитывала 38 единиц, на бортах которых имелись 26 орудий. Обращение, распространяемое при вторжении, гласило:
"Народы Хивы! Мы знаем, что для многих из вас Джунаид стал врагом и насильником. Идя только против него одного и сохраняя добрый мир со всеми, кто не будет его поддерживать словом и оружием, мы надеемся, что будем встречены не как враги, а как друзья, и встретим искреннюю и добросердечную поддержку. Смерть разбойнику Джунаиду! Да здравствует свободная и независимая Хива!"
О каких-либо классовых, социальных и территориальных причинах войны умалчивалось и подчеркивался ее сугубо персональный характер — вполне понятный для населения этого глухого угла. Поэтому вне зависимости от взглядов и убеждений сторону красных заняли все, кому Джунаид чем-нибудь насолил. Присоединились с оружием племена кочевников — маширыпов и чайдаров, враждебные роду Джунаида. 28.12 под Ходжейли войска хана вступили в бой с соединенными силами его противников и потерпели поражение. 2 января красные заняли Куня-Ургенч, затем Новоургенч. После передышки, обработав как следует местное население и перетянув на свою сторону часть «нейтральных» амударьинских казаков, они возобновили наступление. 1 февраля пала Хива. Джунаид ушел в Каракумы.
Примерно в это же время началась операция по овладению Красноводском и окончательной ликвидации Закаспийского фронта. После поражений Литвинова под Казанджиком и Айдином здесь остались 4–5 тыс. защитников, часть из которых составляли эвакуированные сюда уральские казаки. Помощи ждать было неоткуда. Основные силы Деникина дрались уже на Маныче и в Ставрополье. Красноводск оказался в изоляции. Каспийское побережье в основном контролировали красные, за морем лежал недружественный Азербайджан. Белогвардейцы оборонялись отчаянно. Стояли насмерть, отбиваясь контратаками. Обе Стороны понесли огромные потери. Но преимущество, и численное, и в артиллерии, было на стороне красных. 6 февраля Красноводск был взят. Из его защитников кто смог эвакуировались пароходами в Персию, значительная часть погибла, 1600 чел. попали в плен.
А Джунаид еще долго водил по пустыням преследующие его большевистские войска. Сначала он, уйдя далеко на юг, засел в крепости Тахта-Базар, почти на границе с Афганистаном. Ее осадили, взяли штурмом, но хан сумел вырваться. Обосновался в районе Батыр-Кен-та, стал собирать здесь новые силы. И здесь его настигли, снова он был разбит. Ушел в район Курганчик. Но и сюда пришли красные.
Опять он потерпел поражение, и опять его не сумели поймать. Отсюда он направился в самое сердце Каракумов, где собрал отряд кочевников и начал набеги на большевиков, ускользая от их ударов в глубины песков. Красные обратились к враждебным ему племенам. С их помощью разыскали в пустынях отряд Джунаида и разгромили. Взять неуловимого хана большевикам так и не удалось, но после этого поражения он ушел окончательно — за границу.
Разгромив уральцев Толстова, в Туркестан прибыл Фрунзе, облеченный властью не только командующего фронтом, но и полномочного представителя ВЦИК и Совнаркома. Когда он принял у Куйбышева военное руководство, активными здесь оставались Ферганский и Семиреченский участки. После взятия Новониколаевска (Новосибирска) одна из красных дивизий повернула в Казахстан против группировки атамана Анненкова. В Семипалатинской области шли бои. Войска Анненкова с отрядами казахской Алаш-Ордынской милиции, теснимые на юг, и Семиреченское казачество ген. Щербакова оказались в положении двух бойцов, отбивающихся спина к спине. В середине января казаки Щербакова перешли в наступление. Оно не удалось. Красные войска здесь из отдельных партизанских отрядов были уже организованы в 3-ю Туркестанскую дивизию, усилены вооружением, сцементированы переброшенными через Ташкент подкреплениями. Потерпев поражение, казаки отступили и укрылись в горной крепости Копал.
А на Ферганском участке установилась довольно своеобразная война. Советские войска беспрепятственно занимали города и кишлаки, при их приближении басмачи уходили. Среди них действовал как бы негласный запрет — не вступать в бой с регулярными частями. Впрочем, объяснить это легко — в повстанческих отрядах лишь третья или четвертая часть бойцов была вооружена, да и то чем попало, вплоть до старинных охотничьих ружей. Куда им было идти против артиллерии и пулеметов? Зато басмачи громили местную милицию, нападали на организуемые советские органы. Их предводители — курбаши постоянно враждовали между собой. Ссорились из-за ориентации, из-за сфер влияния и контролируемых районов. Учитывая их междоусобицы, большевики взяли курс на дальнейшее разобщение повстанческого движения и принялись переманивать его вождей на свою сторону. Их замысел удался. Из-за раздоров и взаимных обид к красным переходил то один, то другой курбаши. Перешел отряд Парпи численностью 3 тыс. чел., за ним отряды Махкам-Ходжи и Акбар-Али в 2600 чел. (из них лишь 600 вооруженных, откуда хорошо видна боеспособность басмачей).
Здесь, в Туркестане, фактически облеченный диктаторской властью, Фрунзе проявил себя очень ярко. Выступил эдаким азиатским владыкой, достойным своего кумира Тамерлана. Он прекрасно понимал, что "восток — дело тонкое", и сочетал в своих комбинациях и силу, и хитрость, и коварство.
