Российские ученые придумали систему «Онкофайндер», которая может подбирать препарат для лечения конкретной опухоли, а также использоваться для поиска новых лекарств при лечении рака. Команду поддержали инвесторы

section class="box-today"

Сюжеты

Здравоохранение:

Летальный вирус

Закат бесплатной медицины

/section section class="tags"

Теги

Здравоохранение

Медицина

Наука

/section

Талантливый биолог объединился с талантливым математиком. Потом к ним присоединился талантливый программист-организатор-бизнес-ангел. И чуть позже — талантливый венчурный инвестор. В результате почти утопическая идея — лучше лечить рак — превратилась во вполне рабочую систему, которая, беря за основу данные о конкретной опухоли, в виртуальном режиме исследует данные о ней вдоль и поперек, представляя профиль опухоли. Затем система подбирает из списка таргетных препаратов те лекарства, которые будут наиболее эффективны для пациента. Причем не просто выдает один препарат, а ранжирует их по степени эффективности.

figure class="banner-right"

var rnd = Math.floor((Math.random() * 2) + 1); if (rnd == 1) { (adsbygoogle = window.adsbygoogle []).push({}); document.getElementById("google_ads").style.display="block"; } else { }

figcaption class="cutline" Реклама /figcaption /figure

Уже сейчас система тестируется в нескольких российских онкологических клиниках. Аналогов в мире у нее пока нет. И на горизонте никто не маячит, хотя известно, какие силы и суммы работают в области мировой онкологии. Крупные компании уже интересовались разработкой, позвякивая денежками. Но наша компания пока наращивает капитализацию.

Глядя на эту команду, проникаешься не только оптимизмом, но и гордостью. Ведь есть же в отечестве таланты, ведь можем не только блоху подковать, а вырваться вперед в мировом пелотоне, да еще и инвесторов своих найти.

Если сложить биолога с математиком

Живыми существами Антон Буздин начал интересоваться лет с шести. Он обожал передачу «В мире животных», которая привела его в биологический кружок. Разумеется, сказалась и семейная атмосфера. Папа — известный физик, мама — выпускница Физтеха, друзья семьи — под стать. Среди них было немало биофизиков, которые любили потолковать о самой модной области — молекулярной биологии. Антон из разговоров этих понял, что молекулярная биология — это наикрутейшая часть той науки, которую он полюбил с раннего детства. Так что никаких метаний с выбором профессии не было. Последний год школы — усиленная работа с репетиторами, и вот он уже студент биофака МГУ. Причем кафедры молекулярной биологии, считавшейся едва ли не лучшей на факультете. Интересно, что самое сильное влияние на него поначалу оказали даже не известные преподаватели, а однокурсники. «Они были все такие суперсерьезные, такие целеустремленные, так жаждали сделать великие открытия в науке, — рассказывает Антон. — Ну и я, соответственно, в эту струю влился». После окончания МГУ Буздин поступил в аспирантуру Института биоорганической химии им. М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, где попал в лабораторию Евгения Давидовича Свердлова, которого называет великим и могучим.

В лаборатории Антон занялся очень интересной темой: чем мы отличаемся от обезьян на генетическом уровне. Я посмеялась: наверное, не столь уж многим. «Как сказать», — усмехнулся Антон. Шимпанзе может удерживать в голове три задачи, а мы семь, они лучше лазают по деревьям, зато мы лучше контролируем свои эмоции, читаем книжки и вообще существенно умнее. В лаборатории нашли целый ряд мобильных элементов — таких последовательностей ДНК, которые могут случайным образом встраиваться в гены и иногда существенно менять их работу. Так вот, один из таких мобильных элементов, состоящий, кстати, из вирусных фрагментов, которыми напичкан человеческий геном, встроился в один из генов, активных в нашем гипокампе. Тем самым он усилил работу гена, ответственного за контроль над эмоциями и мыслительные процессы. Так что, вполне вероятно, что вирусы, давно вселившиеся в нашу ДНК, помогли нам стать гомо сапиенс.

Антон Буздин...

