Становиться членом руководства СЦЕХБ было весьма опасно. Однако, одиннадцать членов избирались в Совет постоянно, несмотря на то, что большая часть членов Совета периодически находилась в заключении, а те, кто оставались на свободе, были в постоянных разъездах.
Они вместе с благовестниками разъезжали по всему Советскому Союзу, посещая местные общины, стараясь привлечь на свою сторону все больше сторонников, оживить слабеющие связи и проверить работу местного руководства.
Работники СЦЕХБ проявляли завидные организационные способности. Им удавалось с успехом развернуть отлично разработанную многонациональную церковную программу. Большинство членов СЦЕХБ избирались благодаря их духовному авторитету.
По всей стране были образованны региональные объединения. В середине шестидесятых годов такие объединения существовали на Кавказе, Краснодарском крае, в Сибири, Казахстане, в Прибалтике, Молдавии, Белоруссии, Ленинградской и Московской областях. На Украине было создано несколько объединений: Западная Украина, Киевское, Харьковское и Донецко-Луганское.
Каждое объединение избирало свое руководство, проводили конференции, причем на этих конференциях как правило присутствовало два - три члена СЦЕХБ.
Проходили эти конференции тайно, продолжались два три дня и участвовало в них от сорока до шестидесяти человек. После проповеди и общей молитвы представители местных общин сообщали о своих потребностях в литературе, о том, сколько верующих арестовано и осуждено, о финансовых трудностях своих членов, о церковной жизни в целом, а представители СЦЕХБ отчитывались о проделанной ими работе, о жизни братства в целом.
Вся эта церковная работа проводилась тайно, поскольку существовала постоянная опасность со стороны властей. Поэтому участники этой программы на всех уровнях сознавали необходимость четкой организации их работы, а все финансовые операции должны фиксироваться в отчетах. На региональном уровне деятельность церквей была организована вполне удовлетворительно: один человек курировал работу с молодежью, другой - организовывал транспорт, были ответственные за коммуникации, хоровое пение, евангелизацию и финансы.
В каждом региональном объединении должен быть отдел евангелизации равно как и другие подразделения, функции которых отдельно не оговаривались.