Испытания других прототипов Do 335 продолжались. В их конструкцию вносили новые изменения. Тем временем союзники начали воздушное наступление, натиск которого превысил самые смелые прогнозы. Становилось ясно, что с помощью Me 262 и Аг 234 наступление остановить не удастся. Начальник так называемого Jaegerstab, координирующего программу выпуска истребителей, Карл-Отто Заур в мае 1944 года представил Гитлеру свои соображения. Идея-фикс Гитлера — скоростной бомбардировщик «Schwalbe» — не оправдывал возлагаемых на него надежд, кроме того, он появился слишком поздно, чтобы что-то изменить. Поэтому по представлению министра вооружений Альберта Шпеера Гитлер решил дать приоритет Do 335 и немедленно начать его серийный выпуск. 7 июля 1944 года последовал официальный приказ. К сожалению, было уже слишком поздно. Союзники высадились в Нормандии, остановить их не было никакой возможности. Второй фронт начал приближаться к границам Рейха. Работы же над Do 335 шли до этого времени слишком медленно. В июле самолет еще проходил испытания, немедленно использовать его на фронте не представлялось возможным. А времени оставалось все меньше и меньше.

Тем не менее, испытания прототипов ускорились. Вскоре началась сборка десяти предсерийных Do 335A-0 (W.Nr. 240101-240110), что было предусмотрено контрактом от декабря 1943 года. Сборка шла на заводе возле аэродрома Оберпфаффенхофен. Столь экзотическое место сборки объяснялось непрерывными налетами союзнической авиации. Однако и тут с неба сыпались бомбы. 28 марта 1944 года 750 американских бомбардировщиков нанесли удар по Фридрихсхафену и Оберпфаффенхофену. Однако умелые действия сил ПВО и поставленная дымовая завеса спасли завод. Незначительные повреждения получили сборочные цеха и мастерские во Фридрихсхафене. Однако 20 июля, в ходе очередного налета, союзники сумел поразить цель, причинив предприятию серьезные повреждения. Пресловутую «точку над i» союзники поставили 3 августа, в ходе которой завод во Фридрихсхафене сравняли с землей, а выпуск предсерийной партии задержался. Выпуск не ускоряли и проблемы с фирмой VDM, срывавшей поставки воздушных винтов. Уже с января 1944 года заводы фирмы подвергались тяжелым повреждениям в ходе налетов союзников.

Первый Do 335A-01 (VG+PG, W.Nr. 240101) поднялся в воздух лишь 30 сентября 1944 года. Он не отличался от прототипа Do 335V9. На самолете стояли моторы DB 603A-2 (передний) и DB 603QA-2 (задний), которые вращали трехлопастные винты диаметром 3,5 м с возможностью реверса, что сокращало пробег на 25 %. За кабиной пилота находился главный бак объемом 1230 л. Два вспомогательных бака объемом по 337 л находились в центроплане. При необходимости, самолет мог брать еще 500-литровый бак, который размещали в бомбоотсеке.

Прежним оставалось и вооружение. Предсерийные самолеты оснащались прицелом Revi С 12/D, который можно было использовать и для наведения пушек и для бомбометания. Универсальность прицела достигалась с помощью устройства Schwenkplatte SP-1.

Одновременно с развитием модификаций А-0 и А-1 шли работы над двухместной учебной версией самолета. Необычная схема самолета и его необычные характеристики требовали дополнительной подготовки пилотов. Учебные самолеты, базирующиеся на истребительной модификации, позволяли проводить подготовку летчиков под надзором инструктора. Учебных модификаций было три: Do 335A-10 с двигателями Jumo 213 (не было изготовлено ни одной такой машины), Do 335А-11 на базе А-0 и Do 335A-12 на базе А-1. На учебных самолетах имелась вторая кабина, расположенная за главной кабиной, образуя характерный горб. Во второй кабине имелся набор основных приборов и органов управления. Кресло инструктора, в отличие от кресла курсанта, не было оборудовано катапультой. На учебном самолете уменьшили объем бензобаков, а также сняли вооружение. Самолету присвоили собственное название «Ameisenbaer» (муравьед).