Самыми сильными противниками на Ферганском участке были "крестьянская армия" Монстрова и "мусульманская народная армия" Мадамин-бека (точнее Мухамед-Амин-бека Ахметбекова). После распада их союза они между собой враждовали. Красный отряд Соколова нанес поражение повстанцам Монстрова, и тот через посредников начал зондировать у Куйбышева почву для мира. Узнав об этом «предательстве», Мадамин-бек всеми силами обрушился на отряды Монстрова и разгромил их. Вскоре и сам Мадамин-бек подвергся удару частей 2-й Туркестанской дивизии, понеся серьезные потери. В ответ он неожиданным налетом уничтожил красный отряд, стоявший в кишлаке Мын-Тюбе и потерявший бдительность. А Монстров со своими повстанцами явился в Джалал-Абад, прося у красных защиты и предлагая им союз против Мадамин-бека. Как же поступил Фрунзе? Передал трибуналу и расстрелял пришедшего к нему Монстрова вместе с прочими руководителями "крестьянской армии". О чем известил Мадамин-бека, предлагая ему союз и дружбу. "Враг моего врага — мой друг". Кроме того, он обещал оставить под началом курбаши все его воинство, назначив его командиром полка. И грозный Мадамин-бек согласился. Его отряд вошел в состав Красной армии под названием 1-го Узбекского Маргиланского кавалерийского полка. Хитрой игрой Фрунзе устранил сразу двух противников. Ход был тем более выигрышным, что откликнулся на остальном басмачестве. Другой видный курбаши, Ахунджан, выразил желание перейти в Красную армию на тех же условиях. Фрунзе и его принял. Его отряд стал 1-м Тюркским красным полком. Даже болезненное соперничество между курбаши учитывалось в названиях их частей даже — никаких «вторых» полков, все "первые".
На Семиреченском фронте в феврале было затишье. Но начала сказываться усталость от бесконечной войны. Среди казаков появились перебежчики. Пока немного, но в день по 3–4 человека переходили к красным. Вступивший в командование 3-й Туркестанской дивизией Белов, умный и дальновидный человек, категорически запретил репрессии против пленных, и это моментально дало плоды. Семиреченские казаки все сильнее склонялись к миру. Тем более, как уже говорилось, в здешних краях конфликтовать с крестьянами им было совершенно не из-за чего. Территория, занятая белыми, к этому времени значительно уменьшилась — она охватывала лишь северную часть нынешней Талды-Курганской области. Анненков под давлением красных вынужден был оставить Семипалатинский край и отойти в Лепсинский уезд Семиречья. Тут промежуток между озерами Балхаш, Сасыкколь и Алаколь суживал фронт до 100 км, позволяя держаться против ударов с севера. Но с юга 10 марта началось наступление красных на Копал. Эта сильная крепость занимала выгодное положение. 130 пулеметов, имевшихся у ее защитников, держали под огнем труднодоступные горные подступы, сметая атакующих. Часть красных пошла по дорогам, для удара в лоб, часть пробиралась по горным тропам, намереваясь напасть с флангов и тыла. Однако ночью, когда войска выдвигались для штурма, ударил сильный мороз. Выйдя к Копалу, закоченевшие войска были уже не в состоянии его атаковать. Вдобавок налетела буря. Понеся потери обмороженными и сорвавшимися в пропасть, красные отошли на прежние позиции.
Приведя в порядок свои части, получив подкрепления, они 20.03 предприняли новое наступление. На этот раз крепость перед штурмом решили блокировать со всех сторон. Бригаду из трех кавалерийских полков бросили в обход, чтобы перекрыть единственную дорогу, еще связывающую Копал с другими белыми районами. Выполняя эту задачу, бригада столкнулась лоб в лоб с казачьими частями, которые вел на помощь Копалу ген. Щербаков. Встреча была неожиданной для обеих сторон, но красных оказалось больше, и они четче отреагировали. Внезапно атакованный ими Щербаков был окружен. Он сумел прорваться и начал отступать. Преследуя его, большевики вышли к станице Арасанской. Обложили ее, готовясь к штурму. Но защищать станицу было некому. Щербаков, который по предположению красных засел в ней, ушел дальше, на Саркандскую. Арасанская сдалась без боя. Тут снова сказалась дальновидность комдива Белова, издавшего приказ:
"…Все зависит от вас — или поможете прикончить фронт, или подтолкнете казаков на новую войну".
В Арасанской не было ни насилий, ни грабежей. Казаки не верили своим глазам, пораженные такой переменой в поведении красных. И сами вызвались отправить делегацию в Копал, среди защитников которого было много их родственников. Рассказали там, что красные войну против казаков прекратили. Мощная крепость, блокированная со всех сторон, капитулировала. Общее количество пленных в результате падения Семиреченского фронта составило 6 тыс. человек. По домам их, правда, не распустили, а создали для них лагерь в Верном (Алма-Ате).
Преследуемый Щербаков вынужден был из Саркандской уйти с остатками войск в Китай. Туда же отступил Анненков, лишившийся тыла и очутившийся под ударом, с севера и с юга. Он разместился со своими людьми в г. Ланьчжоу, Щербаков и семиреченцы — в г. Кульд-жа, Дутов с оренбуржцами — в г. Суйдун.