После заочного избрания на царство Михаила Федоровича Романова Земский собор назначил ехать к нему большую делегацию во главе с рязанским архиепископом Феодоритом. В число делегатов-челобитчиков вошли чудовский, новоспасский и симоновский архимандриты, троицкий келарь Авраамий Палицын, бояре Ф. И. Шереметев и В. И. Бахтеяров-Ростовский, окольничий Ф. Головин, а также стольники, приказные люди, жильцы и выборные от городов. В связи с тем что точного места нахождения новоизбранного царя никто не знал, наказ им был такой: «Ехать к государю царю и великому князю Михаилу Федоровичу всея Руси в Ярославль или где он, государь, будет». Только в пути делегаты выяснили, что Михаил с матерью находятся в Ипатьевском монастыре недалеко от Костромы, куда они и прибыли 13 марта 1613 года. На следующий день им была назначена аудиенция.

Первая реакция инокини Марфы и ее шестнадцатилетнего сына на известие об избрании Михаила царем был решительный отказ, как отмечают летописи, «с гневом и слезами». Реакция в общем-то предсказуемая не только из дипломатических соображений и ложной скромности. Под этим отказом были куда более серьезные причины, ибо мало в истории найдется примеров, когда бы новый государь в столь молодом возрасте вступал на престол в такой крайне сложной обстановке. Главная трудность заключалась в том, что государство находилось в состоянии войны сразу с двумя державами — Польшей и Швецией, которые, оккупировав часть российской территории, выставляли своих кандидатов на московский престол. Более того, у одного из противников в качестве пленника находился отец вновь избранного московского царя — Филарет (Федор) Никитич Романов, а вступление сына на престол могло отрицательно сказаться на его судьбе. Тяжелым было и внутреннее состояние Московского царства. Большую опасность для государства продолжали представлять казачий атаман Иван Заруцкий со своей невенчанной женой и ее сыном «царевичем Иваном», имевшие широкую поддержку со стороны казаков и русской вольницы, распоясавшейся за годы Смуты и державшей в страхе население практически всех областей, включая и московские окрестности. Но самая страшная опасность для Михаила и его матери крылась, как тогда говорили, в малодушестве московских людей, которые, присягнув последовательно Борису Годунову, его сыну Федору, Гришке Отрепьеву, Василию Шуйскому, Тушинскому вору, королевичу Владиславу, предали их одного за другим, руководствуясь своими корыстными соображениями. Мать и сын имели полное право опасаться, что нового царя ждет та же участь — измена, а вслед за ней и позорная смерть. Такой судьбы для своего сына инокиня Марфа, конечно же, не желала. И только угроза посольства, что «Бог взыщет на нем конечное разоренье государства», если Михаил откажется подчиниться воле Земли об его избрании на престол, растопило лед недоверия. Марфа благословила сына, и он принял от архипастыря соборные грамоты и державный посох, пообещав в скором времени быть в Москве.

Однако путешествие из Костромы в Москву растянулось по времени почти на два месяца. По мере приближения к столице к Михаилу Федоровичу все с большей очевидностью приходило осознание того, что он гол, нищ и недееспособен. Государственная казна была пуста, как и продовольственные запасы царского двора. Армия из-за невыплаты денежного содержания распалась и занималась грабежом ради собственного пропитания. На дорогах хозяйничали разбойники, свои и чужие. Последствиями этого прозрения стали многочисленные царские грамоты, одна за другой уходившие в Москву. В них Михаил, нужно полагать с подачи своих советников, требовал от Земского собора, чтобы бояре, дворяне, торговые люди исполнили свою часть «общественного договора», а именно обуздали разбойничьи шайки, бродившие по городам и весям; очистили дороги от грабителей и убийц, парализовавших всякое перемещение людей и товаров; восстановили дворцовые села и волости, являвшиеся основным источником пополнения царской казны денежными, продовольственными и иными запасами, предназначенными не только для «царского обихода», но и содержания служилых государевых людей. Оскудение же царской казны доходило до того, что царскому поезду не хватало лошадей и подвод, в связи с чем часть сопровождавших царя людей вынуждена была идти пешком. Да и сам стольный город, как свидетельствует соответствующая переписка, не был готов к приему царя, ибо «хором, что государь приказал приготовить, скоро отстроить нельзя, да и нечем: денег в казне нет и плотников мало; палаты и хоромы все без кровли. Мостов, лавок, дверей и окошек нет, надобно делать все новое, а лесу пригодного скоро не добыть».

