Карл Эрнст, или, как его называли в России, Карл Максимович Бэр, родился 17 февраля 1792 года в местечке Пип, в Гервенском округе Эстляндской губернии, расположенном недалеко от нынешней Дерптской ветви Балтийской железной дороги. Отец Бэра, Магнус фон Бэр, принадлежал к эстляндскому дворянству и был женат на своей двоюродной сестре Юлии фон Бэр.

Первые воспоминания Бэра связаны не с домом отца, а с домом дяди, жившего в Лассиле, в Вирландском округе Эстляндии. Дело в том, что у Магнуса фон Бэра было десятеро детей, а брат его, Карл Генрих, владелец Лассилы, был совершенно бездетен. Поэтому маленького Карла вместе с его старшим братом Фридрихом отдали к дяде, который, как и его жена, страстно любил детей. До семи лет Карл оставался в Лассиле, прелестном, живописном уголке, окруженный заботами тетки, которая души не чаяла в живом, бойком мальчике. Маленький Бэр рано начал интересоваться разными предметами природы и нередко приносил домой разные окаменелости, улиток и тому подобные вещи, которые бережно прятались в шкап, чтобы ребенок их не потерял, «и как раз поэтому и были потеряны», как добродушно замечает Бэр в своей автобиографии. Интересен рассказ Бэра о том, какое впечатление произвел на него увиденный впервые павлин. Дядя и тетка поехали в гости и взяли с собою маленького Карла; приехав, они сами вошли в дом, а мальчика оставили на дворе погулять. Ребенок пошел бродить по двору и задворкам и вдруг увидел на заборе павлина с распущенным хвостом. Остолбенев от удивления перед этим великолепием, маленький Бэр стоял неподвижно на месте, павлин также не шевелился, – и так прошло довольно много времени. Между тем дядя и тетка, окончив визит, стали искать ребенка и после долгих тщетных поисков, перепуганные, насилу нашли его.

Мирно и безоблачно протекли первые семь лет жизни будущего великого натуралиста. Учением ребенка не обременяли: Карл Генрих фон Бэр, большой почитатель военной службы (хотя сам и не военный), мечтал сделать своего племянника военным и придавал больше значения физическим упражнениям, чем наукам. Все сведения, которыми мог похвалиться маленький Бэр, исходили от случайных разговоров с дядей о звездах, Земле, различных животных и прочем, – причем дядя рассказывал все, что сам знал и чему верил, не отделяя фактов от побасенок. Семилетним мальчиком Бэр не только не умел еще читать, но и не знал ни одной буквы. Впоследствии он очень был доволен тем, что «не принадлежал к числу тех феноменальных детей, которые из-за честолюбия родителей лишаются светлого детства».

Летом 1799 года родители взяли Карла обратно к себе, так как настало уже время учить его. Для учения была приглашена старушка-гувернантка, которая и стала преподавать ему грамоту по старой методе. Но больше, чем от гувернантки, научился мальчик от старших братьев и сестер, расспрашивая их вне уроков о разных буквах и картинах своей азбуки. Через каких-нибудь три недели он мог уже, к немалому своему удивлению, довольно свободно читать, сам не зная хорошенько, как это случилось. Несколько медленнее шло обучение письму; кроме того, преподавались священная история, начала арифметики и кое-что из географии; последняя преподавалась так неумело, что дети не могли ничего из нее усвоить. Вообще гувернантка была годна, по-видимому, лишь для самого первоначального обучения; ее, впрочем, через год и сменили. На ее место вступил учителем некто Штейнгрюбер, кандидат богословия, – выходец из Германии, который приехал в Эстляндию, чтобы выучиться эстонскому языку и добиться здесь места пастора, а пока добывал себе хлеб учительством. Это был очень хорошо образованный и добросовестный человек, с большими педагогическими способностями. Наиболее силён был он в математике.