Как это не парадоксально, но по горькой иронии, именно война спасла верующих от полного истребления.

После вторжения Гитлера в Советский Союз летом 1941 года и оккупацией Белоруссии, Украины и части России, на оккупированной территории стали возрождаться церкви евангельских христиан и баптистов. Верующие получали разрешения от немецкой комендатуры на проведение молитвенных богослужений. Комендатура предоставляла верующим клубы и брошенные большие дома для молитвенных собраний. Уцелевшие от арестов служители обходили и объезжали города, поселки и села и создавали церкви.

Возобновившие служения церкви объединялись в региональные союзы. Так в 1942 году на Украине был создан Приднепровский союз баптистов при активном содействии братьев Д.Д. Шаповалова, И.Я. Татарченко и других.

В Донбассе организовался Донецкий союз баптистов, во главе которого стали А. Ф. Зернов и А. Гаража. Центр Союза находился в г. Макеевка. При Донецком союзе баптистов был создан печатный орган, который издавал журнал «Голгофа», правда, тираж был небольшой и за период оккупации с 1942 г. по сентябрь 1943 г. вышло несколько номеров.

После освобождения оккупированной территории, церкви сохранились, а многих служителей арестовали: в т. ч. А.Ф. Зернова, А. Гаража, И.Я. Татарченко, Д.Д. Шаповалова и других. Каждый из них был осужден на десять лет лагерей.