Тем не менее царский поезд медленно, но верно приближался к Москве. С 21 марта по 16 апреля царь находился в Ярославле, 17 апреля он прибыл в Ростов, 23 апреля — в село Сватково, а 25 апреля — в село Любимово. На следующий день, 26 апреля, он торжественно вступил в Троице-Сергиеву лавру, а в воскресенье, 2 мая, уже «всяких чинов московские люди» вышли за город для встречи своего государя. В тот же день состоялся его торжественный въезд в столицу, а затем и благодарственный молебен в Успенском соборе Кремля.

По Деулинскому договору стороны согласились отпустить всех пленных, удерживаемых ими еще со времени смоленской осады и Первого земского ополчения. Знаковыми пленниками с московской стороны были руководители Великого посольства митрополит Филарет и князь В. В. Голицын, а также брат бывшего царя И. И. Шуйский и смоленский воевода М. Б. Шеин, с польской стороны — полковник Струсь, возглавлявший польский гарнизон Московского Кремля в 1612 году и капитулировавший перед Вторым земским ополчением. Подготовка к размену растянулась на полгода и сопровождалась всевозможными попытками с польской стороны обставить это мероприятие с максимальной выгодой для себя. В конце концов поздним вечером 1 июня 1619 года в 17 верстах от Вязьмы и в двух верстах от Дорогобужской дороги, на реке Поляновке, через которую были специально построены два моста, произошел размен. Однако в числе русских, ступивших на родную землю, уже не было В. В. Голицына, умершего в пути, и И. И. Шуйского, не решившегося настаивать на своем освобождении без разрешения королевича Владислава, которому он целовал крест как царю московскому.

Путь Филарета к Москве был обставлен со всей возможной торжественностью. В Можайске его встречали рязанский архиепископ и князь Дмитрий Пожарский, в Саввином монастыре — архиепископ Вологодский и боярин Василий Морозов, в селе Никольском — митрополит Крутицкий и князь Дмитрий Трубецкой. На берегу Ходынки его приветствовали все московские бояре, дворяне и приказные люди, а при переезде через речку Пресня 14 июня бывшего пленника встречал, стоя на коленях, царь Михаил Федорович. После трогательной встречи Михаил, усадив отца в царские сани (!), пошел пешком впереди него, что должно было символизировать верховенство отца и подчиненное положение сына-царя. А через десять дней гостивший в Москве иерусалимский патриарх Феофан, после приличествующих случаю отнекиваний, по просьбе царя и церковного собора посвятил Филарета в сан Патриарха Московского и всея Руси. Здесь следует заметить, кстати, что патриарший престол после смерти Гермогена в 1612 году пустовал, ожидая возвращения Филарета из плена.

Но на этом возвеличивание царского отца не закончилось. В отличие от всех предыдущих и всех последующих патриархов, Филарет получил тот же титул, что и царь. Отныне его велено было величать Великим Государем. Причем это не было узурпацией власти со стороны отца. Михаил сам неоднократно требовал, чтобы его отцу, патриарху, оказывали такую же честь, как и ему.

Все государственные документы с этого момента писались уже от имени царя и патриарха. И несмотря на то что имя Михаила стояло первым, все отлично понимали, что последнее слово всегда и во всем остается за Филаретом. Михаил, по отзывам современников, не принимал ни одного важного решения, не посоветовавшись с отцом и не испросив его благословения. О государственных делах бояре докладывали одновременно царю и патриарху; челобитные подавались как Михаилу, так и Филарету; а прибывающие иностранные послы правили посольство перед тем и другим.