С 1929 г. евангельские христиане и баптисты подверглись беспрецедентным преследованиям со стороны властей. С этого времени государственные чиновники совместно с так называемыми добровольными организациями воинствующих безбожников начали тотальные наступления на религию, запустив колоссальную машину атеистической пропаганды, применяя «административные меры». Практически все оказались так или иначе затронуты этой компанией. Война, объявленная церкви, была составной частью «чисток», поэтому аресты шли волнами.-

Растущие признаки грядущих гонений были заметны уже в 1928 году. Тогда И.С. Проханову посоветовали не возвращаться в Советский Союз после участия во Всемирном съезде баптистов в Торонто, чтобы по возвращении не оказаться в тюрьме.

Всего лишь после четырех лет работы закрылась в Москве Библейская школа.

В апреле 1929 г. Было опубликовано новое законодательство о религиозных культах. Закон вводил детальное регулирование деятельности всех религиозных организаций, причем, среди запрещенных оказались фактически все виды деятельности, благодаря которым евангельскому движению в России удалось распространиться и укрепиться.

Резко ограничивалась возможность работы с детьми и молодежью. Священнослужителям и проповедникам запрещалось распространять свою активность за пределы территории проживания паствы. Кроме того, вводился изощренный порядок регистрации религиозных объединений, а любая незарегистрированная деятельность запрещалась. Запрещалось также оказывать всякую материальную помощь членам общины, а также всякую вспомогательную деятельность: специальные собрания для детей, молодежи и женщин, экскурсии, библиотеки и т. д.

Этот закон служил основанием для закрытия большинства церквей, ареста пасторов и фактического прекращения всякой церковной жизни христиан.

Согласно соответствующему изменению в Конституции 1930 г., за верующими сохранялось право выполнять религиозные обряды, но зато было изъято право на религиозную пропаганду.

В период с 1928 по 1935 годы испытания коснулись в первую очередь ответственных работников обоих союзов, региональных отделов и некоторых видных проповедников Евангелия.

В конце 1928 г. по обвинению в шпионаже был арестован секретарь Всеукраинского союза баптистов А.М. Букреев.

3 марта 1929 г. подвергся репрессиям П.В. Иванов-Клышников. Он находился три года в ссылке в Алма-Ате.

В 1933 г. П.В. Иванов-Клышников был снова арестован и после суда отправлен в лагерь в Карагандинскую область.

Вскоре были арестовано несколько проповедников баптистской церкви в Ленинграде, а все молитвенные дома, кроме Дома Евангелия, были закрыты

5 февраля 1930 г. в Доме Евангелия было проведено последнее богослужение. Он был закрыт решением народного суда и передан под клуб заводу «Электроаппарат».

В Москве в то время были закрыты пять из шести имеющихся молитвенных домов. Собрания баптистов проходили в доме центральной церкви на Петровке. Ее пресвитером до 1933 года был П.В. Павлов.

В 1929 г. в г. Житомире был арестован казначей Всеукраинского союза баптистов Ф. Г. Косолапов. Длительное время он провел в Харьковской тюрьме, тяжело заболел и отдан жене Анастасии Дмитриевне. В домашней обстановке он отошел в вечность, сохранив верность и упование на Господа.

Б 1930 г. был осужден на три года лагерей пресвитер Благовещенской церкви П.Я. Винс.

В связи с арестом работников, региональные союзы баптистов прекратили свое существование. Оба баптистских печатных органа также были закрыты. «Баптист Украины» перестал издаваться в конце 1928 года. Последним вышел 11-й номер журнала.

После ареста П.В. Иванова-Клышникова прекратилась работа Библейских курсов. Арендованное в 1927 году здание Федерального союза в мае 1930 года было конфисковано. Были изъяты напечатанные, но еще не переплетенные десять тысяч Библий.

Чтобы укрепить свой контроль над союзом баптистов, власти провели в совет двух своих кандидатов - И.И. Бондаренко и В.И. Колесникова. Причины их представительства неясны, однако, они выступали на процессе Одинцова в качестве свидетелей обвинения. Но и они пали жертвой очередной волны арестов, последовавших за убийством Кирова и получили по пять лет. С их арестом в марте 1935 года Союз баптистов фактически прекратил свое существование.

Что же касается Союза евангельских христиан, то, несмотря на временное закрытие в 1930 году, он 'никогда полностью не останавливал своей деятельности. И.С. Проханов так и не вернулся в Советский Союз. В 1928 году его полномочия перешли к Я.И. Жидкову. На заседании Совета в 1931 году Проханов был избран почетным президентом (он умер в 1935 году в Берлине), а Я.И. Жидков был избран председателем. Б 1929 году Центральные органы Союза были вынуждены переехать в Москву. В середине 1935 года в Совет евангельских христиан входили: Я.И. Жидков (председатель), А.Л. Андреев (вице-председатель). А.В. Карев (казначей), И.С. Канальгин (секретарь) и М.А. Орлов. Вскоре на свободе остались только Андреев и Орлов, ставший после ареста Жидкова в 1937 году председателем Союза (в январе 1938 года).

В течение всей войны Орлов умудрялся не прекращать службы в единственной оставшейся в Москве церкви.

В 1940 году Союз евангельских христиан также прекратил работу.

Сталинские репрессии ставили своей целью не только искоренить лидеров. Арестовывали и многих местных пресвитеров, предъявляя обвинение в нарушении закона о культах, либо в кулачестве, либо в связях с заграницей, считавшихся предательством. А отправив в тюрьму пастора, легко было закрыть и молитвенный дом. Но даже в этот трудный период, когда многие из новообращенных капитулировали и оставили церковь, религиозная деятельность все-таки никогда полностью не прекращалась. Некоторые лидеры избежали ареста, уйдя в подполье, где умудрялись проводить тайные собрания.

Однако, в целом картина была печальная - все шло к концу. Весной 1930 года были арестованы 12 баптистских пасторов и конфискованы все церковные здания, кроме одного. В Москве было конфисковано пять церквей из шести.