Большая часть верующих, живших на Украине, оказалась в полной изоляции от центра страны.
Украинское братство решило созвать всеукраинский съезд представителей поместных церквей с тем, «чтобы возможно было организованно выступать в защиту своих религиозных убеждений и продолжать дело миссии на Украине». (Баптист Украины, 1927 г. №1).
1-8 октября 1918 г. в г. Киеве состоялся первый Всеукраинский съезд баптистов, на котором присутствовало 120 делегатов, представлявших все церкви братства баптистов Украины. Съезд принял важные решения, касавшиеся организации церквей, внешнего и внутреннего порядка. Был выработан устав церквей и составлен проект вероисповедания. Было также принято решение издавать журнал «Баптист Украины». Но воплотить это решение в жизнь не представлялось возможным, так как в связи с гражданской войной власть переходила из рук в руки. Кроме того, на Украине разгуливали всевозможные банды, не признававшие элементарных человеческих прав и норм.
Поэтому до восстановления Советской власти на Украине не могло быть и речи об организованной узаконенной евангельской работе поместных церквей. В то неспокойное время церкви существовали нелегально, а верующие по мере возможности, распространяли благую весть спасения. И все же, несмотря на трудности, церкви росли численно и укреплялись духовно.
В деле проповеди Евангелия на Украине хорошо проявили себя в то время палаточные миссии братьев И.И. Кириченко, Я,Я. Дика, Н.М. Салова-Астахова, А.И. Михайлова и отдельные ревностные благовестники.
И.И. Кириченко устраивал призывные собрания в парках и на улицах Киева. Работа эта была особенно благословенной. Ко Христу обращались глубоко падшие грешники. Широкую евангелизационную работу на юге Украины проводили Я.Я. Дик и Н.И. Салов-Астахов.
Я.Я. Дик и его группа, состоявшая из семи человек, осенью 1919 года стали жертвой произвола анархистов, возглавляемых Махно. Всем им отсекли головы в то время, когда они, преклонив колени, молились. (Н.И. Салов-Астахов «Секрет и сила молитвы»).
Н.И. Салов-Астахов, принявший на себя обязанность руководителя палаточной миссии, также неоднократно подвергался опасности быть расстрелянным махновцами или белогвардейцами.
В 1920 году от рук белогвардейцев в Мелитопольском округе погиб проповедник Евангелия среди евреев М. Шафран. (Баптист Украины, 1927, № 3).
После восстановления Советской власти на Украине появилась возможность созвать 2-й Всеукраинский съезд баптистов, который проходил в .мае 1921 года в г. Елизаветграде. В его работе приняли участие 120 представителей церквей. Съезд единодушно учредил Всеукраинский союз баптистов с центром в г. Киеве. Председателем союза был избран Д. А. Правоверов. (Баптист Украины, 1927 г. №3).
В. 1922 году на 3-м Всеукраинском съезде баптистов, проходившем в Киеве, было принято решение ввести Всеукраинский союз в состав Всероссийского союза баптистов. Но опыт такого объединения не оправдал себя. Дело в том, что Всероссийский союз в то время был еще не на столько окрепшим, чтобы удовлетворять нужды украинского братства, тем более, что часто возникали вопросы, связанные с особенностями законодательства Украинской Республики.
С 12 до 17 мая 1925 года в г. Харькове проходил 4-й Всеукраинский съезд баптистов. В нем принимали участие 333 делегата. В ходе обсуждения вопроса реорганизации Украинского объединенного Совета Церквей баптистов во Всеукраинский союз было принято решение учредить Всеукраинский союз объединений баптистов, сохраняя при этом «полное единство духа в союзе мира» со всем братством баптистов страны. Учреждение Всеукраинского союза было вызвано нуждами церквей баптистов на Украине. Поместные церкви нуждались в направлении духовной работы и внутреннем устройстве церквей, в духовном воспитании верующих, а также в представительстве перед органами власти.
Избранное съездом Правление под руководством А.П. Котюкова сделало все для скорейшей легализации союза, чему со стороны центральных органов власти не возникло никаких препятствий.
Местонахождением Правления союза был избран г. Харьков. Правление союза имело шесть отделов, в том числе, отдел подготовки благовестников, регентов и организационно-статистический отдел. Для оказания помощи в деле внутреннего устройства церквей, рукоположения служителей и духовного воспитания верующих, были назначены двенадцать старших пресвитеров.
В феврале 1926 года верующие уже читали журнал «Баптист Украины», а в конце года вышел из печати сборник песен «Родные напевы» (Баптист Украины, 1927 г. № 5 и № 10).
С 10 по 13 мая 1928 года в Харькове проходил 5-й Всеукраинский съезд баптистов (Баптист Украины, 1928г. №7), на который прибыло 476 представителей церквей, в том числе, 339 делегатов с правом решающего голоса.
От Федеративного союза на съезде присутствовали братья Н.В. Одинцов, П.В. Иванов-Клышников и М.Д. Тимошенко.
На заседаниях съезда много говорилось о нужде в молитвенных домах. Обращалось внимание на недостаточное материальное обеспечение благовестников. В резолюции, принятой съездом, особо отмечалась жизненность и целесообразность Федеративной структуры русско-украинского братства, подчеркивалась важность для дела благовестил на Украине областных объединений церквей.
Высказывались также пожелания, чтобы в дальнейшем областные съезды России носили-духовно-назидательный характер.
Было принято решение сооружать молитвенные дома своими силами планомерно, не обременяя другие общины воззваниями, и в ближайшее время приступить к постройке Союзного дома в г. Харькове.
Съезд избрал Правление Всеукраинского союза, в состав которого вошли: председатель - А.П. Костюков, товарищ председателя - A.M. Букреев, он же секретарь, Ф.Г. Косолапов - казначей.
Б качестве кандидатов в члены Правления были выдвинуты П.Е. Капщенко и И;А. Киета -Ефимович.
В состав Совета были избраны 12 человек, а также председатели областных объединений. Очередной съезд предлагалось созвать через три года.