11 октября 1944 года флюгкапитан Аппель совершил первый полет на двухместной машине Do 335M11 (CP+UL, W.Nr. 230011) — прототипе А-11. Самолет создали на базе планера А-0, оснастив его двигателями DB 603А-2. Такие двигатели должны были стоять на серийных А-11. Вскоре в воздух поднялся М12 (RP+UO, W.Nr. 230012), второй прототип А-11. Do 335M11, испытывавшийся в Менгене, повредил при посадке шасси. Одновременно с летными испытаниями, на этом прототипе отрабатывался механизм аварийного сброса заднего винта. Do 335M12, в свою очередь, оснащался винтами Messerschmitt P8 с возможностью реверса. Этот самолет позднее был уничтожен во Фридрихсхафене, чтобы он не попал в руки наступающих союзников. Следует отметить, что после того, как прототип МП получил повреждения и был списан, появился второй самолет с таким же обозначением. Этот новый МП имел серийный номер W.Nr. 240318. Вероятно это был одноместный самолет Do 335В, однако его не закончили.

Ни один учебный «Pfeil» не был собран с нуля. Кроме того, ни один из собранных учебных самолетов не принадлежал к серии А-11. Причина этого была очевидной — нехватка времени. Чтобы ускорить ввод в строй учебных самолетов, их изготовили путем переделки из имевшихся машин Do 335А-1 с двигателями DB 603E-1. Всего переделали восемь машин, все из которых принадлежали серии А-12. Самолет RP+UB после войны попал в Великобританию, а два других (RP+UD и RP+UI) обнаружили на аэродроме Оберпфаффенхофен в небоеспособном состоянии. Четыре остальные машины не успели достроить. Следует упомянуть, что на базе Do 335B также планировали создать учебный самолет Do 335B-5, о чем будет рассказано ниже.

Самолеты Do 335A-0/A-1 не отвечали всем предъявляемым к ним требованиям. Главным недостатком самолета как истребителя было слабое бронирование. Перехватывать хорошо вооруженные союзнические бомбардировщики на таком самолете было очень опасно.

Летом 1944 года начались работы над очередной модификацией «Стрелы» с усиленным бронированием, более мощным вооружением и более крепкой конструкцией. На самолет предполагалось ставить моторы DB 603Е или LA. Первым вариантом должен был стать дневной истребитель Do 335В-1, похожий на Do 335A-1, но с усиленным бронированием кабины, измененным оборудованием и более крупными колесами шасси. Переднее колесо теперь убиралось в фюзеляж с оборотом стойки на 45(. Вооружение и двигатели не изменились по сравнению с А-1. Построили два прототипа: Do 335M15 (W.Nr/ 240311) и Do 335М16 (W.Nr. 240312), но оба остались недоделанными до конца войны. Очень быстро от серийного производства самолетов В-1 отказались в пользу лучше вооруженных В-2 и В-3. Их классифицировали как тяжелые истребители (Zerstoerer), предназначенные для борьбы с бомбардировщиками. Для борьбы с прочными английскими и американскими стратегическими бомбардировщиками требовалось мощное вооружение, способное поразить машину противника несколькими попаданиями.

Прототипами Do 335B-2 стали машины Do 335M13 (W.Nr. 230013, RP+UP), а также Do 335M14 (W.Nr. 230014, RP+UQ). Силу огня увеличили, разместив в крыльях две 30-мм пушки МК 103 с боекомплектом 70 выстрелов на ствол. Считая еще одну пушку, установленную в развале блока цилиндров, самолет нес три 30-мм пушки. Кроме того, было решено установить 20-мм пушку MG 151/20. Предусматривалась возможность замены пушки на два 15-мм пулемета MG 151. Для этого арсенала требовался боекомплект. Чтобы его разместить, пришлось уменьшить объем крыльевых топливных баков с 300 до 220 литров. Двигатели оставили прежними.

Do 335M13 облетали 31 октября 1944 года. На самолете стояли двигатели DB 603E-1 (передний) и DB 603QE-1 (задний). Do 335M14 закончили в декабре 1944 года, после чего аэродром Менген был занят французами.

Начиная войну, Германия не имела адекватной защиты от стратегических бомбардировщиков противника. Никому и в голову не могло прийти, что налеты предпримут такой размах. Первоначально, для отражения налетов хватало зенитной артиллерии и некоторого числа истребителей, однако чем дальше, тем ситуация обострялась.

Летом 1942 года к налетам подключились американцы. Тогда союзники разделили обязанности. Американцы совершали дневные налеты, а англичане бомбили ночью. Англичане бомбили по площадям, не жалея бомб. Показательным был налет на Кельн, совершенный 30 мая 1942 года. В течение 150 минут на город сбросили бомбы 1046 самолетов! В ходе предыдущих налетов бомбардировщики шли небольшими группами друг за другом, что растягивало операцию на семь часов. Это давало возможность немцам перехватывать самолеты противника. В упомянутом налете на Кельн англичане применили новую тактику, отправив бомбардировщики на цель одной большой группой. Люфтваффе не имела ресурсов перехватить такую армаду, поскольку в распоряжении немцев было сравнительно немного ночных истребителей.