Фото: Олег Сердечников

Еще в лаборатории открыли два новых семейства мобильных элементов, и эти работы цитировались в международных изданиях. Антон защитил сначала кандидатскую, а в 2008 году — докторскую, после чего получил свою лабораторию, которая продолжила изыскания в области генома человека. Попутно он наряду с фундаментальными работами решил заняться той сферой, которая может приблизить фундаментальные открытия к медицине. Ученые стали изучать особенности генома, связанные с развитием рака. Я удивилась: чем-чем, а исследованиями в области онкологии занимаются тысячи групп по всему миру плюс крупные корпорации. Есть ли смысл влезать в этот марафон? «Есть, — улыбнулся Антон, — все занимались, да не так, как мы. У нас были экспериментальные методики, которые позволяли изучать эту область по-другому. Правда, было это несколько лет назад, когда секвенирование генома было дорогим удовольствием. Сейчас, когда секвенирование и микрочипирование, позволяющие быстро изучать и сравнивать фрагменты ДНК, стали существенно дешевле, все более ранние методики были отброшены, в том числе наши. Тем не менее мы не потеряли преимущества, потому что стали использовать огромные массивы данных, в то время как большинство других исследователей выбирают, как им кажется, наиболее значимые кусочки, а все остальное отбрасывают». На самом деле никто толком не знает, что более значимо, а что нет. Вспомним, что еще совсем недавно большая часть нашей ДНК считалась «мусором». А потом выяснилось, что там есть большое количество регуляторных элементов, управляющих геномом.

Для многих команд, работающих в онкологии, обработка больших массивов данных до сих пор остается камнем преткновения. «Лет пять назад мне на одной из конференций посчастливилось встретиться с замечательным биофизиком-математиком из Биофизического центра имени Бурназяна — Николаем Борисовым», — рассказывает Антон. Буздин выступил со своим докладом о сравнении шимпанзе и человека. Борисов со своим — о моделировании клеточного сигнала, приводящего к делению клетки. Каждый получил свою премию за доклад, а на фуршете они обменялись визитками и договорились встретиться.

«Мы решили объединиться, когда Антон показал мне данные об анализе экспрессии генов нескольких больных раком, лечившихся в Институте Герцена, — рассказывает Николай Борисов . — Он спросил моего мнения, как можно извлечь из всего этого практический результат, который могли бы применять врачи. И тут одновременно мы высказали одно и то же предположение: сейчас определяют уровень экспрессии небольшого количества генов, участвующих в развитии рака, а это очень узкий взгляд на проблему». Наши же ученые решили замахнуться на глобальный подход.

Что вообще происходит в раковой клетке? «Клетка становится раковой не мгновенно, — объясняет Антон Буздин. — Накопление мутаций может идти годами. Совокупность всех процессов в клетке все время изменяется и в конце концов приводит к тому, что клетка превращается в раковую. Параллельно идут процессы влияния на изменяющуюся клетку со стороны иммунной системы. Это огромный клубок взаимодействий». Выяснилось, что в раковой клетке по сравнению с нормальной примерно 10 тыс. генов работают по-другому. Но мутации в этих генах необязательно отражают текущее состояние раковой клетки. Допустим, была какая-то инициирующая мутация, которая на определенном этапе сыграла важную роль, но потом процесс продолжался, становились важными другие изменения. Если же выбрать мишенью инициирующую мутацию и попытаться ее заблокировать, терапия может быть бесполезной. «Поэтому мы изучаем даже не мутации генома, а транскриптом раковой клетки — совокупность всех синтезирующихся молекул: белков, мРНК, некодирующих РНК, — продолжает Антон. — Именно эти данные показывают реальные текущие процессы в клетке».

