Из далекого будущего в наш двадцатый век сообщество разумных существ направило агента по особым заданиям – Эйприл О'Нил – с целью предупредить катастрофу, которая нависла над человечеством. Тогда еще никто не знал, что опасность возникла из-за проделок одного ученого изобретателя, который в своих экспериментах случайно изобрел аппарат, способный забирать мысли у одного человека и передавать их другому. Ученый поставил себе целью поработить людей и стать повелителем Вселенной.

У Эйприл, симпатичной девушки, были друзья – юные мутанты черепашки-ниндзя. Поскольку секретность задания требовала, чтобы девушка отправилась на задание одна, черепашки должны были остаться в будущем.

Однако, как истинные герои, легендарные черепашки-ниндзя последовали за подругой Эйприл, потому что они не могли сидеть, сложа руки, в то время как девушка будет в одиночестве сражаться против неведомого противника. Они сообразили, куда отправляется их подруга, пробрались в Машину времени и вскоре очутились в том же времени, где уже действовала Эйприл.

Тем временем руководитель операции, полковник Беруччи, ждал от Эйприл сообщений. Было условлено, что девушка даст о себе знать, как только она узнает о причинах надвигающейся катастрофы. Но Эйприл не вышла в установленное время на связь. Прошло еще несколько недель, а донесения от агента так и не последовало. Полковник Беруччи был не на шутку встревожен.

Тем временем служба охраны Министерства по временным перемещениям обнаружила рядом с контрольно-следовой полосой сосну с веревкой на верхушке. Это показалось охранникам странным, и они провели тщательные расследования. Лучшие следопыты и роботы-анализаторы взяли след и вывели по нему в сад Эйприл, в котором размещался домик с четырьмя лежанками. В садовом домике кто-то явно до недавних пор жил. Этот «кто-то», судя по мусорному бачку, питался пиццей, апельсинами и бананами. Было также установлено, что неизвестные, которые проживали в садовом домике Эйприл, сумели проникнуть на территорию Министерства по временным перемещениям и бесследно исчезнуть.

Микеланджело очнулся на берегу океана. Он лежал на линии прибоя, его ноги касались воды. Юный мутант долго смотрел на мерцающие звезды, приходя в себя. Он не мог сообразить, где очутился. Черепашка-ниндзя выкарабкался на сушу. Здесь Микеланджело прислушался к шуму прибоя, вдохнул соленый морской воздух – голова словно прояснилась. И вдруг вспомнил, что случилось.

Случилось самое страшное. Он потерял своих друзей. Микеланджело вспомнил. Что в Машине времени лежит потерявший всю психическую энергию Лео. А Рафаэль и Донателло погибли в момент взрыва. Микеланджело помнил, что в тот момент, когда они отпустили ее и начали расплываться в разные стороны, произошел взрыв.

Взрыв был настолько мощным, что Микеланджело потерял сознание. Он очнулся только через несколько секунд и что было силы погреб к берегу. Там он в изнеможении на некоторое время снова забылся.

Теперь, когда сознание прояснилось настолько, что можно было сообразить, что к чему, Микеланджело зашел по колено в воду, опустил голову вниз и прислушался. Может, ему удастся услышать зов товарищей. Но океан молчал. Только изредка из водной толщи доносились странные звуки, похожие на стоны, щелканье и свист. Но, очевидно, это где-то далеко переговаривались дельфины.

Тогда Микеланджело поплыл от берега, надеясь все-таки встретить своих друзей. Изрядно отплыв, Микки начал нырять, пробуя достичь и обследовать дно. Он нырял, и нырял, пока последние силы не покинули его. Огромным усилием воли черепашка-ниндзя заставил себя устремиться вверх.