Первоначально в качестве ночных истребителей использовали переделанные дневные истребители. В самом начале единственным ночным оборудованием было… развитое ночное зрение пилота. Позднее появились первые примитивные радары. Постепенно радары совершенствовались, также как и самолеты, на которых их ставили. Летом 1942 года несколько фирм получили заказ на создание специализированных ночных истребителей. До этого времени эффективнее всего ночью действовали истребители Bf HOG, а также Ju 88C и Ju 88G. Новыми специализированными ночными истребителями стали Focke-Wulf Та 154 и Heinkel He 219 «Uhu». He 219, наверное, был лучшим ночным истребителем люфтваффе во 2-й Мировой войне. Однако их было слишком мало, чтобы переломить ситуацию. Свою роль сыграли и интриги «на высшем уровне». Эрнст Хейнкель не пользовался влиянием у высших руководителей Рейха, в том числе и Мильха. Поэтому лучший немецкий ночной истребитель не имел никаких шансов на быстрое введение в строй. Травля Хейнкеля усиливалась по мере ухудшения обстановки на фронте. В результате, в роли ночного истребителя приходилось использовать любые истребители, хоть сколько-нибудь годящиеся на эту роль. Так появился истребитель Me 262B-1/U1. Ночные истребители создавались на базе Аг 234 и даже Не 111. Очевидно, что такая же судьба ждала и Do 335.

В 1944 году теоретически удалось показать, что на базе Do 335 можно создать идеальный ночной истребитель. Хорошие летные характеристики сочетались с большим внутренним объемом, что позволяло установить на самолете мощное вооружение и радар. Быстро подготовили проект Do 335А-6 на базе А-1. Экипаж увеличили до двух человек. За кабиной пилота оборудовали место оператора радара, также оснащенное катапультой. Для этого пришлось изменить топливную систему. Бак в фюзеляже уменьшили до 600 л, а, чтобы сохранить дальность полета, под крыльями подвесили два 300-литровых бака. В крыльях разместили небольшие баки с воднометанольной смесью для устройства MW-50. Благодаря этому устройству можно было кратковременно форсировать двигатели DB 603E до 2000 л.с. На выхлопные патрубки установили коллекторы.

В конце войны в Германии начались появляться образцы новых моторов, над которыми работали на протяжении нескольких предыдущих лет. Кроме уже упомянутых DB 603 и Jumo 213 появились и совершенно новые моторы.

Среди них был Jumo 222, работы над которым начались в 1939 году. Это был 24-цилиндровый рядный двигатель жидкостного охлаждения. Цилиндры располагались в шесть рядов по четыре, а ряды группировались по два. В результате коллекторы выхлопных газов располагались в три ряда, тогда как в обычных двигателях в два ряда. Первый вариант двигателя Jumo 222A/B развивал мощность 2500 л.с., что по тем временам было ошеломляюще много. Установка такого мотора на и без того скоростном Do 335 могло дать фантастические результаты. К сожалению, до конца войны было построено всего несколько экземпляров двигателя. Довести двигатель не удалось, поэтому выжать из него всю мощность тоже не получилось. Перегруженный заказами Junkers так и не сумел довести проект до конца, поэтому Jumo 222 сенсацией не стал и стоял лишь на нескольких самолетах.

Одним из таких самолетов должен был стать Do 435, представлявший собой дальнейшее развитие Do 335. Самолет создавался в рамках проекта Р.238, начатого в октябре 1944 года. В качестве временной меры на самолете предполагалось оставить моторы DB 603Е. Однако машина имела двухместную герметичную кабину. Кресла обоих членов экипажа стояли бок о бок, но кресло пилота находилось немного выше и было чуть выдвинуто вперед. Фюзеляж пришлось немного расширить, но внешне этого расширения было почти незаметно. На Р.238/1 имелись стандартные крылья, но серийные Do 435 должны были выглядеть немного иначе. В донесении американской разведки от января 1946 года (A.I.2(g) Report No. 2383) Do 435 описывается как ночной истребитель с экипажем и кабиной, соответствующей проекту Р.238, но с крыльями большего размаха, аналогичными тем, что планировались для Do 335B-4. Взлетная масса самолета достигала 11794 кг.

В некоторых источниках перечисляются модификации, которые планировалось сделать на базе Do 435. Все данные о модификациях получены путем анализа тех немногих материалов, что пережили войну. Этот список имеет вероятностный характер, но его часто цитируют, так как о Do 435 вообще мало что известно.