...и Николай Борисов впервые в мире решили создать максимально подробную картину опухоли

Фото: Олег Сердечников

Николая Борисова давно терзала мысль о том, почему даже так называемые таргетные препараты могут не достигать цели и что с этим можно поделать. «Сигнальные пути в клетке — это в основном взаимодействия белка с белком, — говорит он. — В конце концов эти взаимодействия доходят до ядра и заставляют клетку делиться. Но сигнальные пути не столь прямолинейны, они сильно разветвлены. И даже если нам кажется, что мы перекрыли одно взаимодействие, то сигнал может пойти по другой ветке». Поэтому даже таргетные препараты, которые вроде действуют на конкретную мишень, не всегда могут быть действенными: «А вы понимаете, что препараты эти, во-первых, весьма недешевы, а во-вторых, отнимают драгоценное время и даже вредят: пациент проходит курс одним препаратом, затем другим, третьим, а лекарства-то токсичны».

Наши ученые решили создать максимально подробную картину опухоли. Для этого нужно было включить в систему данные экспрессии почти 10 тыс. вовлеченных в рак генов (пока включено 7 тыс.) из огромного количества образцов, около 300 известных на сегодня сигнальных путей, также вовлеченных в рак, и около 300 метаболических путей (например, биосинтеза или распада веществ внутри клетки). И все это богатство данных нужно было «перемножить» и измерить количественно, чтобы, к примеру, знать, какие сигнальные пути в конкретном случае усилены, какие ослаблены и насколько. Тогда возможно получить представление, конечно, не совсем полное, но достаточно объемное, о том, что происходит в клетке на элементарном уровне. «Этот уровень достаточно элементарен, чтобы описать ситуацию подробно, — говорит Антон, — но в то же время слишком масштабен, чтобы понять его человеческим мозгом». Борисов же смог создать такой алгоритм, который сводит все это огромное количество данных к понятной информации. До него сделать это никто не смог. Результат этих вычислений может подсказывать, на какую мишень или мишени в первую очередь нужно воздействовать. С помощью этой системы можно также оценить, насколько успешна применяемая терапия.

Более того, у системы есть еще одна ценность. «Дело в том, что методы секвенирования и микрочипирования хоть и прогрессируют, но все же пока несовершенны, — рассказывает Антон Буздин. — Данные двух этих методов по одному объекту могут существенно различаться. Мы же сводим их вместе и как бы убираем шумы и ошибки этих методов».

Программист, инновационный менеджер, ангел

В общем, когда Буздину и Борисову общая концепция стала ясна, стало также ясно, что для ее реализации нужно больше денег, чем они по ходу дела вкладывали сами. И тут на горизонте показался еще один персонаж этой истории — Алекс Жаворонков . «Нас познакомил общий друг — ученый, — рассказывает Буздин. — Он сказал Алексу, что у нас интересный проект, а нам — что Алекс уникальный человек, то, что нам нужно».

Жаворонков, в свою очередь, говорит, что таких уникумов, как Буздин и Борисов, в мире можно по пальцам насчитать, хоть они пока и не имеют званий нобелевских лауреатов. «Они сделали великую вещь, но она на тот момент не была программным продуктом, — рассказывает Жаворонков. — Антон вообще сначала обратился ко мне с просьбой просто оценить идею: мол, одна крупная западная фармкомпания хочет купить разработку за 100 тысяч долларов. Помоги с ними переговорить. Я ответил, дай мне посмотреть проект, я с ним, как говорится, пересплю». Алекс прочитал материалы и едва дождался утра. А утром сказал Буздину, что продавать это сейчас ни в коем случае нельзя. «А где взять деньги на развитие?» — спросил Антон. «Сначала дам я, — ответил Алекс, — а потом поищем кого-нибудь покрупнее».

