В сентябре 1888 года Крылов был зачислен на кораблестроительное отделение Морской академии.

И вот он снова в том здании, где провел шесть лет своей юности. Морская академия занимала четыре комнаты на втором этаже корпуса Морского училища. Начальник Морского училища одновременно являлся и начальником Морской академии. В то время немного офицеров училось в Морской академии — в 1888 году было принято всего 20 человек. Весь курс в Академии проходили за два года.

Со всей серьезностью Крылов принялся за овладение корабельной наукой. В Морской академии были в основном хорошие преподаватели. Среди них особенно выделялись профессор математики Коркин, профессор физики Краевич и профессор астрономии Цингер.

По математике имелось много руководств, как русских, так и иностранных. Но Александр Николаевич Коркин не придерживался ни одного из них. Он читал курс, им самим составленный, который отличался особенной точностью определений, краткостью и предельной четкостью.

Профессор физики Краевич читал свои лекции очень вдумчиво, подкрепляя их массой различных опытов, которые облегчали понимание предмета.

Лекции по астрономии были необязательны для кораблестроителей, но Крылов находил время и для них. Ему очень нравился метод преподавания профессора Цингера, в котором главное внимание обращалось на самостоятельную работу слушателей.

Менее удачно было поставлено преподавание по теории корабля и проектированию судов. Здесь Крылову приходилось в основном заниматься самостоятельно. Он настойчиво изучал все то, что было сделано в науке о корабле.

Еще в древние времена люди умели строить суда. Конечно, это были не такие совершенные суда, какие мы имеем сейчас. Это были просто лодки, на которых люди плавали с помощью весел. Позднее стали применять парус, а затем, уже в XIX веке, паровой двигатель.

Но долгое время суда строились без всякого расчета, просто как подсказывала практика.

И только в 1749 году великий ученый, математик и механик, член Петербургской Академии наук, Леонард Эйлер написал свой знаменитый труд «Морская наука». Этим он положил начало новой отрасли науки — теории корабля.

В дальнейшем наука о корабле развивалась. Появились другие труды. Русские ученые сделали многое для развития новой науки.

В 1818 году вышли две большие работы Платона Яковлевича Гамалея — «Высшая теория морского искусства» и «Теория и практика кораблевождения». Гамалея был талантливый теоретик и практик морского дела. Он окончил Морской корпус, плавал в действующем флоте, потом около двадцати лет преподавал в Морском корпусе. В своих трудах Гамалея изложил математику и механику в применении к морскому делу, навигацию, астрономию, теорию корабля и теорию и практику кораблестроения. В то время работы Гамалея не имели равных в мировой морской литературе и долго являлись основным пособием при преподавании морских наук в России.

В 1828 году корабельный мастер Алексей Васильевич Зенков написал книгу по кораблестроению.

Преподаватель и корабельный инженер Василий Верков в 1836 году издал работы «Начальные правила или теоретические основы корабельной архитектуры» и «Собрание статей».

В этих трудах авторы излагали основные правила и расчеты при строительстве тогда еще деревянных парусных судов.

Знаменитый математик и механик Леонард Эйлер.

Примерно, в это же время выступил один из видных русских ученых-кораблестроителей XIX века — Степан Онисимович Бурачек. Бурачек был строителем новых типов судов и более тридцати лет преподавателем Морской академии. Он написал ряд работ по теории, корабля и корабельному строительству.

В своих трудах и речах Бурачек выступал не только как талантливый ученый, но и как большой патриот, сторонник развития русской науки и противник преклонения перед иностранным.

«… Если никто из наших инженеров не известен в Европе ученостью, то все это только потому, что они по русскому обычаю хорошо делают и хорошо молчат про свои дела.

… Если перебрать таким образом все русское, одно за другим, и свести на очную ставку с иноземным, то мы бы изумились, сколько у нас прекрасного, прочного и похвального», — писал Бурачек.

Современником Бурачка был талантливый кораблестроитель, преподаватель и автор многих замечательных трудов по кораблестроению — Михаил Михайлович Окунев. Его пятитомное сочинение «Теория и практика кораблестроения», вышедшее в 1865–1873 годах, являлось в то время классическим трудом. Окунев был строителем того знаменитого броненосца «Петр Великий», который был осуществлен по проекту адмирала Попова и в свое время являлся самым могущественным кораблем в мире.

Настойчиво изучая труды русских и иностранных ученых, Алексей Николаевич следил также за современной литературой, читал и переводил статьи из журналов, часто забегал на верфь к Петру Акиндиновичу, чтобы расспросить его по возникающим практическим вопросам и узнать все последние новинки по строительству кораблей.

Вместе с тем Крылов не переставал сотрудничать в различных журналах — «Морском сборнике», «Записках по гидрографии», «Горном журнале». Он помещал там рецензии на некоторые книги, переводы интересных статей из иностранной литературы. Эти статьи он снабжал своими отзывами и пояснениями, давал ряд указаний, как использовать практически ту или иную статью, что приносило большую пользу читателям.

Так прошли два года в напряженном труде. В ноябре, 1890 года Алексей Николаевич Крылов окончил Морскую академию. Как на переходных экзаменах с первого курса на второй, так и на выпускных экзаменах Крылов получил по всем предметам «12». Это были не случайные отметки. Они показывали глубокое знание Крыловым тех предметов, которые проходились в Академии, и даже в значительно большем объеме, чем они там преподавались.

Как и тогда, после окончания Морского училища, имя Крылова за выдающиеся успехи было занесено на мраморную доску. Он был оставлен в Академии для ведения научно-педагогической работы и подготовки к научному званию.