Масару Эмото родился в Иокогаме в июле 1943 года. Он закончил факультет гуманитарных наук Иокогамского городского университета и специализировался по международным отношениям. В 1986 году он создал в Токио корпорацию «Ай-Эйч-Эм». В октябре 1992 года Масару Эмото получил сертификат доктора альтернативной медицины в Открытом международном университете. Впоследствии в Соединенных Штатах он познакомился с концепцией микроструктур воды и с технологией анализа магнитного резонанса. Так начались его поиски ключа к тайнам воды.

Доктор Эмото предпринял обширные исследования воды по всей планете, не столько как ученый-исследователь, но скорее как оригинальный мыслитель. Со временем он понял, что именно кристаллы замерзшей воды способны показать нам ее истинную природу. Он до сих пор продолжает эти эксперименты и по их результатам написал уже несколько книг на японском языке, которые были хорошо приняты читателями и переведены на основные европейские языки. Он женат на Кадзуко Эмото, которая разделяет его интересы и возглавляет фирму «Кёикуса», издательскую ветвь его компании. У них трое детей.