Почему Алекс, а не Александр, почему уникальный и откуда взялся? Он родился в Риге, отец — военный, мать — инженер. Учился хорошо, и родители послали его поступать в Канаду. В середине 1990-х все, кто имел малейшую финансовую возможность, экспортировали детей на учебу за границу. Алекс поступил в Королевский университет в Кингстоне на две специальности сразу. Одна — компьютерные науки. Вторая — бизнес-школа. Алекс в детстве не мечтал стать компьютерщиком и бизнесменом, а мечтал быть доктором или ученым. «Мне было лет восемь, когда я лежал вечером в траве на даче и смотрел на звезды. Тогда все мечтали стать космонавтами, а я думал, что космонавты — это слишком пафосно, да и рискованно, — рассказывает Алекс. — Я думал о том, что мы слишком мало живем, для того чтобы летать далеко в космос, и решил, что стану медиком, решающим эту проблему». Однако конъюнктурные соображения победили детскую мечту. Ай-ти — это то, что было тогда остро востребовано. После вуза Жаворонков попал в компанию, которая разрабатывала компьютерные чипы для телекоммуникационных сетей. Стал продактмаркетинг-инженером — разрабатывал чип и продавал его. Зарплата — супер, бонусы — супер. Когда доткомовский пузырь стал схлопываться, Алекса переманила другая компания — по разработке компьютерной графики. Через некоторое время он возглавил департамент, занимавшийся Центральной и Восточной Европой, а заработанные деньги вкладывал в акции китайских айтишных компаний. Его коллеги в свободное время в основном развлекались игрой в гольф, Алекс же решил позаниматься собой. Поступил в магистратуру американского Университета Джона Хопкинса. А заодно в аспирантуру МГУ. Он возвращался к детским мечтам. А также следовал новой конъюнктуре — сейчас все самое интересное стало происходить в биотехе. В американском университете он занялся проблемами долгожительства, в российской — биофизикой аминокислот. Учась в американской магистратуре, Жаворонков объездил не меньше двадцати лабораторий, занимающихся старением, потом устроился на работу в компанию, организующую биологические конференции в США. Стал одним из директоров. Работа в компании, по словам Алекса, позволила ему познакомиться с огромным количеством ученых, к которым в иных обстоятельствах он вряд ли бы приблизился: «Вы себе не представляете, сколько контактов в моем мобильнике. Восемь тысяч. А в базе данных — миллион шестьсот!» Потом Алекс перешел работать в компанию, занимавшуюся конкретным проектом — разработкой антиоксидантов. Вложился в нее. Потом ее вместе с другими акционерами продал. По ходу дела снова познакомился с замечательными учеными. Вложился еще в одну компанию, где наш соотечественник Михаил Щепинов продвигал свой проект, связанный со старением. «Через Михаила познакомился с одним замечательным ученым и технологическим предпринимателем — Чарльзом Кантором, — рассказывает Жаворонков. — Он фантастический. Море идей, море проектов, не раз номинировался на Нобелевскую премию. Я у него многому научился. Он взял меня в одну из своих компаний, “Сиквеном”, и предложил сделать в России маленькую “дочку”, которая будет заниматься ранней неинвазивной пренатальной диагностикой. По периферической крови матери, выделив ДНК, можно сделать тест, определяющий, нет ли риска болезней типа Дауна». Такую лабораторию Алекс Жаворонков создал в новом Федеральном научно-клиническом центре детской гематологии, онкологии и иммунологии им. Димы Рогачева. При этом Алекс сам вложил деньги в часть оборудования и штат сотрудников.

В лаборатории ПОНКЦ программа «Онкофайндер» выдает персональный «рецепт»

Предоставлено компанией ПОНКЦ

Именно в этом центре Алекс познакомился с Антоном Буздиным. И вложил оставшиеся средства в его проект. «Я понял, что передо мной — золото, — рассказывает Алекс. — У Антона была прекрасная идея и наработки, Николай вообще смог сделать то, что никому в мире не удавалось: нашел тонкую грань между слишком сложными и простыми методами для обработки массивов информации. Потом мы провели несколько встреч и подумали, что лучший способ, как эту науку привести в клинику: через персонализированную медицину. Нужно разработать программную медицинскую платформу, которая сможет исследовать конкретную опухоль и дать рекомендации доктору. И чем быстрее мы сделаем готовый клинический продукт, тем быстрее будем продвигаться дальше».

«И Антон вам сразу поверил? — спрашиваю Алекса. — Мало ли кто захочет присоседиться к перспективной разработке, к тому же не дав продать ее известной компании». Алекс на вопрос не обиделся: «Ну у меня уже была тут неплохая репутация. И не только тут. К тому же Антон видел, что я просто-таки загорелся этой работой и готов влиться в команду».

