Великую Отечественную войну Эйтингон встретил на посту заместителя начальника разведки. По свидетельству Судоплатова, за день до начала войны он получил приказ Берия о создании специальной группы для проведения в случае войны диверсионных акций в тылу про-твника. Эйтингону было поручена связь с Генштабом и командованием приграничных округов.

Вскоре вместе с Судоплатовым он занялся новой важнейшей в военных условиях работой. 5 июля 1941 года при наркоме НКВД была создана Специальная группа для проведения актов террора и диверсий в тылу противника и за границей. Начальником группы был назначен старший майор госбезопасности Павел Судоплатов. Эйтингон был назначен его заместителем.

Также сразу после начала войны 26 июня (по другим данным – 27 июня) приказом НКВД были сформированы войска Особой группы. Начальником эти войск был назначен комбриг Павел Богданов, заместителем начальника (с октября 1941 года – начальник) полковник Михаил Федорович Орлов. Первоначально войска Особой , группы включали в себя две бригады, состоявшие из батальонов, которые, в свою очередь, делились на отряды, а отряды – на спецгруппы. Создание войск особой группы проходило под непосоредственным контролем Судо-платова и Эйтингона.:

В октябре 1941 года войска Особой группы были пе-1 реформированы в Отдельную мотострелковую бригаду! особого назначения (ОМСБОН). Она состояла из двух! мотострелковых полков: четырехбатальонного и трехба-1 тальонного, со специальными подразделениями. К пос-1 ледним относились отряды спецназначения, школа млад- I шего начсостава и специалистов, саперно-подрывная рота, авторота и рота связи. В октябре 1943 года бригада была полностью переориентирована на выполнение спецзаданий командования в тылу врага и переименована в Отдельный отряд особого назначения НКГБ СССР.

Эйтингон в это время выполнял особо важное задание в знакомой уже ему Турции. Он руководил подготовкой покушения на посла Германии в Турции Франца фон Папена.