Фильм начинается со сцен жизни в России в начале нового «милениума».

Войска НАТО бомбят Абхазию и Карабах. Об отделении от России заявляют Татарстан, Дальний восток, Карелия. Ситуация предельно накалена. На фоне нарастающего хаоса Москва кипит веселой и праздной жизнью. На этом отрезке фильма главный герой — ученый из секретной лаборатории в Москве. Он ведет работу по созданию вакцины против спида, финансируемую из международного фонда. Одновременно с этим, по секретному приказу российских военных, за счет выделенных денег, он создает еще одну вакцину, которая трансформирует кожу человека и делает ее пуленепробиваемой. Получив результат военные планируют совершить военный переворот и вступить в третью мировую войну. Более того, ученый втайне работает еще и на русскую наркомафию пытаясь создать третий вариант вакцины со свойствами зависимости от наркотиков. В случае успеха планируется превратить кокаин в легальный массовый товар по типу витаминов и получать огромные прибыли за счет «вала». Носителем всех трех вариантов вакцин является единый звуковой код, вместе с которым лекарство впитывается в мозг. В этом плане ученого консультирует филолог (главный герой на протяжении всего фильма). После долгих неудачных попыток применения звуковых сообщений на различных языках, в качестве кода он внедряет цитаты русских писателей («Стоит ли счастье всего мира слезы одного ребенка», «Ах, Русь, Тройка, куда же ты мчишся…»).

Ученый добивается успеха. Во время пьянки по случаю завершения исследований в лаборатории происходит авария, образцы вакцин перемешиваются с водкой, взрываются, начинается цепная неуправляемая реакция и в атмосферу выбрасывается новый вирус. Этот вирус воздействует на людей, хоть чуть-чуть владеющих русским языком. Данный вирус распространяется моментально. Он находит в памяти человека код (цитаты указанные выше) и человек распадается на атомы, аннигилирует. Миллионы людей исчезают в момент соприкосновения с вирусом, где бы не находились — за рулем автомобиля, на работе, во сне. В городах начинается хаос. Это моментально засекается западными спецслужбами, начинается мировой кризис, повсеместная паника, НАТО готовится нанести по России ядерный удар. Но до этого не доходит — заброшенный в Россию десант обнаруживает, что шестая часть суши становится безлюдным природным ландшафтом…

Итак, действие продолжается. После отключения западными специалистами атомных реакторов и других ядерных установок они пытаются найти причины катастрофы и узнают главное — исчезают люди, знающие русский язык. Он запрещается к использованию, уничтожается вся русскоязычная литература. Вокруг территории бывшего СССР устанавливается санитарный кордон. Но в Москве, в подвалах читальных залов библиотеки остается в живых Филолог. Он не успел сообщить ученому код против аннигиляции людей и пользуется им, чтобы выжить — через каждые пять минут он повторяеет фразу «Я памятник себе воздвиг нерукотворный…». Филолог знает о причинах катастрофы, знает о положении в мире пользуясь средствами коммуникации. Он выходит на западные спецслужбы и сообщает о найденом им средстве защиты, но эта информация скрывается, т. к. запад уже готовится к освоению опустевшей территории. Под это подводится своя идеология — Россия была имеприей зла и Бог уничтожил ее, чтобы дать новый толчок к развитию мировой цивилизации. Спецслужбы ищут Филолога, чтобы убить его и сохранить тайну.

Проходит пятьдесят лет. Территория бывшего СССР поделена и успешно освоена западной цивилизацией. Древние памятники Москвы и Петербурга сохранены, вокруг них разрослись уютные суперсовременные города из стекла и бетона. Переселенцы из разных стран мира нашли землю обетованную и живут особенно дружно и счастливо. Они создали на новой территории совершенство урбанизации. В это же время, в одиночестве, в подземных лабиринтах Москвы продолжает жить Филолог. Он обнаружил, что в его организме прекратил работу процесс старения. За ним продолжают охоту спецслужбы. Его фотографии расклеены повсюду. Его объявили Дъяволом, которого должен убить каждый при первой же встрече.