«А Алекс в компании кто — бизнес-ангел?» — спрашиваю уже у Антона. «Может, и ангел, — задумчиво ответил Антон. — Но не только. Он же еще и ученый, он же еще и программист. Плюс организатор. Так что он — ученый, менеджер и ангел».

Прогрессивный инвестор, меценат

Антон, Николай и Алекс создали компанию Первый онкологический научно-консультационный центр (ПОНКЦ). Кстати, получили статус резидента Сколкова. Инвестиции Алекса пошли на то, чтобы наработать побольше материала. Работая в режиме клинических исследований с тремя онкологическими центрами, компания оказывает услуги и частным пациентам. Но, как в классике жанра инновационной компании, наступает момент, когда нужно переходить к следующему этапу развития, от пилотного продукта к коммерческому.

Примерно год назад в команде появилась еще одна важная персона — венчурный инвестор Дмитрий Каминский . Сначала Дмитрий познакомился с Алексом. И в первый раз тот показался Каминскому чересчур сложным. Столько всего знает, так и фонтанирует малознакомыми терминами и прочей информацией. Нельзя сказать, что Дмитрий совсем уж ничего не понимал в биотехнологиях. Можно сказать, он к ним подбирался. Вообще-то у него компьютерное образование и был он айтишником, потом занимался аналитикой в банковской сфере. Но Дмитрий тоже из тех активных молодых людей, кому многое интересно. А увлекли его поначалу футурологи и поклонники искусственного интеллекта. Но, как выяснилось чуть позже, все-таки больше его влекли науки о жизни. Он стал развивать свой кругозор в этом направлении. А кто начинает развиваться в этом направлении, вовлекается в совершенно невероятный по сложности, изысканности и одновременно простоте мир устройства всего живого. При этом Дмитрий поначалу считал, что великими вещами вроде онкологических исследований занимаются только крупные богатые корпорации. А оказалось, что исследователи великого есть буквально под боком, в своем отечестве, и ни в каких мегакорпорациях они не работают. После первого знакомства с Алексом Дмитрий решил подковаться получше. «Я собрал команду из студентов, аспирантов МФТИ и МГУ, занимающихся биоинформатикой и программированием, — рассказывает Каминский. — Попросил промониторить тенденции, ученых, рынок в области биотеха. Они мне стали делать регулярные отчеты. Мне нужно было быстро подучиться, чтобы понять идею ребят — Антона, Николая и Алекса. Я догадывался только, что это что-то интересное и необычное и в то же время перспективное». Постепенно Дмитрий стал говорить с членами команды на одном языке. Он готовился влиться в коллектив.

Антон Буздин, Дмитрий Каминский и Алекс Жаворонков — команда против рака

Фото: Олег Сердечников

«Я был инвестором в традиционной сфере, работая со стабильными активами — бумагами, недвижимостью и прочим, — говорит Дмитрий. — Но я осознавал, что самое интересное сейчас — это бум биотеха. К тому же это просто по-человечески интересные и высокие материи». В начале года Дмитрий создал венчурный инвестиционный фонд Deep Knowledge Ventures с пропиской в Гонконге. «Я подумал, что это очень благоприятное место. Там огромная концентрация ученых и экстремально богатых людей, которые склонны не только к традиционным, но и к прогрессивным инвестициям. Там сильное законодательство и мощные финансовые институты», — объясняет Каминский. Создав фонд, Дмитрий стал сотрудничать с английским аналитическим агентством Aging Analytics Agency, которое мониторит все компании, от больших до крошечных стартапов, занимающиеся проблемами старения и долгожительства. Это агентство в свое время создало робота, который «парсит» интернет, выгребая из него все, что касается интересующей темы. Робота зовут Вайтл (VITAL — Validating Investment Tool for Advancing Life Sciences). Он со своими алгоритмами разбирает и раскладывает всю информацию по полкам. Фонд Дмитрия получил одного Вайтла для обкатки в тестовом режиме. Выигрывают все — фонд получает важную информацию, в то же время обучая робота своими повседневными запросами, которые потом будут учитывать разработчики робота. «Они рассчитывают, что после нашего апгрейда они смогут создать версию Вайтл 2.0, который будет мониторить вообще всю биомедицину», — говорит Дмитрий. Энциклопедичный и всевидящий Вайтл, разыскивающий даже малюсенькие стартапы, помог Каминскому сделать инвестиции в несколько перспективных компаний и стартапов, в том числе в гонконгскую Pathway Pharmaceuticals, которая занимается персонализированной медициной в области онкологии. А затем Pathway инвестировала в ПОНКЦ Буздина. Теперь Антон — один из директоров Pathway, курирует свой проект. Попутно Каминский как меценат помог созданию в Москве Центра биогеронтологии и регенеративной медицины, который возглавляет молодой перспективный ученый Андрей Гаража . Центр активно сотрудничает с лабораториями в МФТИ и Детском онкологическом центре, развивая новые методики лечения онкологических заболеваний и борьбы со старением. Еще Дмитрий содействовал созданию Фонда поддержки перспективных биотехнологий, куда войдет много ученых и прогрессивных предпринимателей. «Я изо всех сил буду стараться склонять инвесторов к прогрессу, — говорит Дмитрий. — Общество должно оценивать их не по количеству дворцов, яхт и футбольных клубов, а по той пользе, которую они приносят науке, в частности медицине и, соответственно, людям».

Планируется, что до конца 2015 года фонд Deep Knowledge Ventures, в который Дмитрий Каминский пригласил нескольких влиятельных партнеров из Китая и России, инвестирует в проекты, связанные с увеличением продуктивного долголетия и борьбой с возраст-зависимыми заболеваниями, более 100 млн долларов. Пока фонду удалось привлечь порядка 30 млн. Часть денег идет на покупку акций крупных компаний, часть — на стартапы, часть — в Pathway. Той суммы, которую Каминский вкладывает в проект ПОНКЦ, по его мнению, достаточно для того, чтобы компания динамично развивалась: достойно поддерживала ученых, нарабатывала исследовательскую информацию, регистрировала патенты, публиковалась в известных научных изданиях. «С большой вероятностью эта компания может за полтора-два года достичь такой капитализации, которую увидят крупные стратегические инвесторы, — говорит Дмитрий. — А они видят начиная примерно со 100 миллионов долларов. Второй путь — выход на IPO».

И еще один козырь

Спрашиваю у Антона Буздина: а что, собственно, продавать будете — компанию или флешку с программой? «У нас есть программный продукт и небольшой исследовательский центр, который на основе программы выдает индивидуальные решения. Мы саму программу пока продавать не планируем, будем продавать лицензию на пользование. Сама программа будет в нашем центре — в удаленном доступе». Чтобы любая клиника мира могла получить такую лицензию, нужно одобрение продукта соответствующими органами, например FDA. Но для этого, наверное, понадобится уже стратегический инвестор. Пока компания движется постепенно. Исследование касается рака почки, и сертифицироваться продукт будет по этой нозологии сначала в России. Сейчас врачи сотрудничают с ПОНКЦ в режиме клинических исследований. Естественно, они не могут делать только те назначения, которые им предлагает программа, поскольку для определенного вида рака препараты прописаны в утвержденном протоколе. Но врачи соотносят свои назначения с программными и делают свои комментарии. Впрочем, в экстремальном случае они могут прописать лекарство, не указанное в протоколе, и согласиться с программой. Антон рассказывает один случай. Больной прошел все возможные виды терапии, указанные в протоколе. Ничего не помогло. Прогноз понятен без слов. И в этом случае врач может предложить любые меры, с которыми согласятся пациент или его родные. Программа, исследовав профиль опухоли этого больного, предложила таргетный препарат, который вообще никогда не использовался по этому назначению. Врач решил его назначить. Больному стало значительно лучше. «Прошло еще совсем немного времени, чтобы строить оптимистические прогнозы, но это явное улучшение было очевидно для всех», — продолжает Антон.

Ученые разрабатывают еще одно весьма перспективное применение для своей программы — поиск новых мишеней в раковой опухоли, а также подбор или предсказание новых препаратов для рака и других возраст-зависимых заболеваний.